| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,107,390 | G→A | 5.9% | A661A (GCC→GCT) | PP_1881 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,107,390 | 0 | G | A | 5.9% | 251.0 / 4.2 | 84 | A661A (GCC→GCT) | PP_1881 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/43); new base A (2/3); total (38/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
GCGTTAAGTCGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGCC > NC_002947/2107245‑2107539 | gcgTTAAGTCGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGa > 1:2023339/1‑150 (MQ=255) gatAAGGCGTAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGTAAAATTCCTAGAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACg < 1:111979/148‑1 (MQ=255) cGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCt < 2:41283/150‑1 (MQ=255) gCAAAAAATGTACGTGTAGTCCTACTCTTCAATGGAAAATGCCTAGAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCtt > 1:1891775/1‑150 (MQ=255) gCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCtt > 1:1195583/1‑150 (MQ=255) gCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGGACCCTGATCGGCGACGCTGATCtt > 2:1721815/1‑150 (MQ=255) cAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCAGCGTCGCCGATcagg < 1:682569/150‑4 (MQ=255) aaaaaaTGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGCTTCACGACG‑CTCTTCCGTTGTCTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCttgt < 2:1891775/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAAGTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGATTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCttgt < 1:260384/150‑1 (MQ=255) ggAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTa < 2:1195583/150‑1 (MQ=255) ttCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 1:2347875/150‑1 (MQ=255) ttCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGACCGGCAGCGGACGATTGTCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCACAATGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 1:1142966/150‑1 (MQ=255) tCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAg < 1:512911/150‑1 (MQ=255) tCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAg > 1:780134/1‑150 (MQ=255) ccTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAgg < 2:2288/150‑1 (MQ=255) cTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCCCACGAGACTGTGCGACCTTTATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGt > 2:1269205/1‑150 (MQ=255) cTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 1:288213/147‑1 (MQ=255) cTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa > 2:288213/1‑147 (MQ=255) 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ctTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAg < 2:1085869/150‑1 (MQ=255) ttCAATGGAAGATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGAACGATTGCCAAAGCCGCTGTCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCGCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAgg < 2:188199/150‑1 (MQ=255) ttCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAgg < 1:1131996/150‑1 (MQ=255) tCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGCCGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGt < 2:1293212/150‑1 (MQ=255) cAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTg < 2:1767078/150‑1 (MQ=255) aaTGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTgg > 1:1974229/1‑150 (MQ=255) aaTGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTgg > 1:38472/1‑150 (MQ=255) tGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCt > 1:1583976/1‑150 (MQ=255) gAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGc > 1:752323/1‑150 (MQ=255) aaTTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCgtg < 2:2204435/150‑1 (MQ=255) cTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTTATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTtgat > 1:837048/1‑150 (MQ=255) cTATAAGTGGATCGGCAGCAGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGATTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGGACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGCGGTAATAGGTGGCTGCGTGTtgat > 2:1066313/1‑150 (MQ=255) gTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGCGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGt > 1:128478/1‑130 (MQ=255) gTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGt < 2:128478/130‑1 (MQ=255) gTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCAGCGTCGccga > 1:535921/1‑95 (MQ=255) gTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCAGCGTCGCCGa < 2:535921/98‑1 (MQ=255) 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ggACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGgcc < 2:38472/150‑1 (MQ=255) gACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGgccc > 1:1671128/1‑150 (MQ=255) gATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTa > 2:1510638/1‑133 (MQ=255) gATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTa < 1:1510638/133‑1 (MQ=255) gCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 1:1243945/99‑1 (MQ=255) gCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa > 2:1243945/1‑99 (MQ=255) 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aCGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCTTGTTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGa > 1:441567/1‑150 (MQ=255) aCGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGa < 2:1974229/150‑1 (MQ=255) gTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa > 1:670931/1‑60 (MQ=255) gTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 2:670931/60‑1 (MQ=255) tCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCGGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGAt > 2:1189021/1‑148 (MQ=255) tCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGAt < 1:1189021/148‑1 (MQ=255) 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> 1:2210789/1‑150 (MQ=255) ccTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGa < 2:698078/150‑1 (MQ=255) caagATCAGCGTCGCCGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGt < 1:1420068/145‑1 (MQ=255) caagATCAGCGTCGCCGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGt > 2:1420068/4‑148 (MQ=255) cGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGc < 2:153512/150‑1 (MQ=255) ggCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGcc < 1:1963448/150‑1 (MQ=255) ggCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCAGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAgac > 1:1207599/1‑148 (MQ=255) | GCGTTAAGTCGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGCC > NC_002947/2107245‑2107539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |