| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,033,417 | C→G | 7.6% | I285M (ATC→ATG) | pgi‑I → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,033,417 | 0 | C | G | 7.6% | 246.2 / 12.5 | 95 | I285M (ATC→ATG) | pgi‑I | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/49); new base G (3/4); total (41/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
TCGGAAGCCGAGCTGTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCAA > NC_002947/2033268‑2033565 | tCGGAAGCCGAGCTGTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATc > 1:2087777/1‑150 (MQ=35)tCGGAAGCCGAGCTGTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATc > 1:2295113/1‑150 (MQ=35) aaggCCGAGCTGTCCCCCCTCTTCATTGCCGTATCCAGAAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAACCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGcc < 1:684504/147‑1 (MQ=11) aGCCGAGCTGTACCGCCACTTCATTGCCGTATCAAGCAACACGGCCGCTGCTTTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGGGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCt < 1:519002/150‑1 (MQ=255) cccGCCCCTCCTTTGCCTTATCAACAAACAAGGCCCCTGCGGTAGCTTTCGGTATCCGCGAAAAAAACTTCTTCCCGATGGGGGACTGGGGGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATGGCCAGGGCGATCGGCa < 1:188100/149‑1 (MQ=2) aCCGCCACTTCATGGCCGGATCCAGAAACAAGGCCGCTGCTGTACCGTATGGTTTCTGCGAAGAAACCATCTTCCCTATGGGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATGGCCAGGGCGATCGGCa < 2:1045483/150‑1 (MQ=11) cccACTTCATCCCGGTATCCACCAACAAGGCCGCTGCTGTACCGTTCGTTACCCGCGAAGAAAACATCCTCCCGTTGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTg < 1:1998524/149‑1 (MQ=11) ccACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGc > 1:1699738/1‑150 (MQ=35) aTTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTc > 1:208793/1‑150 (MQ=34) tGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCaa < 1:1689556/150‑1 (MQ=34) tGCCGTACCCATCAACAGGGCCGCTGCTGTAGCGTCCGGTTCCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGTTGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCaa < 1:1338914/150‑1 (MQ=11) tGCCGTACCAAACAACAGGCCCCCTGCTGTAGCTTTCGGTATCCGCGAAAAAAACATCTTCCCGATGTGGGCCTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCaa < 1:2028879/150‑1 (MQ=11) ccGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAgg > 2:742009/1‑150 (MQ=35) aTCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAAct < 1:1512148/150‑1 (MQ=34) tcaaGCAACACGGCCGCTGCTCTAGAGTTCGGTATCCGCGAAGAAACCACCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActg < 1:485655/147‑1 (MQ=11) cAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActgct > 1:980158/1‑150 (MQ=35) cAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActgct > 1:1121727/1‑150 (MQ=35) cAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGGATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGTGCGCTACTCGCTGTGCTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActgct > 1:2090431/1‑150 (MQ=255) 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gCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGcc > 1:1449603/1‑150 (MQ=39) cGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTa > 2:847392/1‑150 (MQ=38) tgctgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTCCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTacac < 1:1875495/150‑1 (MQ=38) ctgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCa > 1:1989185/1‑150 (MQ=39) gTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCaa < 1:1279207/122‑1 (MQ=35) gTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCaa > 2:1279207/1‑122 (MQ=37) gTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGGGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATg < 2:1580164/150‑1 (MQ=38) tggCGTTCGGTACCCGAGAAGAAAACATCTTCCCGATGGGGGACTGGGGGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATgg < 2:1971795/148‑1 (MQ=255) tAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATgg < 1:847392/150‑1 (MQ=38) gTTCGGTATCGGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACGGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCa < 2:1747813/150‑1 (MQ=255) ttCGGTATCCGCGAAGAAACCATCTCCCCGAGGGGGGACGGGGGGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTCCACCATGGACCAg < 2:1352020/150‑1 (MQ=11) 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gcgAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGa > 2:646944/1‑150 (MQ=38) gcgAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGa > 1:773205/1‑150 (MQ=38) aaaaCATCTCCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCAc < 1:92971/150‑1 (MQ=38) aaaCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATTGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGa < 1:1661942/143‑1 (MQ=38) aaaCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATTGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGa > 2:1661942/1‑143 (MQ=255) acttCTTCCCGTTGTGGGATTGGGGGGGTGGCCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGt < 2:1449603/147‑1 (MQ=11) tttCCCGATGTGGGAGGGGGGGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGa < 2:1989185/149‑1 (MQ=255) ttCCGGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGACGATAGCGCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGAc > 2:448850/1‑150 (MQ=255) cccGAGGTGGGACTGGGTGGTTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCTGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACaa < 1:1116785/150‑1 (MQ=255) ccGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTg > 2:2257124/1‑66 (MQ=255) ccGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTg < 1:2257124/66‑1 (MQ=40) 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gTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGCTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGGGGTa > 1:749907/1‑150 (MQ=17) cagggCGATCGGCAGGCCGATGGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTa > 2:2010960/4‑150 (MQ=11) tCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTAt < 1:1961350/150‑1 (MQ=32) cGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTg < 2:1527050/128‑1 (MQ=32) cGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTg > 1:1527050/1‑128 (MQ=32) ggCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATgg < 1:646944/150‑1 (MQ=32) gCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGc > 1:20651/1‑138 (MQ=33) gCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGc < 2:20651/138‑1 (MQ=33) gCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGc < 1:1754918/150‑1 (MQ=32) ggCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTc > 1:1850160/1‑150 (MQ=32) ggCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTc < 2:773205/150‑1 (MQ=32) gCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCt < 2:1850160/150‑1 (MQ=32) cTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCGCTCCGGTGGCTACCCCATGGGCCAACACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCGACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTgg < 1:116678/150‑1 (MQ=11) ccGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCa > 1:655247/1‑68 (MQ=37) ccGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCa < 2:655247/68‑1 (MQ=37) ccGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGAc < 2:1495631/150‑1 (MQ=32) gATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCgtgt > 2:1291015/1‑128 (MQ=33) gATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCgtgt < 1:1291015/128‑1 (MQ=33) tCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCaa > 2:1874265/1‑150 (MQ=32) | TCGGAAGCCGAGCTGTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGTCCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCAA > NC_002947/2033268‑2033565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |