| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,622,230 | G→A | 11.0% | E368K (GAG→AAG) ‡ | PP_1421 → | sensor histidine kinase TctE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,622,230 | 0 | G | A | 11.0% | 331.0 / 25.4 | 128 | E368K (GAG→AAG) ‡ | PP_1421 | sensor histidine kinase TctE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/57); new base A (5/9); total (62/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAGCG > NC_002947/1622082‑1622378 | ggCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAgttg < 2:2012881/150‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGAGTGGTTGAAGGTGGAGCCGACATTGCGCAACGAgttg > 2:2070549/1‑150 (MQ=255) cGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAgttgtt < 1:1850170/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAgttgtt < 1:2409745/150‑1 (MQ=255) gTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGa < 1:214654/150‑1 (MQ=255) gTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGa < 1:1448527/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGc < 1:2255831/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGc < 2:203849/150‑1 (MQ=255) gcAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCaa > 1:101905/1‑150 (MQ=255) gcAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTAAACGAGTTCTTGaataa > 1:410131/1‑146 (MQ=255) cAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCTCGCGATCTGGACATGGCCATGGCGCCTTTCGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAACCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAAc > 1:9729/1‑150 (MQ=255) aGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAAcc < 2:2154427/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGCaatgtc < 1:277940/150‑5 (MQ=255) tCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCtggt < 1:1618000/150‑1 (MQ=255) tCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCtggt < 2:1380939/150‑1 (MQ=255) cTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCtggtg < 2:843799/150‑1 (MQ=255) gAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCAAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATGGCTCGACGAGTGGTGGATCAACCTGGTGGACAATGc > 2:1330968/1‑150 (MQ=255) tCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCtt > 1:2144147/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCCAACTGGTGGACAATGCCTTg < 2:101905/150‑1 (MQ=255) aGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACaa > 2:2167461/1‑142 (MQ=255) aGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTgg > 1:1212331/1‑150 (MQ=255) gatGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGgc > 2:32021/3‑150 (MQ=255) gTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATg > 1:858699/1‑143 (MQ=255) gTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGCaatgtcg < 1:920750/134‑6 (MQ=255) gTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGCaatgtcg > 2:920750/1‑129 (MQ=255) ccGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATAc > 1:691000/1‑150 (MQ=255) ccGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATAc > 1:1882264/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCa > 1:161046/1‑150 (MQ=255) cTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGTCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGCaa > 1:1773291/1‑116 (MQ=255) cTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGTCGACATTGCTCAACAACTCGTTGAGCaa < 2:1773291/116‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGGCAATGCCTTGGCGTATGCGCCaaggc < 2:95043/150‑5 (MQ=255) gCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTg > 2:1684690/1‑150 (MQ=255) catggccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTgg < 1:1660771/150‑1 (MQ=255) catggccatggcGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTgg > 2:265224/1‑150 (MQ=255) 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cTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTg < 2:1390500/135‑1 (MQ=255) cTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGc < 2:840621/150‑1 (MQ=255) tttGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCg > 2:1882589/1‑150 (MQ=255) tttGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCg > 2:2345052/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCgg < 2:280188/150‑1 (MQ=255) 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2:2296278/5‑138 (MQ=255) caggttGCTCAACAACTCGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGc < 1:2296278/134‑1 (MQ=255) ttGCTCAACAACTCGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGgtg > 2:2366395/1‑150 (MQ=255) cTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACgggagatc > 1:1132422/1‑145 (MQ=255) cTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTAGCCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTc < 1:1270814/150‑1 (MQ=255) tCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCg > 2:2218517/1‑150 (MQ=255) 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cGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAGCg < 1:328131/150‑1 (MQ=255) | CGAAGGCGGTGCGCAGCGTCTGGACTTGAGTCAGTTGGCCCGCGAGCTGGGCATGGCCATGGCGCCTTTGGCGCACAAGCGCGGGGTGGCGCTGGCGCTGGAGGCCGAGGCGCCGGTGTGGTTGAAGGGGGAGCCGACATTGCTCAACGAGTTGTTGAGCAACCTGGTGGACAATGCCTTGGCGCATACGCCAGCGGGTGGCAATGTGATTTTGCGGGTAATGGCGCCGGCAGTGCTGGAAGTGGAAGACGACGGGCCAGGTATTCCCGTGGCCGAGCGCGAACGGGTGTTCGAGCG > NC_002947/1622082‑1622378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |