| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,141,427 | T→A | 8.9% | L374M (TTG→ATG) ‡ | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,141,427 | 0 | T | A | 8.9% | 239.7 / 12.7 | 81 | L374M (TTG→ATG) ‡ | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/37); new base A (4/3); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
GCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGCTG > NC_002947/2141279‑2141576 | gcCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCtt > 2:1437632/1‑150 (MQ=255)gcCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCtt > 1:817933/1‑150 (MQ=255) gggATCTGGCGGTCGTTCTCCGCCGTGGCCACGCTCATCTATTGCTTGTGGGGGCTGTTGGGGGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACAAGAGCGCAATGGTGGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCTGCTTGCCg > 2:342682/1‑150 (MQ=255) 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cTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCa < 1:1229366/150‑1 (MQ=255) gctcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAgg > 2:1804524/4‑150 (MQ=255) gC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGt > 2:1377249/1‑150 (MQ=255) tcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTg > 2:687575/2‑83 (MQ=255) tcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTg < 1:687575/82‑1 (MQ=255) tcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTg > 2:1143618/2‑150 (MQ=255) tcACCGGCAAGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTg > 1:1614873/2‑150 (MQ=255) cACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGACGTTGGCGGTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTgg > 1:2332872/1‑150 (MQ=255) cGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCct > 2:1050696/1‑150 (MQ=255) gCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGt > 2:560002/1‑143 (MQ=255) gCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGt < 1:560002/143‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTAAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCctgc < 1:500963/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCctgctg > 1:1917306/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCctgctg < 2:927809/150‑1 (MQ=255) | GCCTGGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGCTG > NC_002947/2141279‑2141576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |