| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,871,418 | T→A | 7.8% | L217Q (CTG→CAG) | cobC → | adenosylcobinamide‑phosphate synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,871,418 | 0 | T | A | 7.8% | 264.6 / 12.2 | 90 | L217Q (CTG→CAG) | cobC | adenosylcobinamide‑phosphate synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/45); new base A (3/4); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
GGACAACACCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGCCTGGC > NC_002947/1871269‑1871562 | ggACAACACCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGTGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAgct > 2:1560085/1‑150 (MQ=255)ggACAACACCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAgct > 2:2205248/1‑150 (MQ=255) acaacaCCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAgctgc > 1:1480078/1‑150 (MQ=255) cacCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCgg > 2:93577/1‑150 (MQ=255) acCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGc > 2:1849329/1‑150 (MQ=255) cccGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGccc > 2:1336416/1‑150 (MQ=255) cccGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGccc < 1:2192314/150‑1 (MQ=255) cccGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCAGCTCGGcca < 2:239320/150‑2 (MQ=255) ccGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGcccc > 2:2359585/1‑150 (MQ=255) ccGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGcccc > 1:855703/1‑150 (MQ=255) ccGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCAGCTCGGccag < 2:1031841/150‑3 (MQ=255) ggcggACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTg > 2:876949/1‑150 (MQ=255) tggtggACTGGGGCGAACGCGCGGGGCTGATCGTGCTGCTCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGACGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGACCGTGCTGCTCGGCCCCTTGACCGTCAACg < 2:252474/150‑1 (MQ=255) tggACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGCTCTTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGcc < 1:1578039/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGTGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGAc < 2:1745208/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGAc < 1:2205248/150‑1 (MQ=255) cTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGAc < 1:1009342/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCCAcc > 1:646887/1‑150 (MQ=255) 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2:1571690/1‑150 (MQ=255) cgccgAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAg < 2:17318/87‑1 (MQ=255) cgccgAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAg > 1:17318/1‑87 (MQ=255) acacAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCa > 2:413162/1‑150 (MQ=255) acacAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCa > 1:2326652/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTg > 2:526345/1‑150 (MQ=255) tgctgctgcGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTgc < 2:2326652/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCg > 2:664109/1‑130 (MQ=255) tgctgcGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCg < 1:664109/130‑1 (MQ=255) gctgcGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAg < 1:1717378/150‑1 (MQ=255) gctgcGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCAAGGACAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGACAGGCGCACGTGTTGCGCAg > 1:1328969/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCg > 1:1829969/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCAGACCCGGGTGCTGGACAAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCTAGCCTGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACCTGTTGCGCAGTGCCgg > 2:50212/1‑150 (MQ=255) tgggCCGAGCAGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGc > 1:1756055/3‑150 (MQ=255) ggCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGCCt < 1:663120/150‑1 (MQ=255) ggCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGCCt < 1:1298402/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGCCTg < 1:468340/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGCCTGgc > 1:1437257/1‑150 (MQ=255) gctgctCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCCGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCg > 2:770885/1‑114 (MQ=255) gctgctCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCCGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCg < 1:770885/114‑1 (MQ=255) | GGACAACACCCCGGCGGACAGCGTGGTGGACTGCGCCGAACGCCCGGGGCTGATCGTGCTGCGCTCGTTTGGCAAGTTCTTCGGCTTGGCCGGCGTGCGCCTGGGCTTCGTTGCCGCCGAACACAGCTTGCTGCTGCGCCTGGCCGAGCTGCTCGGCCCCTGGACCGTCAACGGCCCGACCCGGGTGCTGGCCCAGGCCAGCCTGTCTGATGAGACTGCCCAGCGCGCGCAGGCCCAACGCTGTGCTGCTGCCAGCCAGCGGCTTGCGCACGTGTTGCGCAGTGCCGGCCTGGC > NC_002947/1871269‑1871562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |