| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,888,487 | T→A | 7.7% | I610F (ATC→TTC) | PP_1695 ← | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,888,487 | 0 | T | A | 7.7% | 361.5 / 15.4 | 115 | I610F (ATC→TTC) | PP_1695 | sodium‑solute symporter/two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/50); new base A (5/4); total (61/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTG > NC_002947/1888340‑1888631 | ccaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATgg > 2:1985228/1‑150 (MQ=255)ccaGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATgg < 1:1985228/150‑1 (MQ=255) aGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACTCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGACTTGCAGCAGGGGGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTCCGATGgcc < 1:529893/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTAcc > 2:838143/1‑150 (MQ=255) ctGGTTGATGTTGTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTAcc > 2:837330/2‑150 (MQ=255) ttCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAg < 1:1736907/135‑1 (MQ=255) ttCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCg > 1:26751/1‑150 (MQ=255) ctcGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGc > 1:1136097/1‑150 (MQ=255) 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cagcagGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGgt < 1:683690/150‑1 (MQ=255) cagcagGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCAACACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGgt < 1:277615/150‑1 (MQ=255) agGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCcagcag > 2:1632182/1‑137 (MQ=255) agGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCcagcag < 1:1632182/137‑1 (MQ=255) agGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGc < 1:1865380/150‑1 (MQ=255) 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cATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAg < 1:1287760/116‑1 (MQ=255) cATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCATGACCTGCGGGTAGGaaagggg > 2:2316927/1‑146 (MQ=255) tcaaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCTATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCgg > 2:1287649/6‑150 (MQ=255) aatgcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGcc < 1:1930620/126‑1 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGa > 1:343305/4‑86 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGa < 2:343305/83‑1 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGcc > 2:1930620/4‑129 (MQ=255) aaggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGAt > 2:619935/4‑150 (MQ=255) tCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa < 1:72990/148‑1 (MQ=255) tCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa > 2:72990/1‑148 (MQ=255) ggcgGCCATCGAAGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGa > 2:2086762/2‑150 (MQ=255) cgcgGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGa < 1:1746015/150‑1 (MQ=255) gcgGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa < 1:939735/146‑1 (MQ=255) gcgGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGa > 2:939735/1‑146 (MQ=255) ggCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGt < 1:1579971/105‑1 (MQ=255) ggCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGt > 2:1579971/1‑105 (MQ=255) ggCATTCGAAGGCCGCCTTGACCACAACACACGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGc < 1:507541/150‑1 (MQ=255) cTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt > 2:1773442/1‑118 (MQ=255) cTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt < 1:1773442/118‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCTCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt < 1:720709/117‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCTCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCtt > 2:720709/1‑117 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGc < 1:847274/125‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg > 1:2064298/1‑150 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg > 2:2369936/1‑150 (MQ=255) ttCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTg < 2:1883560/150‑1 (MQ=255) | CCAGGTGCAGGTTCTGGTCGACCACGCTGATGCCTTGGTTGATGTTCTCGATGGCGCCTTGCAGCAGGGCGCGGTTGAACTGCAGCACCTCACTGGCTTCGTCAGCGATGCGCACCACGTCTTCCAGTTGCATGTCGCGGCCTTCGATGGCCGCCTTGACCACCGCGCGGGTCGACGAGGTACCGAGCACCCCGGCCAGCAGGCGCTCGGTGTGCTCGATCCAGTCGCCATCGGCGTTCTGGTTAGGGTTGAAACCCTTGCCCTGGCGGTAGGCAAAGCGGATGAAGCTCTG > NC_002947/1888340‑1888631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |