| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,693,832 | C→A | 5.4% | R87S (CGC→AGC) ‡ | PP_1489 → | CheW domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,693,832 | 0 | C | A | 5.4% | 361.8 / 7.2 | 112 | R87S (CGC→AGC) ‡ | PP_1489 | CheW domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/48); new base A (2/4); total (60/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AGTGTTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAGGA > NC_002947/1693687‑1693980 | aGTGTTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGTCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCct < 1:524359/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCctggtgc < 1:311282/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCctggtgctg > 1:1275679/1‑150 (MQ=255) 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cTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAgg < 2:868526/150‑1 (MQ=255) tttGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGc > 1:948095/1‑150 (MQ=255) aGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAgg > 2:612213/1‑142 (MQ=255) aGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATgcgc < 1:1051817/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGtt < 1:1537470/117‑1 (MQ=255) gCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGcc < 2:2404349/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGcc < 2:902236/150‑1 (MQ=255) ggcggTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTTGAGc > 1:782307/1‑77 (MQ=255) ggcggTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGc < 2:782307/77‑1 (MQ=255) tGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCGTAATCCTGTAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTgg < 2:75845/150‑1 (MQ=255) aaCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTg > 2:1362467/1‑122 (MQ=255) aaCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTg < 1:1362467/122‑1 (MQ=255) aaCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTgg < 1:1405639/147‑1 (MQ=255) aaCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTgg > 2:1405639/1‑147 (MQ=255) aaCGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGcc > 2:951797/1‑150 (MQ=255) tgcaccagcaccaGGCGGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGa < 2:766898/64‑1 (MQ=25) caccagcaccagGCGGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATgg > 1:829847/1‑114 (MQ=255) caccagcaccagGCGGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATgg < 2:829847/114‑1 (MQ=255) cACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGt < 2:1563991/150‑1 (MQ=255) aCCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTg > 2:491582/1‑49 (MQ=255) aCCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTg < 1:491582/49‑1 (MQ=255) cAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACAAAGGCGCTGCGCCTTATCTGCGCGCGGTgcg > 1:1699150/1‑150 (MQ=255) cACCCGCCTGTTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCTTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCGCCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGTTTCTGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCa < 1:674925/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAGGa > 1:1534409/1‑150 (MQ=255) | AGTGTTGCCGCGTCAGCCGCTCAAGCCGATCGCCCAGGCACCTGCCTGGGTCGCGGGCATTCTCGCCCATCGTGGCCAGCTGGTTCCGGTCATCGACCTTGCCGCCTTGAGCTTTGGCCAGCCGGCGGTGCAACGCACCAGCACCCGCCTGGTGCTGGTGCACT‑ACCGAGGCGGCCTGCAGCTTGGCCTGATCCTGGAGCAGGCCACCGAAACCCTGCGTTGCCAACCGGACGAGTTCCAGCCCTATGGGGTGGACACAGGCGATGCGCCTTATCTGGGCCCGGTGCGCCAGGA > NC_002947/1693687‑1693980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |