Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,281,073 | 0 | T | A | 6.5% | 386.0 / 12.2 | 121 | intergenic (+88/‑149) | fadH/PP_2009 | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase/1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/62); new base A (4/4); total (54/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGGCCGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCT‑GCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGA > NC_002947/2280924‑2281218 | gAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCT‑GCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCg < 1:707041/150‑1 (MQ=255) gcgggATGCTAAGCGGGCGAGCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCT‑GCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGgt < 2:2067855/147‑1 (MQ=255) gCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGGGAGCCCGACACCT‑GCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGgt < 1:1747690/150‑1 (MQ=255) 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tGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCTCCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCggg < 2:1562081/150‑1 (MQ=255) tGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATc < 2:1986487/131‑1 (MQ=255) ggTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTAcc < 1:2032775/150‑1 (MQ=255) ggATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTg < 1:528102/150‑1 (MQ=255) gaacACCGGCAATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACtgt < 2:1158771/91‑1 (MQ=255) gaacACCGGCAATGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACtgt > 1:1158771/4‑94 (MQ=255) 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cATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTAcc < 2:374928/135‑1 (MQ=255) cATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTAcc > 1:374928/1‑135 (MQ=255) | CGGCCGAGCTGGATGCCAAGCGGGCGATCAACCAAGGCTCGCGGTTGGCGGCTGAGCTCTGAGGTTGTCGGGGCTGCGTGAGCCCGACACCT‑GCACGCGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAACAGGTGACGCGGTGGATGGCACCGGCATTGCCGGTGTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACGACGGGCTGTGCCGGGGCATCGATGCCTGTGTCGAGCCACCCTGGCACTGTGATGCCTCGGCGGGGGCGGGTCATCGATTACAAGCGCTTGCGGGATTACCCTGTAAACTGCGA > NC_002947/2280924‑2281218 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |