| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,106,716 | G→T | 5.1% | A148A (GCC→GCA) | PP_1880 ← | outer membrane autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,106,716 | 0 | G | T | 5.1% | 325.2 / 4.8 | 99 | A148A (GCC→GCA) | PP_1880 | outer membrane autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/53); new base T (2/3); total (43/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
GAGCCGCGGCCGTCGTCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCGGTGTACGGTGGC > NC_002947/2106570‑2106862 | gagCCGCGGCCGTCGTCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCa < 1:1032074/150‑1 (MQ=255)gagCCGCGGCCGTCGTCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGAAGTTCGGCa < 1:954087/150‑1 (MQ=255) ggCCGTCGTCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTgg < 1:1129048/150‑1 (MQ=255) ggCCGTCGTCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTgg < 1:1509920/150‑1 (MQ=255) cgtcgtCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCTGCCGAACTgcagc < 2:2136962/150‑5 (MQ=255) gtcgtcCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTggacaa < 1:84197/150‑5 (MQ=255) gtcgtcCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCGCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCAtt < 1:536056/150‑1 (MQ=255) cgtcCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTAGCTGCTCTGCAGTTCGTCAGATCTGGCATTGa < 2:529428/150‑1 (MQ=255) tcCTCAAGAATGCGCGCGCTATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAgg < 2:1313421/150‑1 (MQ=255) tcCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAgg > 1:1880190/1‑150 (MQ=255) tcCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAgg < 2:1313984/150‑1 (MQ=255) tCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTgg < 2:2090261/139‑1 (MQ=255) tCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGATGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTgg > 1:2090261/1‑139 (MQ=255) aaGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATCCAGCTGCCGTCCCTCGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCTCCCGCTGCTGGAACCGCGCCGGCGTAGCTCGCTGCCCCGCCGTTCAGCAGAACGGGCATTAAGGGTcgc > 2:271505/1‑150 (MQ=255) aTGCGCGCGCTATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCt < 1:105888/150‑1 (MQ=255) aTGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCt < 1:15445/150‑1 (MQ=255) aTGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCt < 1:2354974/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCtt < 1:672487/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCtt < 2:917415/150‑1 (MQ=255) cgcgcgcCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGt > 2:836753/1‑150 (MQ=255) gcCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTAcgcc > 1:2096430/1‑150 (MQ=255) cATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTAcgccgc > 2:628449/1‑150 (MQ=255) aTAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGTGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCgcgc > 2:215269/1‑137 (MQ=255) aTAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGTGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCgcgc < 1:215269/137‑1 (MQ=255) tAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑Ct < 1:1647982/150‑1 (MQ=255) aaTTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑Ctt < 1:2006577/150‑1 (MQ=255) aaTTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑Ctt < 2:507369/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGa < 1:1266793/150‑1 (MQ=255) gccgcTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCTGCCGAACTgca > 1:1657394/1‑112 (MQ=255) gccgcTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCTGCCGAACTgca < 2:1657394/114‑3 (MQ=255) gcTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCt < 2:1278335/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTc > 1:216761/1‑150 (MQ=255) tGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGGGGCATCGCTGCTTGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGt < 2:1269864/150‑1 (MQ=255) tgctgcCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGa > 2:199114/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGcgcgcg > 2:1116747/1‑150 (MQ=255) ggCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGa > 2:1276795/1‑150 (MQ=255) aaTCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGcc > 1:1222037/1‑150 (MQ=255) aTCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCg > 1:406340/1‑150 (MQ=255) tCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGt > 2:1711621/1‑150 (MQ=255) 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cgcgTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGa < 1:625139/150‑1 (MQ=255) gcgTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGAt < 1:1206451/150‑1 (MQ=255) gcgTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGAt > 1:575890/1‑150 (MQ=255) aGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTc < 2:575890/150‑1 (MQ=255) aGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTc > 2:1570126/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGa < 1:199114/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGTCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAg < 2:806472/150‑1 (MQ=255) gctgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCTGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCg > 1:1565092/1‑150 (MQ=255) gctgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCg > 1:619330/1‑150 (MQ=255) gctgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCg > 2:1246726/1‑150 (MQ=255) tgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCTGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCGgt < 2:1565092/150‑1 (MQ=255) tgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAg > 1:1537130/1‑118 (MQ=255) tgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAg < 2:1537130/118‑1 (MQ=255) tgcgctgcAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCGgt < 2:1140573/150‑1 (MQ=255) cAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCGGTGTACGGt < 2:1880190/150‑1 (MQ=255) ttCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGt < 1:2341239/59‑1 (MQ=255) ttCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGt > 2:2341239/1‑59 (MQ=255) ttCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCGGTGTACGGtggc < 1:2261436/150‑1 (MQ=255) | GAGCCGCGGCCGTCGTCCTCAAGAATGCGCGCGCCATAATTGCCGCCGCTGATGGTGCTGCCGTCCCTGGCAATCAGGGTGCCGGCAACCAGGCGTGCGCCCTCGCTGCTGGCGCCCGTCCCGCGTAGTTCGCTGCGCTGCAGTTCGGCAGAACTGGCATTGAGGGTCGCGCCTTGTACGCCGC‑CTTCGATCACGCTGTCGTTGATCAAGGCGCGCGAGCCGTTTCCCGCCCCTGCAGCACTCAGCGCCAGGCCACGGGCGTCACTGCGGATGGTCGAGCGGTGTACGGTGGC > NC_002947/2106570‑2106862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |