| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2258263 | 162 (0.910) | 39 (0.280) +GATCAAGATCAAGATCAACGGCAACGGCAACGG |
19/224 | 9.9 | 23.6% | intergenic (+275/‑117) | PP_1990/asd | transposase/aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
| ? | NC_002947 | = 4907971 | 166 (0.930) | coding (99/198 nt) | PP_4317 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TGTCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGT > NC_002947/4907822‑4908117 | tGTCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGccgttgccgttgccgttgccgttgccgttg > 2:3629580/1‑150 (MQ=255) gTCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttga < 1:289474/150‑1 (MQ=255) gTCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttga < 2:831697/150‑1 (MQ=255) tCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgat > 1:2457610/1‑150 (MQ=255) tCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgat > 2:435862/1‑150 (MQ=255) cTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatc < 2:648712/150‑1 (MQ=255) ttGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatct > 2:3672089/1‑150 (MQ=255) ttGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatct > 2:3672100/1‑150 (MQ=255) 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gccgttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCa < 1:3672100/150‑1 (MQ=37) gccgttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCa < 1:2048646/150‑1 (MQ=37) gccgttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCa < 1:1518470/150‑1 (MQ=37) cgttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAgg > 2:2266177/1‑150 (MQ=37) tgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATg < 1:3629580/150‑1 (MQ=37) gccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATgg < 2:3557517/150‑1 (MQ=37) ccgttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATggg < 1:3045558/150‑1 (MQ=12) ccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATggg < 1:957963/150‑1 (MQ=37) ccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATggg < 2:3810312/150‑1 (MQ=37) cgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATgggg > 2:58604/1‑150 (MQ=37) tgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATGGGGCCt < 1:1041720/150‑1 (MQ=37) cgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCCGAAGGCCCCATCCTGGGGCCtca < 2:330780/150‑3 (MQ=11) gttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTA‑AGGCCCCATCCTGGGGCCtcagc < 2:1407173/150‑5 (MQ=11) ttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGgc > 2:438477/1‑150 (MQ=34) | TGTCTTGCTCATGCCACCTCCGGGTGAATTCGAGGCGTCATTATGCGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTG‑AGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGT > NC_002947/4907822‑4908117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |