| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,656,536 | G→A | 5.3% | S92L (TCG→TTG) | PP_1449 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,656,536 | 0 | G | A | 5.3% | 344.5 / 6.3 | 115 | S92L (TCG→TTG) | PP_1449 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/52); new base A (3/3); total (59/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAT > NC_002947/1656389‑1656672 | ttGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGGGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGAc > 1:321150/1‑150 (MQ=255) ccAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc > 1:2338562/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 1:2345931/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 1:1828425/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTCGCCCTGGAACTGCGGGTTAGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 2:260013/1‑150 (MQ=255) gTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCgg < 1:1903306/150‑1 (MQ=255) aTGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTCCCTGCGGCCCCTTGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTAGTTAAGAATGGTCGAGGCGCCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCt < 1:1916499/150‑1 (MQ=255) tGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTg > 2:629585/1‑150 (MQ=255) gTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGt > 1:1848972/1‑150 (MQ=255) cGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTTGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTgg < 2:1148363/150‑1 (MQ=255) ccGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc > 2:1518247/1‑139 (MQ=255) ccGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc < 1:1518247/139‑1 (MQ=255) cGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCgtt < 1:1017327/150‑1 (MQ=255) ccGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc < 1:1046595/131‑1 (MQ=255) aGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCa < 2:1617293/150‑1 (MQ=255) gATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAg < 2:1475900/150‑1 (MQ=255) gATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCAGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAg < 2:664943/150‑1 (MQ=255) tttCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGc > 2:167848/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTCCGGCACATCCCATGGTCTGTACAGGTCGAGGCGGCCTGGCCTTTGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGcc > 1:1023605/1‑150 (MQ=255) ccTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCg > 2:2197159/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCgg > 1:1557543/1‑150 (MQ=255) tGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc > 1:995415/1‑115 (MQ=255) tGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc < 2:995415/115‑1 (MQ=255) ccccTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGc > 1:1557713/1‑150 (MQ=255) ccTCGATCAGCGCAGCGTTCCGGCAGACCACTTCGTTAAGAATGATCGATGGGTCCTGATCTTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCaa > 2:25770/1‑150 (MQ=255) ccTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCGCGGCTGCGGGGGCGGTGTTCAGCCCCAGGCCCGGGGTGGCaa > 2:351083/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTa < 2:2092507/150‑1 (MQ=255) cGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCgg > 2:2047119/1‑101 (MQ=255) cGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCgg < 1:2047119/101‑1 (MQ=255) ggCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGAt < 2:715057/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGAt < 1:378834/150‑1 (MQ=255) cGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTgg < 2:1557713/150‑1 (MQ=255) 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tCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtgtg < 2:749384/130‑1 (MQ=255) tCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTgg > 2:1722648/1‑150 (MQ=255) cGAGGCGGCCTGGCCCTAGAACTGCGGGTTGGCCTCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCCACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTTTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTggg < 1:2160985/150‑1 (MQ=255) gAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCg < 1:501461/69‑1 (MQ=255) gAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGtt > 2:1944132/1‑125 (MQ=255) cggcCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCa < 1:2071772/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCAccc > 1:1992397/1‑150 (MQ=255) ggCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTg < 2:1757493/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTg < 2:175524/150‑1 (MQ=255) gccgccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTgg < 1:1501998/150‑1 (MQ=255) ccgccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGc > 1:1228896/1‑150 (MQ=255) ccgccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGc < 2:237851/150‑1 (MQ=255) gccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCg > 1:2285107/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGt < 1:250000/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGt > 2:268344/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCCGGCGAGTTGGGACTGCCCGGCCGGGGTGGCGTGCTGCACGTCCTGTCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTGGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTa < 2:1129141/150‑1 (MQ=255) gggCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGTCAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt < 2:1557543/150‑1 (MQ=255) gggCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt > 1:433952/1‑150 (MQ=255) gggCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt < 1:432096/150‑1 (MQ=255) ccctggcGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt > 1:39809/7‑150 (MQ=255) gcCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAt > 2:2010374/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAGTCGCAACTGGCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGc > 1:1812989/1‑101 (MQ=255) ccGGGCAGTCGCAACTGGCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGc < 2:1812989/101‑1 (MQ=255) ttGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGt < 1:1930829/74‑1 (MQ=255) ttGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGt > 2:1930829/1‑74 (MQ=255) | TTGGCCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAT > NC_002947/1656389‑1656672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |