| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,582,822 | T→A | 10.3% | intergenic (‑226/‑32) | ttgA ← / → ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,582,822 | 0 | T | A | 10.3% | 288.6 / 21.1 | 97 | intergenic (‑226/‑32) | ttgA/ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/42); new base A (5/5); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
CGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAC > NC_002947/1582673‑1582961 | cGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCt < 1:1561942/150‑1 (MQ=255) gTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgc < 1:1773858/150‑1 (MQ=255) gTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgc < 1:1214655/150‑1 (MQ=255) ggATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgcgc > 1:245103/1‑150 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAACTACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCgg < 1:2068739/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCgg < 2:1810006/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGATCgg < 2:2340705/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGc > 1:244084/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCgggg < 1:1077074/150‑2 (MQ=255) cTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATAAAGCTGGCCCCGGCAGAGGGGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGcac > 1:1601711/1‑148 (MQ=255) ttGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCggggaac < 1:579410/150‑5 (MQ=255) gCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGAt > 2:1196239/1‑150 (MQ=255) cTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGTCCAGATg > 2:467171/1‑150 (MQ=255) aGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAgg < 1:209635/150‑1 (MQ=255) aaTATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTg > 2:1555130/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 1:1228703/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:1585161/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTCCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc < 1:1529872/150‑1 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTAAGGTTCAGCCTCAGCACTTGATTATCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:1480550/1‑150 (MQ=255) aTTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATg > 1:2029759/1‑149 (MQ=255) aTTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATg < 2:2029759/149‑1 (MQ=255) ttCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAAGGCGATTAACGTTCGTGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGt > 2:1398693/1‑150 (MQ=255) ggTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGTCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTc < 1:467171/150‑1 (MQ=255) 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2:1322217/1‑129 (MQ=255) gtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACt < 1:1322217/129‑1 (MQ=255) gtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCaaa < 1:1585161/150‑1 (MQ=255) tAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAaag > 1:2345371/1‑150 (MQ=255) tACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAaagaaga > 2:2353442/1‑150 (MQ=255) gctgGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGcc < 2:2106108/150‑1 (MQ=255) 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tACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAAcc > 2:1787766/1‑150 (MQ=255) aCTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAAccc < 1:1196239/150‑1 (MQ=255) tCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGt < 2:2284359/150‑1 (MQ=255) gTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGc > 1:144843/1‑148 (MQ=255) gTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGc < 2:144843/148‑1 (MQ=255) 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gagGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc < 2:2345371/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCtt > 2:2107595/1‑143 (MQ=255) gCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCtt < 1:2107595/143‑1 (MQ=255) gCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATAATCGCGGAGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAg > 1:501087/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGaaa < 2:1031123/133‑1 (MQ=255) ccGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGaaa > 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cccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGa > 1:2147842/1‑150 (MQ=255) ccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGaa < 1:177499/150‑1 (MQ=255) cccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGACCAGGAAACCCGAGCCCAGATCACCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 1:544055/1‑150 (MQ=255) ccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTAc > 1:1813420/1‑50 (MQ=255) ccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTAc < 2:1813420/50‑1 (MQ=255) gcccacACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg > 1:842038/6‑128 (MQ=255) gcccacACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg < 2:842038/123‑1 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg > 1:1184779/2‑128 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg < 2:1184779/127‑1 (MQ=255) ccccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGTCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 2:231741/1‑139 (MQ=255) ccccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGTCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac < 1:231741/139‑1 (MQ=255) cccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGat > 1:1329302/1‑90 (MQ=255) cccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGat < 2:1329302/90‑1 (MQ=255) cccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGa > 2:1854027/1‑150 (MQ=255) ccgaaCGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGa < 1:1883838/91‑1 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGa > 2:1883838/1‑95 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc < 1:1707238/117‑1 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc > 2:1707238/1‑117 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGgacgac > 2:870359/1‑150 (MQ=255) | CGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAC > NC_002947/1582673‑1582961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |