| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,888,482 | 0 | T | A | 7.5% | 323.3 / 14.1 | 107 | E611D (GAA→GAT) | PP_1695 | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/46); new base A (5/3); total (57/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCCACCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTG > NC_002947/1888336‑1888631 | gCCACCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCg > 1:1239724/1‑150 (MQ=255) ccaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATgg < 1:1985228/150‑1 (MQ=255) ccaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATgg > 2:1985228/1‑150 (MQ=255) aGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACTCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGACTTGCAGCAGGGGGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTCCGATGgcc < 1:529893/150‑1 (MQ=255) aGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGgcc > 1:567336/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCCATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGgccgc < 1:795515/150‑1 (MQ=255) ggTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCATCGAAGgccgcgacat < 1:1617574/150‑6 (MQ=255) tgcTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCTATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGTCCTTCTATGGCCGCCTTGacc > 2:507541/3‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCg > 1:26751/1‑150 (MQ=255) ctcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGc > 1:1136097/1‑150 (MQ=255) tcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGcc > 2:683690/1‑150 (MQ=255) tcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGcc > 2:296135/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAgg < 2:2298150/127‑1 (MQ=255) gcgcCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGCCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAgg > 1:2298150/1‑127 (MQ=255) cgcCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGgc < 1:1473225/150‑1 (MQ=255) cTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCt > 1:1887221/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCg < 1:2064639/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCg < 1:997877/150‑1 (MQ=255) cagcagGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGgt < 2:1228812/150‑1 (MQ=255) 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cATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAg < 1:1287760/116‑1 (MQ=255) cATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAg > 2:1287760/1‑116 (MQ=255) cATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCATGACCTGCGGGTAGGaaagggg > 2:2316927/1‑146 (MQ=255) tcaaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCTATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCgg > 2:1287649/6‑150 (MQ=255) gTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCNACGAGGNACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGAt > 1:1836656/1‑150 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGa > 1:343305/4‑86 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGcc > 2:1930620/4‑129 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGAt > 2:619935/4‑150 (MQ=255) tCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa < 1:72990/148‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa > 2:72990/1‑148 (MQ=255) gcgGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa > 2:939735/1‑146 (MQ=255) gcgGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa < 1:939735/146‑1 (MQ=255) ggCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGt > 2:1579971/1‑105 (MQ=255) ggCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGt < 1:1579971/105‑1 (MQ=255) ggCATTCGAAGGCCGCCTTGACCACAACACACGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGc < 1:507541/150‑1 (MQ=255) cTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt < 1:1773442/118‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCTCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt < 1:720709/117‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCTCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt > 2:720709/1‑117 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAggg > 1:2039040/1‑106 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAggg < 2:2039040/106‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGc < 1:847274/125‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg > 1:2064298/1‑150 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg > 2:2369936/1‑150 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg < 2:1883560/150‑1 (MQ=255) | GCCACCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTG > NC_002947/1888336‑1888631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |