| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5984469 = | 37 (1.170) | 9 (0.340) | 6/220 | 2.5 | 27.1% | intergenic (+9/+80) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| ? | NC_002947 | 5984535 = | 18 (0.690) | intergenic (+75/+14) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase | |||||
CACCAAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGA > NC_002947/5984322‑5984611 | caccaAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGc > 1:231311/1‑150 (MQ=255) ggttctaggtggcctgcgacctgcaccacgactggcgcaacgacatcgaagggctgggtaacctgctgtcgcagcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCct > 1:27315‑M1/146‑150 (MQ=255) ccaAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCTGGCct > 2:782646/1‑150 (MQ=255) ccaAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCct > 2:409306/1‑150 (MQ=255) cGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTcgcg < 1:503647/150‑1 (MQ=255) gtggcctgcgaactgcaccgcgactggcgcaacgacatcgaagggctgggtaacctgctgtcgcagcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCgg > 2:695156‑M1/138‑150 (MQ=255) gtggcctgcgaactgcaccgcgactggcgcaacgacatcgaagggctgggtaacctgctgtcgcagcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCgg > 2:562402‑M1/138‑150 (MQ=255) ggTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCgg < 1:782646/150‑1 (MQ=255) ggTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 2:81866/150‑1 (MQ=255) ggTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 2:703037/150‑1 (MQ=255) aTGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAc > 1:200150/1‑150 (MQ=255) gcatGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:798321/4‑150 (MQ=255) gCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:208087/150‑1 (MQ=255) ttGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgg > 1:400361/1‑150 (MQ=255) gCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCg > 2:285104/1‑150 (MQ=255) tCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCTCGGCTg < 1:596414/150‑1 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGCCGGGCAGCTGCAGGCTCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGAGGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAATCCCGCCCCTACGGTCGGCTGTAg < 2:126182/150‑1 (MQ=39) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCgg < 2:523238/143‑1 (MQ=255) tAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCgg > 1:523238/1‑143 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAACCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 1:747822/150‑1 (MQ=25) acatcgaagggctgggtaacctgctgtcgcagcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtgccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg > 1:149781‑M1/104‑150 (MQ=255) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCggg < 2:231311/150‑1 (MQ=38) cgaagggctgggtaacctgctgtcgcagcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg > 2:43081‑M1/100‑146 (MQ=255) cgaagggctgggtaacctgctgtcgcagcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:43081‑M1/47‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGGGGGTTTaac > 1:773293/1‑148 (MQ=255) cAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAccc < 2:798321/150‑1 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGc < 1:795285/130‑1 (MQ=255) aGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGc > 2:795285/1‑130 (MQ=255) gCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 2:755176/105‑1 (MQ=255) gCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg > 1:755176/1‑105 (MQ=255) aCGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:285104/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACa < 2:595217/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCCGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCCGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAg < 1:252979/150‑1 (MQ=255) agcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:426974‑M1/47‑1 (MQ=255) agcgtatccccaactaccgcaacctgatgaacagctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg > 2:426974‑M1/74‑120 (MQ=255) tGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCt < 1:393265/150‑1 (MQ=255) agctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:619957‑M1/47‑1 (MQ=255) agctacgcagcgctggcctcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg > 2:619957‑M1/42‑88 (MQ=255) gtgtCAGTCTGCCTTTGAGTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcat > 1:591773/1‑150 (MQ=255) tcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCg < 2:158024‑M1/46‑1 (MQ=255) tcgcgctgatgtaaacctgtactGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCg > 1:158024‑M1/24‑69 (MQ=255) aaTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:365332/150‑1 (MQ=255) aaTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:200150/150‑1 (MQ=255) aaTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg > 1:236903/1‑150 (MQ=255) aTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg < 2:236903/150‑1 (MQ=255) aCGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCAAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt > 2:550551/1‑150 (MQ=255) aTAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTCTGCATTGACGGGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGc < 2:671588/150‑1 (MQ=37) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGc > 1:317392/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCAGCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa > 2:148444/1‑150 (MQ=255) | CACCAAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGA > NC_002947/5984322‑5984611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |