Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,656,533 | T→C | 5.1% | Q93R (CAA→CGA) | PP_1449 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,656,533 | 0 | T | C | 5.1% | 357.7 / 4.8 | 115 | Q93R (CAA→CGA) | PP_1449 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/53); new base C (3/3); total (59/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TGGGGTTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAT > NC_002947/1656384‑1656672 | tGGGGTTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAAGGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGTGCGCCGGCCAGtt < 1:1498745/150‑1 (MQ=255) gggTTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGGGCTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGc > 1:1455626/1‑150 (MQ=255) gggTTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGc < 1:778061/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGGGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGAc > 1:321150/1‑150 (MQ=255) ccAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc > 1:2338562/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 1:1828425/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTCGCCCTGGAACTGCGGGTTAGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 2:260013/1‑150 (MQ=255) gTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCgg < 1:1903306/150‑1 (MQ=255) aTGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTCCCTGCGGCCCCTTGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTAGTTAAGAATGGTCGAGGCGCCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCt < 1:1916499/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGt > 1:1848972/1‑150 (MQ=255) cGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTTGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTgg < 2:1148363/150‑1 (MQ=255) ccGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc < 1:1518247/139‑1 (MQ=255) ccGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc > 2:1518247/1‑139 (MQ=255) cGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCgtt < 1:1017327/150‑1 (MQ=255) gggCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCgttg > 2:2071772/1‑150 (MQ=255) ccGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc < 1:1046595/131‑1 (MQ=255) aGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCa < 2:1617293/150‑1 (MQ=255) gATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAg < 2:1475900/150‑1 (MQ=255) 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ttCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtg < 2:1106092/142‑1 (MQ=255) cGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCACTGGAAATGCGGGTTGGCGGCCCTTGCTCCGGCCAGTTGCGACTTCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGcc > 1:1023479/1‑150 (MQ=255) gTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGc < 1:789886/73‑1 (MQ=255) gTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGc > 2:789886/1‑73 (MQ=255) gTTAACAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGCCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGccc < 2:1023479/150‑1 (MQ=255) ttAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGt < 2:1873667/124‑1 (MQ=255) 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ccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGt > 2:268344/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGt < 1:250000/150‑1 (MQ=255) aGGGCGCCGGCGAGTTGGGACTGCCCGGCCGGGGTGGCGTGCTGCACGTCCTGTCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTGGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTa < 2:1129141/150‑1 (MQ=255) gggCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGTCAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt < 2:1557543/150‑1 (MQ=255) gggCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt > 1:433952/1‑150 (MQ=255) ccctggcGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt > 1:39809/7‑150 (MQ=255) gcCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAt > 2:2010374/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAGTCGCAACTGGCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGc < 2:1812989/101‑1 (MQ=255) ccGGGCAGTCGCAACTGGCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGc > 1:1812989/1‑101 (MQ=255) ttGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGt > 2:1930829/1‑74 (MQ=255) ttGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGt < 1:1930829/74‑1 (MQ=255) | TGGGGTTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAT > NC_002947/1656384‑1656672 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |