| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,695,062 | C→G | 6.3% | A329G (GCC→GGC) | wspC → | biofilm formation methyltransferase WspC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,695,062 | 0 | C | G | 6.3% | 410.8 / 14.5 | 128 | A329G (GCC→GGC) | wspC | biofilm formation methyltransferase WspC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/66); new base G (4/4); total (58/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGTTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGGCGCTGAGCCACTATC > NC_002947/1694918‑1695211 | cgtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGc < 1:536570/150‑1 (MQ=255) gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACCGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt < 1:1507457/150‑1 (MQ=255) gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt > 1:1012089/1‑150 (MQ=255) gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt > 1:1145390/1‑150 (MQ=255) gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt < 2:1012089/150‑1 (MQ=255) ttCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTg < 1:266457/150‑1 (MQ=255) tCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGACCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTgg < 2:2325057/150‑1 (MQ=255) cACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGc < 2:885573/150‑1 (MQ=255) gacgTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCaa > 1:1007653/1‑150 (MQ=255) gacgTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCaa > 1:1558605/1‑150 (MQ=255) gacgTTGCCCGCACCGGTTTATCCCGCGCCGCATAGGCCGGGCCCTCGTTCGCGGCGCGTGCTGCCGGTGGAAGCAA‑‑‑CCAGACACTACCAGTGGAGGTAGGGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCCTTGCCCGTCTGGCCaa > 1:1152165/1‑150 (MQ=255) tGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCg < 1:1076897/150‑1 (MQ=255) cccGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGt < 1:2369468/150‑1 (MQ=255) ccGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTg > 2:1820587/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTg > 2:278844/1‑150 (MQ=255) cGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGACCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCggcca < 1:714220/150‑4 (MQ=255) gCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGcc > 2:45497/1‑150 (MQ=255) cACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCa < 2:208558/150‑1 (MQ=255) 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ccTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTAc < 2:1284215/150‑1 (MQ=255) ccTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTAc > 2:1235550/1‑150 (MQ=255) ccTCGTTCGCGGCGTGTGCGGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTAc < 2:382498/150‑1 (MQ=255) cTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTAcc > 2:271036/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAg < 1:1752796/150‑1 (MQ=255) ctgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCg < 2:2272100/94‑1 (MQ=38) ctgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCg > 1:2272100/1‑94 (MQ=38) tgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCCGTACCCGCCGt < 1:271036/150‑1 (MQ=255) tgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGt > 1:2107001/1‑150 (MQ=255) cGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGTCGGTGCCAGCGACCACGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCgg < 2:1818574/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAg < 1:854562/137‑1 (MQ=255) 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2:2232842‑M2/1‑47 (MQ=255) tggcaccGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCG‑‑GCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGgcgc > 2:289283/6‑150 (MQ=38) tGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGgcgc > 1:1532814/1‑150 (MQ=255) tGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGgcgc > 1:877677/1‑150 (MQ=255) gCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAg > 2:1078059/1‑93 (MQ=255) gCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAg < 1:1078059/93‑1 (MQ=255) accGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCTGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTc > 1:2132535/2‑86 (MQ=37) accGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTc < 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2:1088059/150‑1 (MQ=255) | CGTTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGGCGCTGAGCCACTATC > NC_002947/1694918‑1695211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |