| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,169,427 | A→C | 5.4% | F85V (TTT→GTT) | PP_1922 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,169,427 | 0 | A | C | 5.4% | 279.5 / 4.6 | 92 | F85V (TTT→GTT) | PP_1922 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/50); new base C (3/2); total (40/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
GCGCAAGCTAGCTGCTACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCTCGAATTGCTTCGCTCTTTCAGCCGGAGGTAGTGGGCGGGTGAACTCAAAGAACTCAGCTTCGAAGAATGTCGTAACTTG > NC_002947/2169278‑2169568 | gcgcAAGCTAGCTGCTACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACaaa < 2:429935/150‑1 (MQ=255)gcgcAAGCTAGCTGCTACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGAAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTCAGGCGCTCATCGACaaa > 2:963521/1‑150 (MQ=255) gctagctGCTACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTc > 1:1718911/1‑150 (MQ=255) ctgctACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTcgacga > 2:785489/1‑150 (MQ=255) gctACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGAGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAAt < 1:1519890/150‑1 (MQ=255) tACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAg > 2:1810320/1‑136 (MQ=255) tACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAg < 1:1810320/136‑1 (MQ=255) tACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGc > 1:1081613/1‑150 (MQ=255) tACTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGc < 2:2266553/150‑1 (MQ=255) aCTGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTGTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCt < 1:663565/150‑1 (MQ=255) tGCCTCTGGCTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTg > 1:1616080/1‑150 (MQ=255) cTTAGTATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAAcc < 1:1663561/150‑1 (MQ=255) tATTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGtgct > 1:291798/1‑150 (MQ=255) aTTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGtgc < 2:107281/148‑1 (MQ=255) aTTTATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGtgc > 1:107281/1‑148 (MQ=255) tttATAAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGtgctgc < 2:1690477/150‑1 (MQ=255) taAAAGAAGCGATTATTCTTTGAGTCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCaa > 1:1843498/1‑150 (MQ=255) aaaGAAGCGATTATTCTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGc < 2:165577/150‑1 (MQ=255) 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2:2356033/150‑1 (MQ=255) cTTTGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTg < 2:1846212/150‑1 (MQ=255) tttGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTgg > 1:1344120/1‑150 (MQ=255) ttGAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGgt < 2:1709821/150‑1 (MQ=255) gAGCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGgtgt < 2:697335/150‑1 (MQ=255) gCCAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGc < 1:1606421/150‑1 (MQ=255) ccAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAACGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCt > 1:142198/1‑150 (MQ=255) ccAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCt > 1:558612/1‑150 (MQ=255) ccAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCt > 2:582038/1‑150 (MQ=255) cAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCTc > 2:1639549/1‑150 (MQ=255) cAAGGGGCGATGTTGGTAGGTCTGAGCGTAATTTAGCAAAGCGGAGTGCTGTGTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCTc < 1:2087231/150‑1 (MQ=255) 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tgtgTTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCTCGAATTGCTTCGCTCTTTCAGCCGGAGGTAGTGGGCGGGTGAACTCAAAg < 1:1121547/150‑1 (MQ=255) gtgtTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCTCGAATTGCTTCGCTCTTTCAGCCGGAGGTAGTGGGCGGGTGAACTCAAAGa > 2:2393992/1‑150 (MQ=255) gtTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAgg > 1:1514839/1‑87 (MQ=255) gtTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAgg < 2:1514839/87‑1 (MQ=255) gtTTCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTCGATGATTAGGTTGGTGTGCTCGAATTGCTTCGCTCTTTCAGCCGGAGGTAGTGGGCGGGTGAACTCAAAGAAc < 2:558612/150‑1 (MQ=255) tttCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTc > 2:477900/1‑76 (MQ=255) tttCTTGCATTAGCTTAAGGCGCTCATCGACAAAGTTGTCGACGAATGCTTGGCTGAAACCGTGCTGCCCAAGCTc < 1:477900/76‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |