Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,907,968 | Δ1 bp | 7.7% | coding (55/1095 nt) | spuE ← | spermidine/putrescine ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,907,968 | 0 | C | . | 7.7% | 155.0 / 7.7 | 52 | coding (55/1095 nt) | spuE | spermidine/putrescine ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/24); new base . (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
GCTTGCCTTCCAGGGTTTCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGCAGCTTCGATGCCGCAAT > NC_002947/5907821‑5908117 | gcTTGCCTTCCAGGGTTTCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCa < 1:1848515/150‑1 (MQ=255) cTTGCCTTCCAGGGTTTCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAg > 1:270641/1‑150 (MQ=255) ttGCCTTCCAGGGTTTCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGc > 1:493276/1‑150 (MQ=255) tCCAGGGTTTCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCTGGCATG‑CAGCGTccaa < 1:1053046/150‑4 (MQ=255) tttCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCgcgc > 2:122999/1‑150 (MQ=255) ttCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCgcc < 2:1540543/150‑1 (MQ=255) cGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATTCCAGCGTCAGGCCCGCgccag < 1:1189492/150‑1 (MQ=255) gTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAATTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCTGGCATG‑CAGCGTccaa > 2:343555/1‑136 (MQ=255) gTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAATTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCTGGCATG‑CAGCGTccaa < 1:343555/139‑4 (MQ=255) gTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCgccagc > 2:1932721/1‑150 (MQ=255) gTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATc < 1:842293/148‑1 (MQ=255) gTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATc > 2:842293/1‑148 (MQ=255) gAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGc < 1:1212688/150‑1 (MQ=255) 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aTGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCtt < 1:886450/131‑1 (MQ=255) ccGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGACGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCCGGCCCGCGCCAGCCAACAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGt > 1:1270660/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCgcca > 1:101558/1‑113 (MQ=255) ccGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCgcca < 2:101558/113‑1 (MQ=255) gTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTgg < 1:1093324/150‑1 (MQ=255) tttCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGc > 1:1519183/1‑98 (MQ=255) tttCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGc < 2:1519183/98‑1 (MQ=255) tcGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTca < 2:493276/150‑1 (MQ=255) gAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTgggg < 2:1028145/141‑1 (MQ=255) gAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTgggg > 1:1028145/1‑141 (MQ=255) aaGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACaa < 1:1932721/150‑1 (MQ=255) cgcgAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGc < 2:382477/110‑1 (MQ=255) 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ggACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGcac > 1:864336/1‑150 (MQ=255) ggACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAAACAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGcac > 1:712695/1‑150 (MQ=255) ccAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCaa < 2:15415/72‑1 (MQ=255) ccAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCaa > 1:15415/1‑72 (MQ=255) aCCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCaa < 2:864336/150‑1 (MQ=255) gccgcTTAGACGCT‑GCATCCCAGCGACAGGCCGGCGCAAGCCATTAAGGCCTTGCGGAATACAAAAATAGACAAAGGGAGGTTCACGCAATCAGGACATGGGTAGCGACAATGCCGCCGCACACGCAAATACGGCGCGCAACTTAACTTc < 2:1641621/150‑1 (MQ=255) cgcTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGc < 1:171524/150‑1 (MQ=255) cTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGCAg > 1:451394/1‑150 (MQ=255) ctgACGCTGGCATG‑CAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGCAgat > 2:937797/3‑148 (MQ=255) ggACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGCAGCtt < 2:451394/150‑1 (MQ=255) aCGCT‑GCATGCCCGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGGCTACAGACATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAACACCGGCGCGCACCTTAACTTCGCAGCTTCg > 2:515709/1‑150 (MQ=255) ccAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGCAGCTTCGATGCCGCAat > 1:1533363/1‑150 (MQ=255) | GCTTGCCTTCCAGGGTTTCGTTGGAGTCGAACACATCTTGCACAGGCTTGATGCCCGTGGCTTTCTCGAAGTCCGCGAGTGTGGTGGGGCCGATGTAGTCGGACCAGTTATAGAAGTGCACCGTCGGCGCCGCTTGGACGCT‑GCATGCCAGCGTCAGGCCCGCGCCAGCCATCAAGGCCTTGCGGAATACAGAAATAGACAAGTGGGGGTCCTCACAATCAGTGCCTGGGTAGCGACAATGCTGCCGCACACGCAAAACCGGCGCGCAACTTAACTTCGCAGCTTCGATGCCGCAAT > NC_002947/5907821‑5908117 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |