| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,238,688 | A→T | 5.2% | R364R (CGT→CGA) | PP_1976 ← | HlyD family secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,238,688 | 0 | A | T | 5.2% | 254.6 / 4.0 | 78 | R364R (CGT→CGA) | PP_1976 | HlyD family secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/36); new base T (2/2); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
GAAGGCACCGAGCATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGAACTGCGCACCGGACGCGGCGAACAGGCTGTCCACCCGGCCTT > NC_002947/2238540‑2238833 | gAAGGCACCGAGCATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATAc < 2:1830793/150‑1 (MQ=255)gAAGGCACCGAGCATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATAc < 1:2380473/150‑1 (MQ=255) aGGCACCGAGCATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGc < 1:2202863/150‑1 (MQ=255) aCCGAGCATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCAt < 2:2336753/150‑1 (MQ=255) cATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATg < 2:656210/150‑1 (MQ=255) aTCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATgg < 1:2167367/150‑1 (MQ=255) tcatcaCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCAt < 1:618788/136‑1 (MQ=255) tcatcaCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCAt > 2:618788/1‑136 (MQ=255) tcatcaCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATgg > 2:1950654/1‑143 (MQ=255) tcatcaCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATgg < 1:1950654/143‑1 (MQ=255) tcaCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCg > 2:2376227/1‑150 (MQ=255) tcaCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCg > 1:1986559/1‑150 (MQ=255) aCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGt > 2:1290789/1‑149 (MQ=255) aCCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGAGt < 1:1290789/149‑1 (MQ=255) ccGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTgg > 1:953763/1‑150 (MQ=255) cgcgATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGa > 1:121342/1‑150 (MQ=255) ccAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGa < 2:1377709/150‑1 (MQ=255) gTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATc < 1:895306/150‑1 (MQ=255) tCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTTGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGt > 2:2393195/1‑123 (MQ=255) tCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGt < 1:2393195/123‑1 (MQ=255) tCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCg < 2:2355674/150‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCANTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGAt > 1:1454640/1‑150 (MQ=255) gTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCCGTGATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGAt < 1:1706392/150‑1 (MQ=255) ttGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATg > 1:1417841/1‑150 (MQ=255) cTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCt < 1:1346005/150‑1 (MQ=255) cTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCt > 2:1346005/1‑150 (MQ=255) tCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTg > 2:1206202/1‑150 (MQ=255) cGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGca < 1:1256479/150‑1 (MQ=255) gCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGcac > 2:1693790/1‑150 (MQ=255) gggCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACttt < 2:1816083/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTg < 1:1981898/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTgg < 1:1693790/150‑1 (MQ=255) agcagcTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGaa < 2:1378574/150‑1 (MQ=255) ggTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCg > 2:327912/1‑150 (MQ=255) 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ccATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTg > 1:896879/1‑150 (MQ=255) cATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGt > 1:1736674/1‑130 (MQ=255) cATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGt < 2:1736674/130‑1 (MQ=255) tgGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCg > 1:884299/1‑135 (MQ=255) tgGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCg < 2:884299/135‑1 (MQ=255) tgGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGt < 2:1974389/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTGGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTgg < 1:803432/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGgc > 1:1672719/1‑150 (MQ=255) cTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCGCATGAGTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGgca > 1:1932376/1‑150 (MQ=255) cTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGgca < 2:896879/150‑1 (MQ=255) tCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGCGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAgg > 2:1361479/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATgg < 2:754664/63‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATgg > 1:754664/1‑63 (MQ=255) ttCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCt > 1:868699/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGaa > 1:5434/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGaa < 2:5434/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGAACt > 1:2204445/1‑150 (MQ=255) aGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCg > 1:356365/1‑120 (MQ=255) 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cGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGGCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGGGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTTCGGTGGCAGCAGGCTGAAATGCGCAGCGGACGCGGGGAACAGGCt > 1:368290/1‑150 (MQ=255) aaaTGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTACGGTGGCAGCAGGCTGAACTGCGCACCGGACGCGGCGAACAGGCtag > 1:2322539/3‑148 (MQ=255) tGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGAACTGCGCACCGGACGCGGCGAACAGGCTGTCCa > 1:1940514/1‑150 (MQ=255) catgggCGTATTCGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGaa < 2:158419/113‑1 (MQ=255) catgggCGTATTCGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGaa > 1:158419/4‑116 (MQ=255) atgggCGTATTCGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGt > 1:467862/3‑101 (MQ=255) atgggCGTATTCGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGt < 2:467862/99‑1 (MQ=255) gCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTg > 2:1414937/1‑70 (MQ=255) gCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTg < 1:1414937/70‑1 (MQ=255) gAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGAACTGCGCACCGGACGCGGCGAACAGGCTGTCCACCCGGCCtt > 1:1249770/1‑150 (MQ=255) | GAAGGCACCGAGCATCACGCTCATCACCGCGATCCAGTCGCGTCGGGTTGGCTCCGCTGTGGGGCGCAGCAGCTGGTCACCGGCCATTGTGGCCTTCGTCTTCGCTGCGCAGGTCGACGGTGGCGGTCACCGACATGCCGGGGCGAATACGCCCATGCAATGGGTTGTCGGCGTGGAACGTGAGTTTTATCGGGATGCGCTGCACAACTTTGGTGAAGTTGCCGGTGGCGTTGTCCGGTGGCAGCAGGCTGAACTGCGCACCGGACGCGGCGAACAGGCTGTCCACCCGGCCTT > NC_002947/2238540‑2238833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |