Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,166,687 | T→A | 6.4% | intergenic (‑488/‑293) | PP_5483 ← / → PP_1921 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,166,687 | 0 | T | A | 6.4% | 445.0 / 14.9 | 141 | intergenic (‑488/‑293) | PP_5483/PP_1921 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/72); new base A (5/4); total (65/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CACTTTTTTCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTGTCGA > NC_002947/2166539‑2166835 | cACTTTTTTCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCTATAGCGTGGGAGGTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTg > 2:2268991/1‑150 (MQ=255) ttttttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAg > 2:1853067/1‑150 (MQ=255) ttttttCACCGGATGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGTCGGGGGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAg > 2:1352654/1‑150 (MQ=255) tttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCgg < 2:104289/150‑1 (MQ=255) ttCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCAGGAGCggg < 2:2246554/150‑1 (MQ=255) tCCCCGGGTGCGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTCAGTTGAAGTCAT‑ACCCTTGCCAAGCAGACGTTCTCTCCGCACCCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGga < 1:1747938/150‑1 (MQ=255) cccGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGgatg > 2:1349679/1‑150 (MQ=255) aGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAgg < 2:2299995/150‑1 (MQ=255) cATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGc > 1:2022595/1‑150 (MQ=255) ttCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTg > 1:411573/1‑150 (MQ=255) cAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGtt < 1:1677991/150‑1 (MQ=255) gTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCGATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTgg < 2:774996/150‑1 (MQ=255) tGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGACGGTGGCCAGTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTggg > 1:1132032/1‑150 (MQ=255) tGAGTAGGTGGCAGTGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTggg < 2:411573/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGNAACGACNCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTc < 1:1837719/150‑1 (MQ=255) aGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTc < 2:382170/150‑1 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCt > 2:859740/1‑150 (MQ=255) tGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCAGGAGCgggtcgtt < 2:2182918/127‑6 (MQ=255) gCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAACCGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTgg < 1:663711/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGtt < 2:1525702/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGAGCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGATCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGAGTCGCTGGtt > 1:389842/1‑150 (MQ=255) tGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa < 2:816913/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTCGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa < 2:111376/150‑1 (MQ=255) gggTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGa > 2:1921057/1‑150 (MQ=255) ggggAGTTGACGTCAGCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGaa < 2:12484/147‑1 (MQ=255) gTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCtca > 1:1849320/1‑150 (MQ=255) aCGGCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCtcaatca > 2:1844790/1‑150 (MQ=255) aTCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGGTGAGGGTTTAAGGATCGTCGTTGGCCAGTATGGGAAACGACTCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGTGTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAACTCAATAAACCTg > 2:826124/1‑150 (MQ=255) aTCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTg < 2:1979141/150‑1 (MQ=255) ccTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa < 1:1434951/126‑1 (MQ=255) ccTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTc > 1:1028287/1‑150 (MQ=255) cTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAg < 2:28815/101‑1 (MQ=255) cTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAg > 1:28815/1‑101 (MQ=255) cTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAATCTCAATCAACCTGGCTTcc > 1:865735/1‑150 (MQ=255) cTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTcc > 2:1409519/1‑150 (MQ=255) tCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCa > 1:1755993/1‑150 (MQ=255) tCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCa > 2:639467/1‑150 (MQ=255) gATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAgg < 2:1319540/150‑1 (MQ=255) aTCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGt > 2:100456/1‑150 (MQ=255) tCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa > 1:2270056/1‑120 (MQ=255) tCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa < 2:2270056/120‑1 (MQ=255) aG‑AAAGTTCCTCTCAAAAACCATTTGAACAGGCTTTACGGATCGGCATTGGCCATTATATGAAACGTCCCGTTTCTGGTGCGGGATGATTCGAGGTCTGTTGTATTATCGTTGGTTTAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGc < 2:389842/150‑1 (MQ=255) aG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa < 1:244687/118‑1 (MQ=255) aG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGa > 2:244687/1‑118 (MQ=255) g‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAggg < 2:532318/95‑1 (MQ=255) g‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCa < 1:1029662/150‑1 (MQ=255) gTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCt > 1:227970/1‑121 (MQ=255) tctcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCg > 1:1654538/1‑72 (MQ=255) tctcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCg < 2:1654538/72‑1 (MQ=255) tctcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagg > 1:1444897/1‑150 (MQ=255) tcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtaggga < 1:859740/150‑1 (MQ=255) tcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtaggga > 2:2061937/1‑150 (MQ=255) tcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtag > 2:1882240/1‑147 (MQ=255) tcAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCAAGGTTGCCGGTAgtagggg > 2:747383/1‑149 (MQ=255) aaCCTAAAGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagg < 1:1307289/150‑1 (MQ=255) aCCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATc > 2:1311542/1‑72 (MQ=255) aCCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtaggg > 2:155202/1‑150 (MQ=255) ccTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtaggga > 2:627287/1‑150 (MQ=255) ccTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtaggga < 2:1444897/150‑1 (MQ=255) cTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggag > 2:1017538/1‑150 (MQ=255) tATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCg > 1:447968/1‑61 (MQ=255) tATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCg < 2:447968/61‑1 (MQ=255) tATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGt > 1:579784/1‑94 (MQ=255) ttGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTTCAGGTCgtagggagtagggagtag < 1:53304/150‑1 (MQ=255) ttGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtag > 2:53304/1‑150 (MQ=255) gagGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagg < 2:1769388/139‑1 (MQ=255) gagGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagg > 1:1769388/1‑139 (MQ=255) ggTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtagggagtagg < 1:1349679/150‑1 (MQ=255) ggTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtagggagtagg < 2:1683477/150‑1 (MQ=255) ggTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtagggagtagg < 1:639467/150‑1 (MQ=255) ttAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTg > 1:463434/1‑87 (MQ=255) ttAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTg < 2:463434/87‑1 (MQ=255) ttAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGtagggagtagggagtagggagtagggag < 1:2061937/150‑1 (MQ=255) cGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCg < 1:534131/68‑1 (MQ=255) cGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCg > 2:534131/1‑68 (MQ=255) gCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggag > 2:1935231/1‑127 (MQ=255) ccGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAgg < 1:1882780/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGa > 1:837979/1‑46 (MQ=255) ttGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGa < 2:837979/46‑1 (MQ=255) tGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGgaga < 1:747383/150‑1 (MQ=255) ttATGTGAAACGCTCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGgc < 1:497155/150‑1 (MQ=255) ttATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtagg > 2:1134843/1‑120 (MQ=255) ttATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagggagtagggagtagg < 1:1134843/120‑1 (MQ=255) gtgAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtagg < 1:1566337/102‑1 (MQ=255) gtgAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCgg < 2:2346609/150‑1 (MQ=255) tgAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGggagtagggagtagggagtagggagtag > 2:1848282/1‑128 (MQ=255) tgAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGggagtagggagtagggagtagggagtag < 1:1848282/128‑1 (MQ=255) aaaCGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTggg < 1:829124/43‑1 (MQ=255) aaaCGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGCGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGGAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTg > 1:2186267/1‑150 (MQ=255) aaaCGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCgtaggga > 1:1911989/1‑101 (MQ=255) tcccGCTCCAGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAgg < 2:114723/127‑1 (MQ=255) ccGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGAtt < 1:796491/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGAtt > 2:796491/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGCAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTc < 1:1921057/150‑1 (MQ=255) cGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCt < 1:100456/150‑1 (MQ=255) gCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCt > 2:1421353/1‑149 (MQ=255) gCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTg > 1:119894/1‑150 (MQ=255) gCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGGTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCt < 1:1421353/149‑1 (MQ=255) tCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTGTc < 1:132268/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTGTCGa < 1:1155170/150‑1 (MQ=255) | CACTTTTTTCCCCGGGTGAGCATTCAGTGATTAGCTGGCAATGGCGGGTGAGTTGACGTCATCTCCCTCGATCAG‑AAAGTTACTCTCAGCAACCTATTGCAGAGGGTTTAAGGATCGCCGTTGGCCATTATGTGAAACGACCCGCTCCTGGAGCGGGATGATCCGAGGGCTGTTGGGGTGTCGCTGGTTGAGTGAAGCTCAATCAACCTGGCTTCCAGGTTGCAGGTCGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGAGTAGGGGCAGGGAGAGTCGGCGCGGGTGCAGATTCTGTCGA > NC_002947/2166539‑2166835 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |