| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,902,788 | T→A | 6.2% | K102M (AAG→ATG) ‡ | PP_5175 ← | HlyD family secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,902,788 | 0 | T | A | 6.2% | 256.7 / 6.9 | 83 | K102M (AAG→ATG) ‡ | PP_5175 | HlyD family secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/40); new base A (3/2); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
CTTGAGTGCGCTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACG > NC_002947/5902640‑5902937 | cTTGAGTGCGCTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCt‑t > 2:1684063/1‑150 (MQ=255) tGAGTGCGCTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑gg < 1:504793/150‑1 (MQ=255) aGTGCGCTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTAGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGcc < 1:1209968/150‑1 (MQ=255) tGCGCTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGTCGa > 2:1212123/1‑150 (MQ=255) cgcTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGTCGAGt < 1:1212123/150‑1 (MQ=255) gcTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTc < 2:1722324/150‑1 (MQ=255) gcTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTc < 1:200760/150‑1 (MQ=255) tctGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGa < 2:682443/150‑1 (MQ=255) gATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑t > 1:181477/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCTCTTGTGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTg < 2:1423342/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACTCTCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTg < 1:1807179/150‑1 (MQ=255) tgcGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGGCGACA‑TTGTTCt > 1:1246443/1‑150 (MQ=255) gcAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCa > 1:1531827/1‑150 (MQ=255) gcAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCa < 2:181477/150‑1 (MQ=255) gcAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCGC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCa < 2:168048/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAg < 2:1564819/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGt < 1:123124/150‑1 (MQ=255) tCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCggg > 1:463521/1‑150 (MQ=255) tACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCA‑A‑GGCCGAggtatt > 2:1097989/1‑111 (MQ=255) tACTAGCTCTGGCTGTTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCA‑A‑GGCCGAggtatt < 1:1097989/116‑6 (MQ=255) cTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAg < 1:190920/150‑1 (MQ=255) tCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTCTTCGATAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAATCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGc > 1:1718402/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCAc < 1:1670978/150‑1 (MQ=255) tctGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCt > 1:1785279/1‑150 (MQ=255) tggctggTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTgg < 2:1246443/150‑1 (MQ=255) gctggTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAg < 2:312172/117‑1 (MQ=255) gctggTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAg > 1:312172/1‑117 (MQ=255) gctggTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGtt > 1:324315/1‑150 (MQ=255) gctggTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGtt > 1:324325/1‑150 (MQ=255) 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ggTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGc < 2:604218/150‑1 (MQ=255) tgtAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCt > 1:1118415/1‑150 (MQ=255) cccTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTc < 1:1899336/114‑1 (MQ=255) cccTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTc > 2:1899336/1‑114 (MQ=255) cTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTg > 1:662308/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGa > 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gTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCGGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCATGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGt < 1:318095/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGa > 1:1248017/1‑150 (MQ=255) gCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATc < 1:982841/150‑1 (MQ=255) gCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATc > 1:1079288/1‑150 (MQ=255) gCCGCACTGCCCTGGGTGCGCCGCGCCTGCGCGGCGAATACATCGGGCCTATATGCCGA‑‑CG‑GA‑GTGTGTTGGATGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATc < 1:1684063/150‑1 (MQ=255) 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gAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGAcgc < 1:1495868/128‑1 (MQ=255) gAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGAcgc > 2:1495868/1‑128 (MQ=255) gacTC‑GGCCA‑A‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCcgc > 1:1875129/3‑150 (MQ=255) cTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGcc < 2:292824/84‑1 (MQ=255) cTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGcc > 1:292824/1‑84 (MQ=255) cTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCgcgc < 1:787440/150‑1 (MQ=255) cTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCgcgc > 2:454875/1‑150 (MQ=255) cTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCgcgc > 1:1381777/1‑150 (MQ=255) tC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGcc < 1:1194759/150‑1 (MQ=255) c‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCt < 2:463521/150‑1 (MQ=255) c‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCt > 1:1719500/1‑150 (MQ=255) cT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGaaa > 2:659852/1‑98 (MQ=255) cT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGaaa < 1:659852/98‑1 (MQ=255) cT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCAc > 2:744815/1‑150 (MQ=255) t‑t‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACg > 2:568533/1‑150 (MQ=255) t‑t‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCAGAAGAGGACTGACAACTCGGTCTAGACCCGCGccgacccg > 2:112476/1‑144 (MQ=255) | CTTGAGTGCGCTCTGATTGCTGCGCAGCGCGGCCTCGGCAGCATCGTACTCGCTCTGGCTGGTGTAGCCCTTGGGCAGCAGTTTTTGCTGGCGCACGAAGGCCGCACTGGTCTGGGTGACCCGCGCCTGCGCGGCGAATACCTC‑GGCCT‑T‑GGCCGAGTCGACA‑TTGTTCTGCAGGTCTTTCGGGTCAAGCCGGGCGAGCACCTGGTTGGCCTTGACGTGATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACG > NC_002947/5902640‑5902937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |