| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,058,264:1 | +T | 7.6% | intergenic (‑190/+30) | PP_0914 ← / ← sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,058,264 | 1 | . | T | 7.6% | 355.6 / 23.9 | 92 | intergenic (‑190/+30) | PP_0914/sodB | GGDEF domain‑containing protein/superoxide dismutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (39/46); new base T (4/3); total (43/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
ATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGC > NC_002947/1058115‑1058407 | aTTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGAAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATg < 2:580337/150‑1 (MQ=255) gtgtATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGt > 2:1073247/1‑150 (MQ=255) attggTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGTTCTGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGGTtct > 1:1327070/4‑150 (MQ=255) 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aaaaaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGAt < 1:477676/150‑1 (MQ=255) aaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCAAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTc > 2:971428/1‑115 (MQ=255) aaaCCCGGC‑CATGTGCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCAAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTc < 1:971428/115‑1 (MQ=255) aaCCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGCTCAAGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATgta < 1:138182/150‑1 (MQ=255) cccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCgg < 2:456317/137‑1 (MQ=255) cccGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCgg > 1:456317/1‑137 (MQ=255) cGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGAAAAGAGCGCATTACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGtagtag < 1:1107348/150‑1 (MQ=255) gCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGc < 2:777104/150‑1 (MQ=255) gCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGc < 2:1815566/150‑1 (MQ=255) | ATTAGCAGTGTATCGGTTGCCTGACCCCGCAACTTGAATGCGCTGTATCAATCTTCCAGAGGTTTGATGTTAGCGTGGTATGCGGCCTGAGCAAGCAAAACCGTGCCAGCCTGTTTGCGGCAACACAGGCACAAAAAAACCCGGCACATG‑GCCGGGTTTCTCGTTCAAGGCCGAATGA‑CTC‑AGGCCTTGAAGGTCTTGCCTTCGAACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGC > NC_002947/1058115‑1058407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |