| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,724,495 | T→A | 9.9% | intergenic (+20/+29) | PP_1517 → / ← PP_1518 | RND family transporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,724,495 | 0 | T | A | 9.9% | 301.2 / 20.7 | 101 | intergenic (+20/+29) | PP_1517/PP_1518 | RND family transporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/45); new base A (6/4); total (51/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGT > NC_002947/1724347‑1724640 | ttGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:378727/150‑1 (MQ=255)ttGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTT‑CGCTGCGGGTTCCTGCCGACGCGGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:1498401/150‑1 (MQ=255) cgcgTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccc < 1:841140/150‑1 (MQ=255) gcgAAGTGTGTTCCACGGCCCGATGGCGGTGACGCTCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGAGGCTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccct > 2:2151100/1‑150 (MQ=255) gTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccctcc < 2:2043977/150‑1 (MQ=255) gTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccctcc < 2:1989761/150‑1 (MQ=255) gTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTAAGccctcc < 1:1162199/150‑1 (MQ=255) tgtgtTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCGAAGGGAGGGCTAAGccctccccct < 1:579895/150‑4 (MQ=255) tgtgtTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccct < 2:1783104/144‑1 (MQ=255) tgtgtTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccct > 1:1783104/1‑144 (MQ=255) ttCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCgg < 2:897050/150‑1 (MQ=255) ttCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCgg > 1:897050/1‑150 (MQ=255) tACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGGGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTa > 1:1916581/1‑150 (MQ=255) tACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGAACGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTa > 1:1171671/1‑150 (MQ=255) ccGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCg > 2:2371212/1‑150 (MQ=255) atgagggTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGGGGGCACGGTGCTCACACTGC‑TGTGCCTGCCGGCGTCGTATGCGGGATGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAATGCCCCAGGGGCAGTGCTTAGCGCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 2:139531/145‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 1:2148269/1‑150 (MQ=255) gATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:441254/143‑1 (MQ=255) gATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:441254/1‑143 (MQ=255) taaTGGGCGGGCTGGGCGTGGATAGGGTGGTTACACTGT‑TGTTCTTGGCGGTGGTGTATGCGGGGTGTTTCAGGGTGAAGAATGGCTGGAGGCGGCAGGGGGAGGGTTGAGCTCTGGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCg < 2:85430/148‑1 (MQ=255) tCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCggg < 2:1533109/126‑1 (MQ=255) tCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCggg > 1:1533109/1‑126 (MQ=255) gggcTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACctt > 2:234722/1‑150 (MQ=255) ggcTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttc > 2:1317419/1‑150 (MQ=255) gcTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttct > 2:199880/1‑150 (MQ=255) gcTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttct < 1:2151852/150‑1 (MQ=255) gcTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttct < 1:1107668/150‑1 (MQ=255) cTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttctt > 1:721609/1‑150 (MQ=255) tGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTg > 2:2136957/1‑150 (MQ=255) tGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTg > 2:614174/1‑150 (MQ=255) tCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGcc > 1:218982/1‑150 (MQ=255) tCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGCACTGCCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGcc > 1:127013/1‑150 (MQ=255) ggCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGc < 2:2126416/150‑1 (MQ=255) gcacaGTCCTTACCCCGC‑TGTTCCTGCCCGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAATGGCTGAAGGCCGCAGGGGTAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTg < 1:825330/149‑1 (MQ=255) cACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTgg < 2:1916581/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTa < 2:1539531/150‑1 (MQ=255) cTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAgccgc > 1:1179333/1‑150 (MQ=255) ttACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAgccgcc > 2:475142/1‑150 (MQ=255) cacTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCgg > 1:354063/1‑92 (MQ=255) cacTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCgg < 2:354063/92‑1 (MQ=255) acTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTg > 1:1091779/1‑150 (MQ=255) ctgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGTGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGc < 1:2371212/150‑1 (MQ=255) tgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:2150114/74‑1 (MQ=255) tgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa > 2:2150114/1‑74 (MQ=255) tgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTTTACCCGcgaag < 2:786431/103‑5 (MQ=255) tgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTTTACCCGcgaag > 1:786431/1‑99 (MQ=255) tgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGa < 1:961379/118‑1 (MQ=255) tgc‑tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGcc > 2:892408/1‑150 (MQ=255) tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttct < 1:2076108/121‑1 (MQ=255) tgTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACcttct > 2:2076108/1‑121 (MQ=255) gTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGt > 2:1656155/1‑133 (MQ=255) gTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGt < 1:1656155/133‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTc < 2:721609/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTg < 1:1256815/150‑1 (MQ=255) cTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTg < 1:2136957/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTaaa < 1:821759/85‑1 (MQ=255) tGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTaaa > 2:821759/1‑85 (MQ=255) gCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGc < 1:1162639/150‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCg < 1:195800/150‑1 (MQ=255) cGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa > 2:1385475/1‑59 (MQ=255) cGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa > 2:1385698/1‑59 (MQ=255) cGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:1385475/59‑1 (MQ=255) cGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTa < 1:1385698/59‑1 (MQ=255) ttGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGtt > 2:937360/1‑150 (MQ=255) tATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTg < 2:1091779/150‑1 (MQ=255) gcggcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTg < 2:1375075/147‑1 (MQ=255) gcggcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGACGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTg > 1:1375075/1‑147 (MQ=255) cggcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccctcc > 2:582499/1‑57 (MQ=255) cggcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGccctcc < 1:582499/57‑1 (MQ=255) ggcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTg < 2:1817077/133‑1 (MQ=255) ggcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTg > 1:1817077/1‑133 (MQ=255) gcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 1:1483403/78‑1 (MQ=255) gcgTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:1483403/1‑78 (MQ=255) gTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGtt > 1:1025875/1‑150 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGc > 2:294021/1‑102 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGc < 1:294021/102‑1 (MQ=255) gTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGc > 1:502509/1‑150 (MQ=255) cAGGGTGAAGGGGGGCTGAAGGCCGCAGGGGCAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGa < 2:2200262/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGa < 2:1171671/150‑1 (MQ=255) gggTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatc < 2:1025875/150‑1 (MQ=255) gaagaaGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtct < 1:234722/150‑1 (MQ=255) aagaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc < 1:199880/150‑1 (MQ=255) aagaagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc > 2:848245/1‑150 (MQ=255) taagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGa > 2:1648251/2‑150 (MQ=255) aagGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTACCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGaa > 1:2068396/1‑150 (MQ=255) gCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAgg > 1:1691206/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCa < 1:2021770/150‑1 (MQ=255) cAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAgcgc < 1:942845/150‑1 (MQ=255) gaagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatc < 2:2297831/123‑1 (MQ=255) gaagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTACTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGatc > 1:2297831/4‑126 (MQ=255) gaagggAGGGCTAAGCCCTCCCCTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGcc > 2:430589/4‑150 (MQ=255) aagggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCt > 2:1549389/3‑150 (MQ=255) agggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCtt > 2:721748/2‑150 (MQ=255) gggAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTtc > 2:343971/1‑150 (MQ=255) gcgAGGGCTAAGCCCTCCCTACGCGGGTAAACCCGCTACTACAGCGCGCCGACGCCGTTCTCGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGCTTCTGGCGCATGTCCTGCCACTTTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCAATCAAGCGCCTtc > 2:118983/3‑150 (MQ=255) gAGGGCTAAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTtctc < 1:721748/150‑1 (MQ=255) aGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCg > 2:67099/1‑150 (MQ=255) ggCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc < 2:2336724/123‑1 (MQ=255) ggCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCAtctc > 1:2336724/1‑123 (MQ=255) ggCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGt > 1:1275011/1‑150 (MQ=255) | TTGTCGCGTAGTGTGTTCTACGGGCCGATGGCGGTGGCGATCATGGGCGGGCTGATCGTGGCCACGGTGCTTACACTGC‑TGTTCCTGCCGGCGTTGTATGCGGCGTGGTTCAGGGTGAAGAAGGGCTGAAGGCCGCAGGGGGAGGGCTTAGCCCTCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGCGCGCCGAAGACCTTCTTGGCCAGGCTGGTAGCCGCCGCTGCCGGGTTCTGGCGAATGTTCTGCTCCTGTTTGCCGATCATCTCGAACAGGCCATCCAGCGCCTTCTCGGT > NC_002947/1724347‑1724640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |