| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,656,541 | C→G | 5.4% | G90G (GGG→GGC) | PP_1449 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,656,541 | 0 | C | G | 5.4% | 356.3 / 8.2 | 110 | G90G (GGG→GGC) | PP_1449 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/54); new base G (3/3); total (53/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGATGACCGGGGTCCCCCCGGG > NC_002947/1656393‑1656690 | ccAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc > 1:2338562/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 1:1828425/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGccc > 1:2345931/1‑150 (MQ=255) aTGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTCCCTGCGGCCCCTTGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTAGTTAAGAATGGTCGAGGCGCCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCt < 1:1916499/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGt > 1:1848972/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc < 1:1518247/139‑1 (MQ=255) ccGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc > 2:1518247/1‑139 (MQ=255) cGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCgtt < 1:1017327/150‑1 (MQ=255) gggCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCgttg > 2:2071772/1‑150 (MQ=255) ccGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc < 1:1046595/131‑1 (MQ=255) ccGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGGCAGTCGCAACTGGCCGGc > 2:1046595/1‑131 (MQ=255) aGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCa < 2:1617293/150‑1 (MQ=255) gATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAg < 2:1475900/150‑1 (MQ=255) gATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCAGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAg < 2:664943/150‑1 (MQ=255) tttCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGc > 2:167848/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTCCGGCACATCCCATGGTCTGTACAGGTCGAGGCGGCCTGGCCTTTGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGcc > 1:1023605/1‑150 (MQ=255) ccTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCg > 2:2197159/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCgg > 1:1557543/1‑150 (MQ=255) tGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc > 1:995415/1‑115 (MQ=255) tGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGcc < 2:995415/115‑1 (MQ=255) tGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCggg < 2:2338562/150‑1 (MQ=255) ccccTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGc > 1:1557713/1‑150 (MQ=255) cccTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGCTCTAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCa > 1:1757493/1‑150 (MQ=255) ccTCGATCAGCGCAGCGTTCCGGCAGACCACTTCGTTAAGAATGATCGATGGGTCCTGATCTTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCaa > 2:25770/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTa < 2:2092507/150‑1 (MQ=255) cGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCgg < 1:2047119/101‑1 (MQ=255) cGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCgg > 2:2047119/1‑101 (MQ=255) ggCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGAt < 2:715057/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGAt < 1:378834/150‑1 (MQ=255) cGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTgg < 1:167848/150‑1 (MQ=255) tGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtgt < 1:1097012/150‑1 (MQ=255) aTCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtgtgt < 2:1828425/150‑1 (MQ=255) aTCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtgtgt > 1:511916/1‑150 (MQ=255) aCTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGAc > 2:1971093/1‑150 (MQ=255) cTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCggggg > 1:1737548/1‑114 (MQ=255) cTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGt < 2:1737548/115‑1 (MQ=255) ttCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGc < 2:1203399/84‑1 (MQ=255) ttCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGc > 1:1203399/1‑84 (MQ=255) ttCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtg < 2:1106092/142‑1 (MQ=255) cGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCACTGGAAATGCGGGTTGGCGGCCCTTGCTCCGGCCAGTTGCGACTTCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGcc > 1:1023479/1‑150 (MQ=255) gTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGc > 2:789886/1‑73 (MQ=255) gTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGc < 1:789886/73‑1 (MQ=255) gTTAACAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGCCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGccc < 2:1023479/150‑1 (MQ=255) ttAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGt < 2:1873667/124‑1 (MQ=255) ttAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGt > 1:1873667/1‑124 (MQ=255) aGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTg < 1:118761/150‑1 (MQ=255) gAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtgtgt > 2:2176800/1‑137 (MQ=255) gAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTtgtgt < 1:2176800/137‑1 (MQ=255) gAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTgg > 1:764438/1‑150 (MQ=255) 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gggCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt > 1:433952/1‑150 (MQ=255) ccctggcGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTAt > 1:39809/7‑150 (MQ=255) gcCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGAt > 2:2010374/1‑150 (MQ=255) ccGGGCAGTCGCAACTGGCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGc > 1:1812989/1‑101 (MQ=255) ccGGGCAGTCGCAACTGGCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGc < 2:1812989/101‑1 (MQ=255) ttGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGt > 2:1930829/1‑74 (MQ=255) ttGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGt < 1:1930829/74‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTg > 1:1194304/1‑84 (MQ=255) tGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTg < 2:1194304/84‑1 (MQ=255) gCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGATGACCGGGGTCCCCCCgg < 1:1314699/150‑1 (MQ=255) cccGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGATGACCGGGGTCCCCCCggg < 2:2129919/150‑1 (MQ=255) cccGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGATGACCGGGGTCCCCCCggg < 2:433952/150‑1 (MQ=255) | CCAGTATGTAGTCGGCCGGGCGCCCGAAGATTTCCTGCGGCCCCTCGATCAGCGAGGCGTTGCGGCTGATCACTTCGTTAAGAATGGTCGAGGCGGCCTGGCCCTGGAACTGCGGGTTGGCCGCCAGGGCGCCGGCCAGTTGCGACTGCCCGGCTGCGGTGGCGTTGTTCAGCACCAGGCCCGGGGTGGCAACGTTGTAGTCGATGAACTGGTTGTGTGACAGCCCCGTGGCGTTGGGCGGCACGATGTCGATGACCGGCACCCCGTGGCCGTTATGGATGACCGGGGTCCCCCCGGG > NC_002947/1656393‑1656690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |