| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | = 1844179 | 3 (0.020) | 171 (0.990) | 100/282 | 0.3 | 67.7% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2177745 = | 160 (0.920) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAG > NC_002947/1844030‑1844328 | cccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTc > 2:719674‑M1/147‑150 (MQ=255)cccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTc < 2:1113264‑M1/4‑1 (MQ=255) tCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCc > 2:214034‑M1/1‑149 (MQ=255) tCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCc > 2:3963248‑M1/1‑149 (MQ=255) cTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCca > 2:3053904‑M1/1‑148 (MQ=255) ggATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcaga < 1:185210‑M1/150‑5 (MQ=255) tcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttc < 1:1080132‑M1/15‑1 (MQ=255) caagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttct < 2:691265‑M1/16‑1 (MQ=255) tGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaa > 2:3439441‑M1/1‑137 (MQ=255) agaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttcttc > 1:3471998‑M1/133‑150 (MQ=255) aacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGa > 2:3221005‑M1/131‑150 (MQ=255) ttCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacg > 2:633177‑M1/1‑133 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgc > 1:3713585‑M1/1‑132 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgc > 1:3751826‑M1/1‑132 (MQ=255) gactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcccgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGt < 2:332487‑M1/23‑1 (MQ=255) actcacatcgccgcatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTg > 2:1748631‑M1/127‑150 (MQ=255) ctcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTgg > 1:167963‑M1/126‑150 (MQ=255) aGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccg > 2:2964228‑M1/1‑129 (MQ=255) 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atgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCt > 1:1843775‑M1/113‑150 (MQ=255) ttCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttct > 1:3205888‑M1/1‑112 (MQ=255) gccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGAtt > 1:759103‑M1/109‑150 (MQ=255) ggCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACcgc < 2:3359386/150‑1 (MQ=255) tGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtg > 1:1171692‑M1/1‑102 (MQ=255) ggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGc < 2:74919‑M1/52‑1 (MQ=255) gcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCt > 2:750967‑M1/98‑150 (MQ=255) cgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCtt > 1:3085685‑M1/97‑150 (MQ=255) tCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgacc < 1:2095673‑M1/150‑52 (MQ=255) tCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctg < 1:556673‑M1/138‑40 (MQ=255) 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cAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcat > 1:1020633‑M1/1‑85 (MQ=255) cAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcat > 1:94283‑M1/1‑85 (MQ=255) cAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcat < 1:127958‑M1/150‑66 (MQ=255) cAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCAGGGTCcagactgtgt > 2:2747673‑M1/1‑85 (MQ=255) cAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCAGGGTCcagactgtgt < 1:2747673‑M1/95‑11 (MQ=255) ttcGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgacgtgaccgtggggacaatcatgaagcg > 1:3369236‑M1/1‑79 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggag < 1:3621358‑M1/150‑118 (MQ=255) acgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCcagg < 2:1179851‑M1/121‑1 (MQ=255) ccAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagt > 1:847103‑M1/1‑32 (MQ=255) ttCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcct < 1:3911606‑M1/150‑123 (MQ=255) tCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctg < 2:150879‑M1/150‑124 (MQ=255) tcgcgcgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGa > 1:685694‑M1/23‑150 (MQ=255) cGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctgg < 1:1892749‑M1/150‑125 (MQ=255) tCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggac < 2:2543651‑M1/150‑127 (MQ=255) gcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAgg > 1:3282639‑M1/21‑150 (MQ=255) aGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac > 2:2397419‑M1/1‑21 (MQ=255) gCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgact > 2:2609928‑M1/1‑20 (MQ=255) ttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAg > 2:1443422‑M1/16‑150 (MQ=255) tCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactac < 2:3178177‑M1/150‑133 (MQ=255) acacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACa > 1:1758810‑M1/11‑150 (MQ=255) acacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACa < 2:417473‑M1/140‑1 (MQ=255) acagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAgg < 1:2310222‑M1/142‑1 (MQ=255) agcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCt > 2:1852112‑M1/7‑150 (MQ=255) gcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGc < 2:3911754‑M1/83‑1 (MQ=255) gcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTg > 2:104023‑M1/6‑150 (MQ=255) cccATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaa > 2:249450‑M1/1‑9 (MQ=255) cctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCACCAGGCTgg < 1:1433336‑M1/146‑1 (MQ=255) tgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTg < 1:1481980‑M1/148‑1 (MQ=255) aTGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaa > 2:1258794‑M1/1‑6 (MQ=255) gGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGa < 1:3021196‑M1/149‑1 (MQ=255) ggTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaa < 1:2655274‑M1/150‑147 (MQ=255) GGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGaa < 1:3800850‑M1/150‑1 (MQ=255) TCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACa > 2:2845857‑M1/1‑150 (MQ=255) ccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgatgctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaaccc > 1:2183769‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGAACAG > NC_002947/1844030‑1844328 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |