| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2429928 = | 63 (0.860) | 6 (0.110) | 5/182 | NT | 14.6% | intergenic (+15/+98) | PP_2129/PP_2130 | hypothetical protein/lytic transglycosylase |
| ? | NC_002947 | 2430009 = | 24 (0.450) | intergenic (+96/+17) | PP_2129/PP_2130 | hypothetical protein/lytic transglycosylase | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CTGACCGTGAGCCGATGGCTACGCTGAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGG > NC_002947/2429783‑2430073 | cTGACCGTGAGCCGATGGCTACGCTGAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGc < 1:163133/150‑1 (MQ=255) gatcccgttcgacgaaacgcgccggtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGcc > 1:1795430‑M1/145‑150 (MQ=255) gatcccgttcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCg < 1:192362‑M1/3‑1 (MQ=255) gatcccgttcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCg > 2:192362‑M1/145‑147 (MQ=255) cccgttcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCctct < 1:1629813‑M1/9‑1 (MQ=255) gttcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTcg < 1:663233‑M1/12‑1 (MQ=255) gttcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTcg < 1:1438469‑M1/12‑1 (MQ=255) ttcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTcgc < 2:1285991‑M1/13‑1 (MQ=255) tcgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgcgtgcaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTcgcg > 1:511966‑M1/137‑150 (MQ=255) cgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTCGCgg > 1:1285991‑M1/136‑150 (MQ=255) cgacgaaacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTCGCgg > 1:1585524‑M1/136‑150 (MQ=255) ccGATGGCTACGCTGAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg < 2:350521/150‑1 (MQ=255) ggCTACGCTGAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAc < 2:949418/150‑1 (MQ=255) aacgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattgagcgattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 1:435905‑M1/130‑150 (MQ=255) acgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCctc > 1:950833‑M1/129‑136 (MQ=255) acgcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCctc < 2:950833‑M1/8‑1 (MQ=255) cTACGCTGAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCATAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAccc > 1:1656619/1‑150 (MQ=255) gcgccagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCg < 2:368434‑M1/24‑1 (MQ=255) cagtatgtacagaacgtgctgtcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcaaccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtaCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACGCGCTcc < 1:880145‑M1/28‑1 (MQ=255) gAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGc < 1:1747181/125‑1 (MQ=255) gAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGc > 2:1747181/1‑125 (MQ=255) gAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTa > 1:1661778/1‑150 (MQ=255) cTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATAGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACg > 1:614063/1‑150 (MQ=255) tttCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAGTAGGTGTGTGGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGa > 2:1023527/1‑150 (MQ=255) tttCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc < 1:1319489/145‑1 (MQ=255) tttCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc > 2:1319489/1‑145 (MQ=255) ttgacgcgAAGAAGAATGCGAGGTGCTGTTCGGCCAGAACTTGGCTGTGGATGGCAGTGGGGGGCTGGAGGGGGGGATGGAAGTAGAGATACTGGAATAGGTGTGTTGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACTCGCTACTACAACGa > 2:180515/5‑150 (MQ=255) gcgAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc > 1:1172416/1‑143 (MQ=255) gcgAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc < 2:1172416/143‑1 (MQ=255) gcgAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCt > 1:361328/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCa > 2:677449/1‑150 (MQ=255) agaagGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg > 1:385731/1‑118 (MQ=255) agaagGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg < 2:385731/118‑1 (MQ=255) agaagGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAAccc < 2:1401175/150‑1 (MQ=255) tcgtattcggtgatctacgggcagaagctgaattcaccgcagccattggtggattggcatgaacggtatttcgatgacatgtgattgctgttgagcctgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCt < 2:1856763‑M1/49‑1 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ggATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATc < 2:1661778/150‑1 (MQ=255) ggAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCACGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCaa < 2:349935/134‑1 (MQ=255) ggAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCACGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCaa > 1:349935/1‑134 (MQ=255) aGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAg < 1:8168/116‑1 (MQ=255) aGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAg > 2:8168/1‑116 (MQ=255) gAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 1:967932/109‑1 (MQ=255) aTCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCAt < 2:1659459/150‑1 (MQ=255) ccTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACCGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGc < 2:1887368/150‑1 (MQ=255) tGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg > 2:3033/1‑102 (MQ=255) tGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 1:3033/102‑1 (MQ=255) tGGAATAGATGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGGACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATAc > 1:1845866/1‑139 (MQ=255) tGGAATAGATGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATAc < 2:1845866/139‑1 (MQ=255) aaTAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATc > 1:1842591/1‑150 (MQ=255) tgtgtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCAt < 2:1466578/122‑1 (MQ=255) tgtgtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCAt > 1:1466578/1‑122 (MQ=255) gtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCgg < 1:690760/70‑1 (MQ=255) gtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCgg > 2:690760/1‑70 (MQ=255) gtTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATgg < 2:863768/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGc > 1:1015847/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCCTCGCGGGGGAACCCGCTCCTACACCGACCGCTCAAACCCTTGTAGGGGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCg < 1:677449/150‑1 (MQ=255) tgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCgg < 2:1169825/150‑1 (MQ=255) | CTGACCGTGAGCCGATGGCTACGCTGAAGACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGG > NC_002947/2429783‑2430073 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |