| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,063,255 | T→C | 6.5% | intergenic (+69/‑138) | PP_1838 → / → PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,063,255 | 0 | T | C | 6.5% | 314.8 / 7.5 | 107 | intergenic (+69/‑138) | PP_1838/PP_1839 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/53); new base C (3/4); total (50/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGG > NC_002947/2063107‑2063404 | tGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt > 1:1117919/1‑147 (MQ=255) tGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCtt < 2:1117919/147‑1 (MQ=255) cGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCaatgc < 2:312998/150‑5 (MQ=21) cGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCaatgc < 2:228340/150‑5 (MQ=25) cAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGa > 2:1843306/1‑150 (MQ=255) cAGACCGCGACCAAGAGCCGGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGa < 1:2081153/150‑1 (MQ=255) aGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAg > 2:857595/1‑150 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGt < 1:2353953/136‑1 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGt > 2:2353953/1‑136 (MQ=255) cgcgACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCggg > 1:316506/1‑150 (MQ=255) ccAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGc > 1:2051560/1‑150 (MQ=255) gagCCTGCTGGATAACCCCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCGCACAGGACCTCCAAAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCC‑TGTGGGAGCGGGCAAGCCcgc < 1:660001/150‑1 (MQ=17) ccTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc < 2:1474339/125‑1 (MQ=255) ccTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc > 1:1474339/1‑125 (MQ=255) tgctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATg > 2:204759/1‑150 (MQ=255) gctgGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGGGCGGGCAAGCCCGCGAATgg > 2:232213/1‑150 (MQ=255) tgGATACCACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAACTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGCTCC‑TGTGTGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGc < 2:796695/150‑1 (MQ=255) ggATAGAACCGCCGGCGGGGTGCACGGCCCCCCAAGGTAAACAGTGGCCGCGTCGCGGCCAACGCGCGGCCGTGCCCGCTCCCCCAGGAGTTCCCCAGCTTGCGGACCTTGT‑CATGCCCTTCTGCGAGCGCACAAGCCCGCGAATGGGcc < 2:2113045/150‑1 (MQ=255) gATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGccc < 1:1843306/150‑1 (MQ=255) gATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGACCTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAATGCC‑tgtgg > 2:1309949/1‑123 (MQ=17) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAACCCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCg > 1:2279840/1‑150 (MQ=255) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTtgtg < 2:748128/110‑1 (MQ=255) tAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCACCCCCACATCCCTTGCAAACGGTTCGAACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGTGCGGGCAAGCCCCCGAATGGGccccc > 1:822147/1‑149 (MQ=37) acacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc < 1:693987/114‑1 (MQ=255) acacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTc > 2:693987/1‑114 (MQ=255) acacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGca < 2:2051560/150‑1 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt > 2:1799827/1‑103 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt < 1:1799827/103‑1 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcac > 1:832172/1‑150 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGACaa > 2:165712/1‑129 (MQ=255) cacCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGACaa < 1:165712/129‑1 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGGAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 1:836864/1‑150 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 2:1703191/1‑150 (MQ=255) acCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGcaca > 1:1017800/1‑150 (MQ=255) ccgccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAGGCCCGCGAATGGGCCCCGCACaa < 2:832172/150‑1 (MQ=255) gccgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAAtt < 1:857595/150‑1 (MQ=255) cgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGaa > 1:2065616/1‑132 (MQ=255) cgGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGaa < 2:2065616/132‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGTGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt > 1:1874145/1‑95 (MQ=255) gCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCt < 2:1874145/95‑1 (MQ=255) ggtggtgCACGGAACACTGAATTAACCCGGGGCCGCGTTGTGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCCCAGGCATTGCGCAGGGTTCGAACCTTGTGCTGGTCC‑TGTCCAAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTccc < 2:314318/149‑1 (MQ=37) gtggtgCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCg < 1:808581/150‑1 (MQ=255) tggtgCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCATGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATTGGCGCCGCACAATTTTccccg > 2:418571/1‑148 (MQ=255) cACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCg < 1:510268/131‑1 (MQ=255) cACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCg > 2:510268/1‑131 (MQ=255) acCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑tgt < 2:2305506/93‑1 (MQ=255) acCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑tgt > 1:2305506/1‑93 (MQ=255) aaGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCg > 1:2327516/1‑150 (MQ=255) aCCGGGGCCGCTTTGCGGCCTATTCGCCGGATTGCCCGCTGCTACAGGGATTGCACAGGGTCCGGATCTTGTGCAGTTCC‑TGTGCGCGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCaa < 1:2216822/150‑1 (MQ=37) ccGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAg < 1:156528/150‑1 (MQ=255) cGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCaat < 2:2199773/75‑3 (MQ=17) ggCCTCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGGATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCa < 2:1193499/150‑1 (MQ=255) ggCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCa < 1:741234/150‑1 (MQ=255) ggcgcgTTGCTGCCCTTTCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGCATTGCACATGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTCCTAGCGGGTAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAg < 1:595698/148‑1 (MQ=255) gCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAg < 2:940419/150‑1 (MQ=255) cGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAgg < 2:316506/150‑1 (MQ=255) cATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATca > 2:1512260/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGAc > 1:1669548/1‑101 (MQ=255) tGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTAtt > 2:221276/1‑129 (MQ=255) tGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTAtt < 1:221276/129‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGtt > 2:2131551/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGtt < 2:1017800/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTc < 1:2131551/150‑1 (MQ=255) cGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt > 1:1908902/1‑150 (MQ=255) cGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt < 1:1504249/150‑1 (MQ=255) gccgccACGGGCATGGCACAGGGTTCGGACCTTGGGCAGGTCC‑TGCGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGtt < 2:2002353/146‑1 (MQ=255) ccccACGGGCTTTGCACGGGGTGCGGCTCTTGTGCAGCTCC‑TCGGCGTGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGa < 2:1440447/149‑1 (MQ=255) cccACATGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGGGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGAc < 1:1661401/150‑1 (MQ=255) acaGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTga > 1:614510/1‑150 (MQ=255) acaGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTga < 1:2000750/150‑1 (MQ=255) acaGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTga < 2:1332990/150‑1 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTccc < 2:575055/80‑1 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTccc > 1:575055/1‑80 (MQ=255) aGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATc > 1:2181226/1‑124 (MQ=255) ggCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt > 1:471445/1‑140 (MQ=255) ggCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt < 2:471445/140‑1 (MQ=255) gCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg < 1:232213/150‑1 (MQ=255) gCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGGGTTAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAgg > 1:1396891/1‑150 (MQ=255) ttGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTc > 2:742925/1‑150 (MQ=255) tGCACAAGGTCCGAACCCTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTcc > 1:1079797/1‑150 (MQ=38) acaGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt > 2:1566647/1‑150 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTc > 2:1751494/1‑106 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGgtg < 1:429950/125‑1 (MQ=255) aGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGgtg > 2:429950/1‑125 (MQ=255) gTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAtt < 2:1781418/78‑1 (MQ=255) gTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAtt > 1:1781418/1‑78 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAt < 2:1569197/76‑1 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACAt > 1:1569197/1‑76 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt < 2:1168232/126‑1 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGt > 1:1168232/1‑126 (MQ=255) ttCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGa > 1:254425/1‑150 (MQ=255) ggACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAag > 2:736537/1‑150 (MQ=255) gACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCaa < 1:972514/86‑1 (MQ=255) gACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt > 2:33829/1‑140 (MQ=255) gACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGtt < 1:33829/140‑1 (MQ=255) cTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCg > 1:2193975/1‑118 (MQ=255) cTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCg < 2:2193975/118‑1 (MQ=255) cTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTg < 1:1566647/150‑1 (MQ=255) ttGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGGGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTgg < 2:790050/150‑1 (MQ=255) ttGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTgg > 1:926149/1‑150 (MQ=255) | AGCTGGAAGCGTATATCCAGACCGCGACCAAGAGCCTGCTGGATAACACCGCCGGCGTGGTGCACGGCACACCGAAGTAAACCGGGGCCGCGTTGCGGCCCATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCATTGCACAGGGTTCGGACCTTGTGCAGGTCC‑TGTGCGAGCGGGCAAGCCCGCGAATGGGCCCCGCACAATTTTCCCGGACTGAACATTATCCCCGCCCCAAGGTCAGTTATTCAGGCATCACACACCTGGTGTTCGTTGACTGAGAGGGTCCGTTCAATGAAAGAGTGG > NC_002947/2063107‑2063404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |