Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,903,887 | G→A | 8.4% | intergenic (+87/+20) | PP_5176 → / ← spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,903,887 | 0 | G | A | 8.4% | 297.9 / 13.8 | 107 | intergenic (+87/+20) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/48); new base A (5/4); total (55/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.06e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTGAAGTAC > NC_002947/5903738‑5904033 | ttGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCg > 2:790560/1‑150 (MQ=255) gggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTg > 1:1269097‑M1/88‑150 (MQ=255) ccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGACCGCGAAAgg > 1:752184‑M1/77‑150 (MQ=255) aGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGTCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAg > 2:1681758/1‑150 (MQ=255) aGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAg < 1:643718/150‑1 (MQ=255) aaGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGt > 2:753209/1‑150 (MQ=255) gTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCa < 1:1110917/150‑1 (MQ=255) tctaagcgACTAGACACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGCTGCT‑GCTCCTCCGATCTAGCAACACCGC‑CTGAGGCGGCTCACCTTAACCCTGACGGCCGCGTGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAg < 1:442846/143‑1 (MQ=255) tCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCGCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGc > 1:136151/1‑150 (MQ=255) ggACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGAc > 2:1752256/1‑150 (MQ=255) aCTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGc > 1:1764644/1‑150 (MQ=255) tATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAg < 1:1566997/150‑1 (MQ=255) aTCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGc < 2:1072432/150‑1 (MQ=255) ccACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGGGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGccc > 1:680971/1‑149 (MQ=255) aTTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTg > 2:370745/1‑150 (MQ=255) ttGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTgc > 2:779163/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGTATGGGTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTACCATGTTGGTCGAGTCGATGCTGAAGGCTGTGAGGCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGcc < 1:1892779/150‑1 (MQ=255) ggATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCAGCTTCGcc > 1:1299084/1‑150 (MQ=255) 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tGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgacg > 1:1350964/1‑150 (MQ=255) gAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgacga < 2:579608/150‑1 (MQ=255) agggttgtggtgagccctgtgggagcgggcATGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgacga < 2:1269097‑M2/120‑1 (MQ=255) tgtgAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGctct > 1:1218407/1‑150 (MQ=255) gtgAGGTCCCTGTGGGAGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCtt < 2:1910194/150‑1 (MQ=255) ggTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCa < 1:77751/52‑1 (MQ=255) ggTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCa > 2:77751/1‑52 (MQ=255) gTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCctgct < 2:183356/121‑1 (MQ=255) gTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCctgct > 1:183356/1‑121 (MQ=255) gTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGcc > 2:1312746/1‑150 (MQ=255) cctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGTCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTgg > 1:570921‑M2/16‑150 (MQ=255) cctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTgg > 2:1902624‑M2/16‑150 (MQ=255) ctgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTggc < 2:843812‑M2/136‑1 (MQ=255) tgtgggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCTACGACGCTCTTCGGCCTggcg > 2:639236‑M2/14‑150 (MQ=255) tgggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTggcggc < 1:832370‑M2/139‑1 (MQ=255) ggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTg > 2:942166‑M2/10‑150 (MQ=255) ggagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCGGCGACGCGCTCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTg > 2:663218‑M2/10‑150 (MQ=255) gagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcga < 2:1743070‑M2/117‑1 (MQ=255) gagcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcga > 1:1743070‑M2/9‑125 (MQ=255) agcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCGCTCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTGaa < 1:1475078‑M2/143‑1 (MQ=255) agcgggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCCGCACCCGCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTGaa < 2:752184‑M2/143‑1 (MQ=255) gggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTGAAGTa > 1:457601‑M2/5‑150 (MQ=255) ggcGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTGAAGTAc < 2:1764644‑M2/147‑1 (MQ=255) | TTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCGGCTGAAGTAC > NC_002947/5903738‑5904033 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |