| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,695,068 | T→C | 6.9% | L331P (CTG→CCG) | wspC → | biofilm formation methyltransferase WspC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,695,068 | 0 | T | C | 6.9% | 368.8 / 11.2 | 127 | L331P (CTG→CCG) | wspC | biofilm formation methyltransferase WspC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/64); new base C (4/5); total (57/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GTTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGGCGCTGAGCCACTATCGCAA > NC_002947/1694919‑1695215 | gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACCGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt < 1:1507457/150‑1 (MQ=255)gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt > 1:1012089/1‑150 (MQ=255)gtTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCt > 1:1145390/1‑150 (MQ=255) ttCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTg < 1:266457/150‑1 (MQ=255) tCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGACCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTgg < 2:2325057/150‑1 (MQ=255) cACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGc < 2:885573/150‑1 (MQ=255) gacgTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCaa > 1:1007653/1‑150 (MQ=255) gacgTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCaa > 1:1558605/1‑150 (MQ=255) gacgTTGCCCGCACCGGTTTATCCCGCGCCGCATAGGCCGGGCCCTCGTTCGCGGCGCGTGCTGCCGGTGGAAGCAA‑‑‑CCAGACACTACCAGTGGAGGTAGGGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCCTTGCCCGTCTGGCCaa > 1:1152165/1‑150 (MQ=255) tGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCg < 1:1076897/150‑1 (MQ=255) cccGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGt < 1:2369468/150‑1 (MQ=255) ccGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTg > 2:278844/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTg > 2:1820587/1‑150 (MQ=255) cGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGACCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCggcca < 1:714220/150‑4 (MQ=255) gCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGcc > 2:2088511/1‑150 (MQ=255) cACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCa < 2:208558/150‑1 (MQ=255) ggTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGa < 2:756867/150‑1 (MQ=255) ggTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGa < 2:1355316/150‑1 (MQ=255) 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cGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAAc < 2:1145390/150‑1 (MQ=255) ttGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCACGCCCGTAGCGAATGCCAACGc > 2:1594052/1‑150 (MQ=255) gCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTa > 1:2408979/1‑150 (MQ=255) ccTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTAc < 1:1235550/150‑1 (MQ=255) ccTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTAc < 2:1284215/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAg < 1:1752796/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCGGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGc < 2:246809/150‑1 (MQ=255) ctgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCg < 2:2272100/94‑1 (MQ=38) ctgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGGCCAGCCGGGCAATGCCg > 1:2272100/1‑94 (MQ=38) tgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCCGTACCCGCCGt < 1:271036/150‑1 (MQ=255) tgcCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGt > 1:2107001/1‑150 (MQ=255) 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GTTCACGACGTTGCCCGCACCGGTTTATCCGCAGCCCAGTGTGCCGTTGCCTCGTTCGCGGCGTGTGCTGCCGGTGGCGGCCAGG‑CCAG‑CGCGAGCCCGCGA‑GCACAGCCACGAGGGGGCCAGCGAGTTGCTGGCCGGCATTGCCCGGCTGGCCAATGCCGGTGCCAGCGAGCAGGCCCGTAGCGAATGCCAACGCTACCTGAGCCAGTACCCGCCGTCGGCACAGGTGTACTACTGGCTGGGTTTGCTCAGTGATACCGAAGGCGATGCGCAGCAGGCGCTGAGCCACTATCGCAA > NC_002947/1694919‑1695215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |