| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,871,945 | A→G | 10.1% | Q63R (CAG→CGG) ‡ | cobQ → | adenosyl‑cobyric acid synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,871,945 | 0 | A | G | 10.1% | 215.5 / 11.9 | 81 | Q63R (CAG→CGG) ‡ | cobQ | adenosyl‑cobyric acid synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/47); new base G (4/4); total (29/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
AGGCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACTGCCATGCA > NC_002947/1871796‑1872092 | aGGCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGcaggccca < 1:2338720/150‑1 (MQ=255)aGGCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGcaggccca > 2:1898215/1‑150 (MQ=255) ggCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGcaggcccag < 1:1903192/150‑1 (MQ=255) ggCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGcaggcccag < 1:1674580/150‑1 (MQ=255) ggCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGcacgcccag > 2:611097/1‑150 (MQ=255) gCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGcaggcccagg < 1:481093/150‑1 (MQ=255) agCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGc > 1:1714502/1‑150 (MQ=255) gCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGcc > 1:238506/1‑150 (MQ=255) 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tgCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGAc < 2:1662389/150‑1 (MQ=255) tgCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGAc < 1:1183161/150‑1 (MQ=255) ggcggctggctgTTGCGCCAGGGCCTAGCTGTGGTGCCCTCCAAGCCACAGAACATGACGCTGGACAGCGAGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGAc < 2:508407/146‑1 (MQ=255) ggCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCTCGTCAAGCTGCAGAAGCTGGCGCTGAACAGCGCGGTGGCGGCTGATGTCGGTGAAATCGGGCGGGCCGAGCCGGTGCAGGCCCTGGCGGGTCGGCTACGTCGGCACATCGAc < 2:743907/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACAt > 2:1505877/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACAt < 1:314346/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACAt > 1:413744/1‑150 (MQ=255) ctgTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCg < 1:237607/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGtg > 1:1494771/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGtgct < 2:1818253/150‑1 (MQ=255) 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1:79706/102‑3 (MQ=255) tgtgGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCTGGGCCTGcac > 2:79706/1‑100 (MQ=255) tgtgGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCGACAg > 1:622344/1‑150 (MQ=255) gtggtgCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGc < 2:1597853/150‑1 (MQ=255) ggtgCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGa < 1:1848445/150‑1 (MQ=255) ggtgCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGa < 1:1891082/150‑1 (MQ=255) cccTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCTGGGCCTGca > 2:1402658/1‑93 (MQ=255) cccTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCTGGGCCTGca < 1:1402658/94‑2 (MQ=255) ccTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCg < 1:1898215/150‑1 (MQ=255) ttCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGgc > 1:279739/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGgcg < 1:774463/150‑1 (MQ=255) aaGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTa < 2:1357974/93‑1 (MQ=255) aaGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTa > 1:1357974/1‑93 (MQ=255) aGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGccc < 2:413744/150‑1 (MQ=255) ccACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAg < 1:499243/150‑1 (MQ=255) ccACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCACACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAg > 2:672731/1‑150 (MQ=255) cacaGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGca > 2:2071097/1‑83 (MQ=255) cacaGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGca < 1:2071097/84‑2 (MQ=255) acaGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGt > 2:2255709/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGtcatc < 2:324776/95‑1 (MQ=255) aGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATaaaa > 1:860496/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAAc < 2:6095/150‑1 (MQ=255) gCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTAGCGGCGTGAGCCGCACGGATCGAGGGGCCTACCACGACTATAAAAcc > 2:1230842/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACt > 2:220073/1‑150 (MQ=255) gccggcccaggccTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACTGc < 1:799322/147‑1 (MQ=255) aggcccaggccTGCCGGCTAGCACCGCACACCGACATGAACACGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCATCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACTGCCa < 2:1369696/150‑1 (MQ=255) ccaggccTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACTGCCATGCa > 2:1443041/1‑150 (MQ=255) ccaggccTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACTGCCATGCa > 1:831100/1‑150 (MQ=255) caggccTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTcgcgc < 1:1526671/95‑1 (MQ=255) caggccTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTcgcgc > 2:1526671/1‑95 (MQ=255) | AGGCAAGAGCACACTGGTGACCGCGTTGTGCCGCTGGCTGTTGCGCCAGGGCGTCGCTGTGGTGCCCTTCAAGCCACAGAACATGGCGCTGAACAGCGCGGTGACGGCTGATGGCGGTGAAATCGGCCGGGCCCAGGCGGTGCAGGCCCAGGCCTGCCGGCTACAACCGCACACCGACATGAACCCGGTGCTGCTCAAGCCCAACAGCGACACCGGCGCCCAGGTCATCATCCACGGTCGCGCGGTCACCAGCATGAATGCAGTGGCCTACCACGACTATAAAACCACTGCCATGCA > NC_002947/1871796‑1872092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |