| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,058,260 | Δ1 bp | 7.5% | intergenic (‑186/+34) | PP_0914 ← / ← sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,058,260 | 0 | A | . | 7.5% | 276.3 / 17.6 | 93 | intergenic (‑186/+34) | PP_0914/sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/45); new base . (4/3); total (43/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
GACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGC > NC_002947/1058111‑1058407 | gACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGca > 1:192059/1‑150 (MQ=255) aTTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGAAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATg < 2:580337/150‑1 (MQ=255) gtgtATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGt > 2:1073247/1‑150 (MQ=255) attggTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGTTCTGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGGTtct > 1:1327070/4‑150 (MQ=255) tCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTtctc > 2:5570/1‑150 (MQ=255) ggTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGt > 1:289257/1‑150 (MQ=255) gTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCg < 2:345590/148‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCg > 1:345590/1‑148 (MQ=255) gTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGtt < 2:192059/150‑1 (MQ=255) gCCTGACCCCGTAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTTTTTGCTGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCaa < 2:915437/150‑1 (MQ=255) gCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCaa > 1:1815566/1‑150 (MQ=255) cTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAgg > 2:138182/1‑150 (MQ=255) cGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATg > 1:1718928/1‑150 (MQ=255) cGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCATTATTGGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATg > 1:1019916/1‑150 (MQ=255) gCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGa < 2:320787/150‑1 (MQ=255) tttGAATGCGCTGTATCAATCTTCCACAGGTTTGATGTTAGCGCGGTGTGCCGGCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTTTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAACACCCGGCCCATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATTA‑CTC‑a < 2:1389996/149‑1 (MQ=255) ttGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑Ag < 1:5570/150‑1 (MQ=255) ttGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑Ag > 2:275370/1‑150 (MQ=255) 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aaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGAt > 1:777104/1‑150 (MQ=255) aaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGAt < 1:477676/150‑1 (MQ=255) aaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCAAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTc > 2:971428/1‑115 (MQ=255) aaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCAAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTc < 1:971428/115‑1 (MQ=255) aaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGCTCAAGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgta < 1:138182/150‑1 (MQ=255) cccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCgg < 2:456317/137‑1 (MQ=255) cccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCgg > 1:456317/1‑137 (MQ=255) cGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGAAAAGAGCGCATTACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGtagtag < 1:1107348/150‑1 (MQ=255) gCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGc < 2:777104/150‑1 (MQ=255) gCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGc < 2:1815566/150‑1 (MQ=255) | GACCATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGC > NC_002947/1058111‑1058407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |