| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,273,705 | C→G | 7.7% | T235T (ACG→ACC) | PP_2004 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,273,705 | 0 | C | G | 7.7% | 327.2 / 15.7 | 104 | T235T (ACG→ACC) | PP_2004 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/53); new base G (4/4); total (47/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGTGCTGCAAAGCGG > NC_002947/2273556‑2273854 | aaGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCcgc < 1:13945/150‑1 (MQ=255) gcgcGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGt < 1:1724480/150‑1 (MQ=255) cgcgTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTg < 1:839279/150‑1 (MQ=255) 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tcctccGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTgcagc > 1:1735687/1‑150 (MQ=255) cctccGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACGCGGGTgcgcagtctgg < 1:1789531/150‑8 (MQ=255) cgcgAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGAACCCGCTTGCTCTGCAGCAGctc > 2:2359665/1‑150 (MQ=255) tggaccTTGCGCCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTgca < 1:917915/137‑1 (MQ=255) cTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTc < 1:1214183/150‑1 (MQ=255) 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gATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAACAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTCGAGGACCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCggcggc > 1:11105/1‑150 (MQ=255) gcgc‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGaa > 1:159668/1‑150 (MQ=255) gc‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAgg > 2:1683475/1‑62 (MQ=255) cACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGca < 2:2135558/150‑1 (MQ=255) cccAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGcaca < 1:85579/150‑1 (MQ=255) tgctgcagcgcACGCGGGTGCGCAGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAg > 2:1904789/8‑150 (MQ=255) aGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGc < 1:529511/150‑1 (MQ=255) tgcagcgcACGCGGGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCg > 1:1277484/5‑150 (MQ=255) aCTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGt < 1:1605017/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGt < 2:169805/150‑1 (MQ=255) gcgcACGCGGGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGtt > 1:1927600/1‑81 (MQ=255) gcgcACGCGGGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGtgct < 1:712145/150‑1 (MQ=255) gcgcACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGtgct < 1:536921/150‑1 (MQ=255) ccGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGTGCTGCAAAg > 1:1801692/1‑150 (MQ=255) gcgTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGTGCTGCAAAGCg < 2:616046/150‑1 (MQ=255) cgTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGTGCTGCAAAGCgg < 2:1735687/150‑1 (MQ=255) | AAGCGCGTGCCTTCCTCCGCGAGCTTGCGGCGCAAGGTCCAGCTTGGTAGCTGCAAGTGCAGCGCCACTT‑CTTCCAGGTCCGGTTCACGGCCGCCATTGAGCAGCGGGCCCAGCAGGTGGGTGATGCGC‑TCACCCAGACTGCGCACCCGCGTGCGCTGCAGCAGCTCTGCTTCGCACAACTGCAACAGGTGCTGCCAGGTACTCGGGCAATGCCCGGGGTTGGCCAGTTGCAAGGTAGCGCGGCTCAGACGCAGCTGATTGCCGTCGGCGGCGAACTGCACAGGCGTGCTGCAAAGCGG > NC_002947/2273556‑2273854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |