| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,063,251 | 0 | G | A | 7.4% | 311.6 / 6.4 | 111 | intergenic (+65/‑142) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/55); new base A (4/5); total (51/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAG > NC_002947/2063103‑2063399 | aagaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGa < 1:1685926/150‑1 (MQ=255) agaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAc < 1:1671780/150‑1 (MQ=255) gaagCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGAcc > 2:741234/1‑150 (MQ=255) 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gggTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTAACTGTGAGGGGCCGTTCaa < 2:1908902/150‑1 (MQ=255) gTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAtt < 2:1781418/78‑1 (MQ=255) gTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAtt > 1:1781418/1‑78 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAt < 2:1569197/76‑1 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAt > 1:1569197/1‑76 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt > 1:1168232/1‑126 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt < 2:1168232/126‑1 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGa > 1:254425/1‑150 (MQ=255) ggACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAag > 2:736537/1‑150 (MQ=255) gACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCaa < 1:972514/86‑1 (MQ=255) gACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt < 1:33829/140‑1 (MQ=255) gACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt > 2:33829/1‑140 (MQ=255) | AAGAAGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAG > NC_002947/2063103‑2063399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |