| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,063,244 | G→A | 6.6% | intergenic (+58/‑149) | PP_1838 → / → PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,063,244 | 0 | G | A | 6.6% | 314.0 / 7.7 | 107 | intergenic (+58/‑149) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/52); new base A (3/4); total (50/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAA > NC_002947/2063100‑2063393 | cTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGCTGAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTc < 1:149046/150‑1 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGGAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCg > 2:2000750/1‑150 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCg > 1:790050/1‑150 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCg > 1:745175/1‑150 (MQ=255) aagaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGa < 1:1685926/150‑1 (MQ=255) agaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAc < 1:1671780/150‑1 (MQ=255) gaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAcc > 2:741234/1‑150 (MQ=255) gaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAcc < 1:1682819/150‑1 (MQ=255) gaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTACACAGGGTTCGGAcc > 2:156528/1‑150 (MQ=255) agCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt < 1:2355388/150‑1 (MQ=255) tGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt > 1:1117919/1‑147 (MQ=255) tGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt < 2:1117919/147‑1 (MQ=255) cGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCaatgc < 2:312998/150‑5 (MQ=21) 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cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcac > 1:832172/1‑150 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGACaa > 2:165712/1‑129 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 1:1017800/1‑150 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 2:1703191/1‑150 (MQ=255) ccgccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAGGCCCGCGAATGGGCCCCGCACaa < 2:832172/150‑1 (MQ=255) gccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAAtt < 1:857595/150‑1 (MQ=255) cgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGaa > 1:2065616/1‑132 (MQ=255) cgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGaa < 2:2065616/132‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGTGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt > 1:1874145/1‑95 (MQ=255) gCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt < 2:1874145/95‑1 (MQ=255) ggtggtgCACGGAACACTGAATTAACCCGGGGCCGCGTTGTGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCCCAGGCATTGCGCAGGGTTCGAACCTTGTGCTGGTCC‑TGTCCAAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTccc < 2:314318/149‑1 (MQ=37) 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acaGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTga < 2:1332990/150‑1 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTccc > 1:575055/1‑80 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTccc < 2:575055/80‑1 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATc > 1:2181226/1‑124 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATc < 2:2181226/124‑1 (MQ=255) ggCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt > 1:471445/1‑140 (MQ=255) gCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg < 1:232213/150‑1 (MQ=255) gCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGGGTTAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg > 1:1396891/1‑150 (MQ=255) ttGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTc > 2:742925/1‑150 (MQ=255) tGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTcc > 1:1079797/1‑150 (MQ=38) acaGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt > 2:1566647/1‑150 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTc < 1:1751494/106‑1 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTc > 2:1751494/1‑106 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGgtg > 2:429950/1‑125 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGgtg < 1:429950/125‑1 (MQ=255) | CTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAA > NC_002947/2063100‑2063393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |