| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,051,108 | T→A | 7.7% | intergenic (‑63/+23) | PP_1825 ← / ← PP_1826 | hypothetical protein/isochorismatase family hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,051,108 | 0 | T | A | 7.7% | 307.2 / 12.1 | 102 | intergenic (‑63/+23) | PP_1825/PP_1826 | hypothetical protein/isochorismatase family hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/49); new base A (3/5); total (48/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CGACAGGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGACGC > NC_002947/2050959‑2051256 | cGACAGGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCt > 2:148279/1‑150 (MQ=255) ggccggccGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCgg < 1:2166563/150‑1 (MQ=255) ggccggccGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCgg < 1:1763637/150‑1 (MQ=255) cggccgCCAGGCGGGCCCCCCAGTTACGCGGGTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCg < 1:405252/150‑1 (MQ=255) ggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCgg > 2:1975729/1‑150 (MQ=255) ccgccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTc < 2:1520962/150‑1 (MQ=255) cgctAGGCGGGCGCCCCACTGACCCGGTTCGCGCGTGCGCAGCCGTTTGGCGTCGCAACTGCCTTTACGCTTCATTCCGCTCTCCTCGTTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCGATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCggatc < 2:595154/150‑4 (MQ=255) cgccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCggaac < 2:1974481/150‑4 (MQ=255) gccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCt < 1:1975729/150‑1 (MQ=255) ggcgggcgCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCaa > 1:2359362/1‑150 (MQ=255) gcCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTc > 2:828366/1‑150 (MQ=255) ttACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGTTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAg < 2:1379356/150‑1 (MQ=255) ttACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAg > 2:857023/1‑150 (MQ=255) tACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAgg < 1:341642/150‑1 (MQ=255) aCGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAACTGGATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCAGCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGc > 1:441715/1‑150 (MQ=255) gcgGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTg > 1:1657629/1‑150 (MQ=255) gcgGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGGTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTg > 2:1643842/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCgg > 2:1982822/1‑150 (MQ=255) gcgcgGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGACCCTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGCCCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCTGTTCTGCGGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑gg < 1:1024413/150‑1 (MQ=255) gcgcgGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑gg < 1:378640/150‑1 (MQ=255) ctcgGTCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑ggg < 2:372763/148‑1 (MQ=255) gcgGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑gggg < 1:1982822/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTc < 1:1938683/109‑1 (MQ=255) aGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGGTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCa > 1:1422038/1‑150 (MQ=255) ttGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGaa > 2:2253664/1‑150 (MQ=255) ttGGCGTCGAAACTCCCCTTAACCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGCATATCCGGAATTCCACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGaa < 1:1192856/150‑1 (MQ=255) cGAAACTGTCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCa < 2:725441/150‑1 (MQ=255) cGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCa < 2:1670445/150‑1 (MQ=255) gAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAg > 1:2016417/1‑150 (MQ=255) tGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATc > 1:1117012/1‑150 (MQ=255) tttAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑gggg < 2:399172/119‑1 (MQ=255) tttAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑gggg > 1:399172/1‑119 (MQ=255) tttAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACgg > 2:2130764/1‑150 (MQ=255) ttAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGc > 1:1212373/1‑150 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aggaccGCCCGGCAGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTc < 1:1668749/128‑1 (MQ=255) gTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGAc > 2:1538840/1‑125 (MQ=255) gTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGAc < 1:1538840/125‑1 (MQ=255) gTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAAt < 1:594550/138‑1 (MQ=255) gTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAAt > 2:594550/1‑138 (MQ=255) gTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACgg > 2:2312756/1‑150 (MQ=255) ttCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAg < 1:1536063/142‑1 (MQ=255) ttCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAg > 2:1536063/1‑142 (MQ=255) tCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGt < 1:1438039/150‑1 (MQ=255) tCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGt < 2:1117012/150‑1 (MQ=255) ccGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTg < 1:624098/150‑1 (MQ=255) ccGCCCGGCAGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTg > 1:2247857/1‑150 (MQ=255) cGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTgg < 1:2253664/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGCCGTTTTTCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGc < 1:1643842/150‑1 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGt > 1:1102830/1‑125 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGt < 2:1102830/125‑1 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGt > 2:2229426/1‑125 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGt < 1:2229426/125‑1 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGt < 1:2229529/125‑1 (MQ=255) gCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGt > 2:2229529/1‑125 (MQ=255) cGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGa < 2:1422038/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCGGGTGCACCCGGAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGCCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGAc < 2:441715/150‑1 (MQ=255) | CGACAGGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGT‑GGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGACGC > NC_002947/2050959‑2051256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |