| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,296,137 | Δ1 bp | 5.9% | coding (393/600 nt) | PP_2023 ← | glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,296,137 | 0 | C | . | 5.9% | 277.3 / 10.8 | 85 | coding (393/600 nt) | PP_2023 | glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/45); new base . (2/3); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTA > NC_002947/2295988‑2296285 | cGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCgccagc < 2:1698649/150‑1 (MQ=255) cacaCGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCgccagcca < 1:54454/150‑1 (MQ=255) acacGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGccagccag < 2:311323/150‑1 (MQ=255) acGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGc > 2:1033716/1‑150 (MQ=255) acGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTCCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGc < 2:1051317/150‑1 (MQ=255) gcgGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCt > 1:1137539/1‑150 (MQ=255) ggATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGGCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCg < 2:1341604/150‑1 (MQ=255) gATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCgg < 1:1334209/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCTCGGCGAACGTCTTGGTTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCAAGCGCCAACATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑g < 1:119600/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAG‑CAGGCCGAGGCct‑gg < 2:1933885/150‑2 (MQ=255) ccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑gct > 1:1929628/1‑150 (MQ=255) ccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑gct > 2:896223/1‑150 (MQ=255) gccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTgg > 2:744226/1‑150 (MQ=255) gccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTgg > 2:563843/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc < 1:1734658/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc < 1:483494/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGCACACCTAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc > 1:1089535/1‑150 (MQ=255) cTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCg < 2:1602582/150‑1 (MQ=255) 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1:45260/1‑150 (MQ=255) cGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGt > 1:1036063/1‑150 (MQ=255) ggCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCg < 2:1012480/146‑1 (MQ=255) ggCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCg > 1:1012480/1‑146 (MQ=255) gCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTaa < 2:1402532/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTTGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCTGCGAACCATTCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGtt < 2:958360/150‑1 (MQ=255) 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ccccgccAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGc < 2:1166044/150‑1 (MQ=255) ccgccAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCct > 2:1210991/1‑150 (MQ=255) aGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAg > 2:1842754/1‑150 (MQ=255) ccTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGt < 2:160678/94‑1 (MQ=255) ccTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGt > 1:160678/1‑94 (MQ=255) ttCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCa > 2:893119/1‑145 (MQ=255) ttCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCa < 1:893119/145‑1 (MQ=255) aGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAggg < 2:45260/150‑1 (MQ=255) cagccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTg < 2:245900/150‑1 (MQ=255) gccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTa < 2:281443/150‑1 (MQ=255) | CGCACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTA > NC_002947/2295988‑2296285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |