New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 198337 = | 39 (1.230) | 8 (0.260) | 8/254 | 2.3 | 19.9% | coding (3843/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
? | NC_002947 | 200330 = | 27 (0.890) | coding (5836/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAGACCTCGGTTCAGGGCGATGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCA > NC_002947/198188‑198484 | gccgaaccggtggtgctgttggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgaaggtaatcccacctactccggtctccgacggg < 1:139856‑M1/1‑1 (MQ=255) gACCTCGGTTCAGGGCGATGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAgtggt > 2:725470/1‑150 (MQ=255) aCCTCGGTTCAGGGCGATGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTCCTGCCTGCGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAgtggtg < 1:611125/150‑1 (MQ=255) cTCGGTTCAGGGCGATGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGc > 1:909/1‑150 (MQ=255) cGATGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑c < 2:677919/150‑1 (MQ=255) tGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCAc < 1:725470/150‑1 (MQ=255) ggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGt < 2:37166‑M1/3‑1 (MQ=255) ggctgccacgacgacggtggtgccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGt > 1:37166‑M1/130‑132 (MQ=255) tCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGATACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTCGGAGGCACGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAATTGGTGGCAAACCTGACTG‑CAACCCCTTCTGt > 1:301138/1‑150 (MQ=255) ttGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGtca > 2:159256/1‑148 (MQ=255) tGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGAc < 2:909/150‑1 (MQ=255) gCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCACACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGaa < 1:191979/150‑1 (MQ=255) ggCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTCACCGAAggg < 1:159256/150‑2 (MQ=255) gCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAACTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGAAACTATCAGTGCAGTGGTGACCACACTAACTG‑CCAACCCTTCGGCGACCGAAGGCg > 2:156448/1‑150 (MQ=255) aTCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑c < 1:443534/122‑1 (MQ=255) aTCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑c > 2:443534/1‑122 (MQ=255) tCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCt > 2:118742/1‑150 (MQ=255) tgtTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACCCTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTacac > 1:58807/1‑150 (MQ=255) tccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtcaccgaagtGGTGGCCAAGCTGACTG‑CCACCCCTTc < 1:639163‑M1/27‑1 (MQ=255) tccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtcaccgaagtGGTGGCCAAGCTGACTG‑CCACCCCTTc > 2:639163‑M1/84‑110 (MQ=255) cAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTa < 2:651439/133‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTa > 1:651439/1‑133 (MQ=255) cGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACATTATCAGTGAGGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAg > 1:440454/1‑150 (MQ=255) tGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACgg > 2:35638/1‑150 (MQ=255) ttCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCg > 1:314249/1‑150 (MQ=255) gaAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGGCGGTCTGCCGATCaa > 2:559387/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATaa > 1:684785/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATaa < 1:118742/150‑1 (MQ=255) gggtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGTGGCCAAGCTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGaa < 2:478715‑M1/37‑1 (MQ=255) gggtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGTGGCCAAGCTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGaa > 1:478715‑M1/44‑80 (MQ=255) ggCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTg < 2:684785/150‑1 (MQ=255) ccGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTAc > 2:736427/1‑150 (MQ=255) ggtgatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGTGGC‑AGTCAGCTTGGCCACCACTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTc > 1:525795‑M1/31‑113 (MQ=255) ggtgatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGTGGC‑AGTCAGCTTGGCCACCACTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTc < 2:525795‑M1/83‑1 (MQ=255) tGAGATCTCCGACACGAGCAGTGAAGTGGTGGCCCAACTGACTG‑CCCCCCCTTCCGTGACCGAAGGCCGTGAGATCACCTACACCATCCCCCTGACCCACCAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTCAc < 2:301138/150‑1 (MQ=14) gatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGTGGCCAAGCTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACg < 1:479612‑M1/80‑1 (MQ=255) gatctcaccgccttcggtcaccgaaggGGTGGCCAAGCTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACg > 2:479612‑M1/28‑107 (MQ=255) aTCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGAt > 1:361296/1‑150 (MQ=255) tctcGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATg < 1:159553/150‑1 (MQ=255) ctcGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATgg < 1:736427/150‑1 (MQ=255) tcGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGc > 2:579539/1‑150 (MQ=255) cGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCa > 1:764456/1‑150 (MQ=255) ggACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCac > 2:399629/1‑150 (MQ=255) acTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCactact < 2:58807/150‑1 (MQ=255) tATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTgt > 2:306597/1‑150 (MQ=255) aTCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTgtc < 2:407510/150‑1 (MQ=255) aTCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTgtc < 1:559387/150‑1 (MQ=255) tGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTcgtcgt < 2:314249/150‑1 (MQ=40) gtggtgGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTTTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCa < 2:764456/150‑1 (MQ=37) gtggtgGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCa < 1:399629/150‑1 (MQ=38) | AAGACCTCGGTTCAGGGCGATGACGTCTATCTTGATGCAGGCTCCATCACGCTCAGTGTTACCGACGCTACAGTTCCGGGTGCCACCTTCGAGAAGCTGGCCTTGGGTGGCCCGGCTACCGTTGAGATCTCGGACACTATCAGTGAAGTGGTGGCCAAACTGACTG‑CCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACCTACACCATCACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAATAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGATGGCACTACTGTCGTCGTGGCA > NC_002947/198188‑198484 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |