| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,961,684 | T→A | 8.2% | I175N (ATT→AAT) | lysA‑II → | diaminopimelate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,961,684 | 0 | T | A | 8.2% | 218.5 / 10.0 | 73 | I175N (ATT→AAT) | lysA‑II | diaminopimelate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/31); new base A (3/3); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
CTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCT > NC_002947/5961548‑5961831 | cTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAg < 2:1814110/150‑1 (MQ=255) gCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGAACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCtacgt > 2:560887/1‑150 (MQ=255) agtCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACgcgc < 1:635351/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTATCCACCCGTACATCTCCACCGACCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCCTTTCGTAGCCCGAGGCCATCTACGTACGcgccg < 1:1020760/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGCTCGGCATCGGCAAtggcgatgccgaac < 2:924099/132‑3 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGCTCGGCATCGGCAAtggcgatgccgaac > 1:924099/1‑130 (MQ=255) cgccgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGcaca < 2:793431/150‑1 (MQ=255) gAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATtgc > 1:639623/1‑113 (MQ=255) gAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATtgc < 2:639623/113‑1 (MQ=255) ggCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAAc < 2:1843731/150‑1 (MQ=255) gTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGGTGGCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGaa < 1:509773/150‑1 (MQ=255) cccGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGt < 1:915464/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc < 1:1139102/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc > 1:1300735/1‑150 (MQ=255) cGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGCCGACGGTGAAGGTCACCAGCTCTACGTTACCGGTGCCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGAGCCGCCCAGCTACCGTACCGGGAAGTGGTCg < 2:426514/150‑1 (MQ=255) cGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg < 2:1716085/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACt > 2:1246735/1‑150 (MQ=255) cAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGc < 2:1159893/145‑1 (MQ=255) cAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGc > 1:1159893/1‑145 (MQ=255) cccGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCGTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGa > 2:1405681/1‑138 (MQ=255) cccGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGa < 1:1405681/138‑1 (MQ=255) ggACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTAcc < 2:272260/111‑1 (MQ=255) ggACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTAcc > 1:272260/1‑111 (MQ=255) gTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc < 2:416707/123‑1 (MQ=255) gTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc > 1:416707/1‑123 (MQ=255) gTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAg > 2:1916627/1‑150 (MQ=255) 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2:185561/1‑113 (MQ=255) ccacccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGgtg < 1:185561/113‑1 (MQ=255) acccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGt > 1:1579228/1‑145 (MQ=255) acccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGt < 2:1579228/145‑1 (MQ=255) cccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACGGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGcc > 1:589924/1‑150 (MQ=255) ccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGaa < 1:208840/99‑1 (MQ=255) ccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGaa > 2:208840/1‑99 (MQ=255) ccGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGccc > 2:791494/1‑150 (MQ=255) aTCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTc < 1:667671/150‑1 (MQ=255) tctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTTGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCg > 1:348643/1‑150 (MQ=255) tctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGccc > 1:30393/1‑143 (MQ=255) tctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGccc < 2:30393/143‑1 (MQ=255) ctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg < 1:1015726/98‑1 (MQ=255) ctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg > 2:1015726/1‑98 (MQ=255) tcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTCCGCGCCGCACAGCTTCCGAACCTGTAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGAc < 1:233872/150‑1 (MQ=255) ggCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGGATGGCCATTGCCGATTGCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGAACCGCTAACGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGATCTCCACAACGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTc < 2:1726873/150‑1 (MQ=255) ggCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTc > 1:1730660/1‑150 (MQ=255) ttAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGAcc > 1:1391033/1‑150 (MQ=255) tAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCg > 2:1106375/1‑150 (MQ=255) tAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGAACCGTTAGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCg > 1:1573925/1‑150 (MQ=255) aaaGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGc < 2:1730660/150‑1 (MQ=255) gAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctg > 2:493329/1‑150 (MQ=255) gAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctg > 1:72221/1‑150 (MQ=255) aaaaCAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctgc > 1:1267590/1‑150 (MQ=255) aaCAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCGATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCt < 2:1300583/137‑1 (MQ=255) aaCAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCt > 1:1300583/1‑137 (MQ=255) cAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCt > 1:599451/1‑122 (MQ=255) cAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCt < 2:599451/122‑1 (MQ=255) cAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggt > 2:1673238/1‑150 (MQ=255) aaGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCtgctggtg > 2:1203928/1‑150 (MQ=255) 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ggCATCGGCAATGGCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTc < 1:1714853/150‑1 (MQ=255) cATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTTCTCGACTCCCTCGACCGCCTGCTGGGGCTGGTAGa > 2:212310/1‑150 (MQ=255) aTCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGAc > 1:1857054/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCt > 2:1369621/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAACTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCt > 2:1632303/1‑150 (MQ=255) | CTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCT > NC_002947/5961548‑5961831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |