| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,107,394 | A→T | 5.7% | V660D (GTC→GAC) | PP_1881 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,107,394 | 0 | A | T | 5.7% | 269.4 / 5.9 | 88 | V660D (GTC→GAC) | PP_1881 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/45); new base T (2/3); total (40/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
GCGTTAAGTCGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGCCGTTC > NC_002947/2107245‑2107543 | gcgTTAAGTCGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGa > 1:2023339/1‑150 (MQ=255) gatAAGGCGTAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGTAAAATTCCTAGAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACg < 1:111979/148‑1 (MQ=255) cGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCt < 2:41283/150‑1 (MQ=255) gCAAAAAATGTACGTGTAGTCCTACTCTTCAATGGAAAATGCCTAGAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCtt > 1:1891775/1‑150 (MQ=255) gCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCtt > 1:1195583/1‑150 (MQ=255) gCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGGACCCTGATCGGCGACGCTGATCtt > 2:1721815/1‑150 (MQ=255) cAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCAGCGTCGCCGATcagg < 1:682569/150‑4 (MQ=255) aaaaaaTGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGCTTCACGACG‑CTCTTCCGTTGTCTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCttgt < 2:1891775/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAAGTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGATTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCttgt < 1:260384/150‑1 (MQ=255) ggAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTa < 2:1195583/150‑1 (MQ=255) ttCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 1:2347875/150‑1 (MQ=255) ttCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGACCGGCAGCGGACGATTGTCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCACAATGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGa < 1:1142966/150‑1 (MQ=255) tCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAg > 1:780134/1‑150 (MQ=255) 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aaTGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTgg > 1:1974229/1‑150 (MQ=255) aaTGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTgg > 1:38472/1‑150 (MQ=255) tGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCt > 1:1583976/1‑150 (MQ=255) gAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGc > 1:752323/1‑150 (MQ=255) aaTTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCgtg < 2:2204435/150‑1 (MQ=255) 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< 2:698078/150‑1 (MQ=255) ccTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGa > 1:2210789/1‑150 (MQ=255) caagATCAGCGTCGCCGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGt > 2:1420068/4‑148 (MQ=255) caagATCAGCGTCGCCGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGt < 1:1420068/145‑1 (MQ=255) cGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGc < 2:153512/150‑1 (MQ=255) ggCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGcc < 1:1963448/150‑1 (MQ=255) ggCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCAGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAgac > 1:1207599/1‑148 (MQ=255) gACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGc < 2:1893571/127‑1 (MQ=255) gACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGc > 1:1893571/1‑127 (MQ=255) gACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGGTCGACTCGCGTGACGAAGCCGtt > 2:562714/1‑150 (MQ=255) aCGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGCCGTTc < 2:837048/150‑1 (MQ=255) | GCGTTAAGTCGCAAAAAATGTAAGGAAATTCCTACTCTTCAATGGAAAATTCCTATAAGTGGATCGGCAGCGGACGATTGCCAAAGCCGCTGCCGAGG‑CTTGCTCAAGGTTGGCTCACGTCACACGAGCCTCCGGTACCCTGATCGGCGACGCTGATCTTGTTGGTCGTGGTATTGGAGGTAATAGGTGGCTGCGTGTTGATGACGTAGTTCACCTCGGCCCGCCCGCCCGACGGCGCGGCGTCATAGATGGGCTTGATGTGCTGATCGTACGGCTCGACTCGCGTGACGAAGCCGTTC > NC_002947/2107245‑2107543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |