Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,063,248 | T→C | 6.7% | intergenic (+62/‑145) | PP_1838 → / → PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,063,248 | 0 | T | C | 6.7% | 315.9 / 5.7 | 110 | intergenic (+62/‑145) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/51); new base C (3/5); total (51/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGA > NC_002947/2063100‑2063396 | cTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGCTGAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTc < 1:149046/150‑1 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGGAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCg > 2:2000750/1‑150 (MQ=255) tCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCg > 1:745175/1‑150 (MQ=255) aagaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGa < 1:1685926/150‑1 (MQ=255) agaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAc < 1:1671780/150‑1 (MQ=255) gaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTACACAGGGTTCGGAcc > 2:156528/1‑150 (MQ=255) tGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt > 1:1117919/1‑147 (MQ=255) cGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCaatgc < 2:312998/150‑5 (MQ=21) 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cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGt < 1:2353953/136‑1 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCggg > 1:316506/1‑150 (MQ=255) ccAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGc > 1:2051560/1‑150 (MQ=255) gagCCTGCTGGATAACCCCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTCCAAAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCC‑TGTGGGAGCGGGCAAGCCcgc < 1:660001/150‑1 (MQ=17) ccTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc > 1:1474339/1‑125 (MQ=255) gctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGGGCGGGCAAGCCCGCGAATgg > 2:232213/1‑150 (MQ=255) gctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATgg < 1:204759/150‑1 (MQ=255) tgGATACCACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAACTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGCTCC‑TGTGTGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGc < 2:796695/150‑1 (MQ=255) ggATAGAACCGCCGGCGGGGTGCACGGCCCCCCAAGGTAAACAGTGGCCGCGTCGCGGCCAACGCGCGGCCGTGCCCGCTCCCCCAGGAGTTCCCCAGCTTGCGGACCTTGT‑CATGCCCTTCTGCGAGCGCACAAGCCCGCGAATGGGcc < 2:2113045/150‑1 (MQ=255) gATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGccc < 1:1843306/150‑1 (MQ=255) gATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCC‑tgtgg > 2:1309949/1‑123 (MQ=17) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAACCCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCg > 1:2279840/1‑150 (MQ=255) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTtgtg < 2:748128/110‑1 (MQ=255) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTtgtg > 1:748128/1‑110 (MQ=255) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCACCCCCACATCCCTTGCAAACGGTTCGAACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGTGCGGGCAAGCCCCCGAATGGGccccc > 1:822147/1‑149 (MQ=37) aaCACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGc > 1:940419/1‑150 (MQ=255) 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cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGACaa > 2:165712/1‑129 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGACaa < 1:165712/129‑1 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGGAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 1:836864/1‑150 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 2:1703191/1‑150 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 1:1017800/1‑150 (MQ=255) ccgccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAGGCCCGCGAATGGGCCCCGCACaa < 2:832172/150‑1 (MQ=255) gccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAAtt < 1:857595/150‑1 (MQ=255) cgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGaa < 2:2065616/132‑1 (MQ=255) cgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGaa > 1:2065616/1‑132 (MQ=255) gCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGTGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt > 1:1874145/1‑95 (MQ=255) gCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt < 2:1874145/95‑1 (MQ=255) 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ttGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTc > 2:742925/1‑150 (MQ=255) tGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTcc > 1:1079797/1‑150 (MQ=38) acaGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt > 2:1566647/1‑150 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTc < 1:1751494/106‑1 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGgtg > 2:429950/1‑125 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGgtg < 1:429950/125‑1 (MQ=255) gggTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTAACTGTGAGGGGCCGTTCaa < 2:1908902/150‑1 (MQ=255) gTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAtt < 2:1781418/78‑1 (MQ=255) gTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAtt > 1:1781418/1‑78 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAt > 1:1569197/1‑76 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAt < 2:1569197/76‑1 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt < 2:1168232/126‑1 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt > 1:1168232/1‑126 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGa > 1:254425/1‑150 (MQ=255) | CTCAAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGA > NC_002947/2063100‑2063396 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |