| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,961,687 | C→G | 5.8% | A176G (GCC→GGC) | lysA‑II → | diaminopimelate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,961,687 | 0 | C | G | 5.8% | 222.7 / 3.9 | 69 | A176G (GCC→GGC) | lysA‑II | diaminopimelate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/30); new base G (2/2); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCTGGCC > NC_002947/5961548‑5961835 | cTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAg < 2:1814110/150‑1 (MQ=255) gCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGAACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCtacgt > 2:560887/1‑150 (MQ=255) agtCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACgcgc < 1:635351/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTATCCACCCGTACATCTCCACCGACCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCCTTTCGTAGCCCGAGGCCATCTACGTACGcgccg < 1:1020760/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGCTCGGCATCGGCAAtggcgatgccgaac < 2:924099/132‑3 (MQ=255) tCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGCTCGGCATCGGCAAtggcgatgccgaac > 1:924099/1‑130 (MQ=255) cgccgAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGcaca < 2:793431/150‑1 (MQ=255) gAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATtgc > 1:639623/1‑113 (MQ=255) gAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATtgc < 2:639623/113‑1 (MQ=255) ggCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAAc < 2:1843731/150‑1 (MQ=255) gTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGGTGGCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGaa < 1:509773/150‑1 (MQ=255) cccGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGt < 1:915464/150‑1 (MQ=255) ccGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc > 1:1300735/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc < 1:1139102/150‑1 (MQ=255) 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cccGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCGTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGa > 2:1405681/1‑138 (MQ=255) cccGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGa < 1:1405681/138‑1 (MQ=255) ggACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTAcc < 2:272260/111‑1 (MQ=255) ggACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTAcc > 1:272260/1‑111 (MQ=255) gTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc < 2:416707/123‑1 (MQ=255) gTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTc > 1:416707/1‑123 (MQ=255) gTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAg > 2:1916627/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGa < 1:1443246/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGa > 2:667671/1‑150 (MQ=255) cGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCt < 2:1345827/144‑1 (MQ=255) cGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCt > 1:1345827/1‑144 (MQ=255) 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tctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGccc < 2:30393/143‑1 (MQ=255) ctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg < 1:1015726/98‑1 (MQ=255) ctcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCg > 2:1015726/1‑98 (MQ=255) tcCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTCCGCGCCGCACAGCTTCCGAACCTGTAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGAc < 1:233872/150‑1 (MQ=255) ggCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGGATGGCCATTGCCGATTGCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGAACCGCTAACGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGATCTCCACAACGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTc < 2:1726873/150‑1 (MQ=255) ggCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTc > 1:1730660/1‑150 (MQ=255) ttAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGAcc > 1:1391033/1‑150 (MQ=255) tAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCg > 2:1106375/1‑150 (MQ=255) tAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGAACCGTTAGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCg > 1:1573925/1‑150 (MQ=255) aaaGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGc < 2:1730660/150‑1 (MQ=255) gAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctg > 2:493329/1‑150 (MQ=255) gAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctg > 1:72221/1‑150 (MQ=255) aaaaCAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCctgc > 1:1267590/1‑150 (MQ=255) aaCAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCGATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCt < 2:1300583/137‑1 (MQ=255) aaCAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCt > 1:1300583/1‑137 (MQ=255) cAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCt > 1:599451/1‑122 (MQ=255) cAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCt < 2:599451/122‑1 (MQ=255) 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cATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCt > 2:1369621/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAACTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCt > 2:1632303/1‑150 (MQ=255) tgccgatgccgaGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTCGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCTGGc < 2:1300735/150‑1 (MQ=255) gccgatgccgaGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCAGTTGGTAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCTGGcc > 1:1477785/1‑150 (MQ=255) gccgatgccgaGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCTGGcc < 1:1246735/150‑1 (MQ=255) | CTGGAGCGCCTGCAAGTAGTCGCCGCCGAAATGGGCAAGGTTGCCCCGGTGTCGCTGCGGGTCAACCCGGACGTCGATGCCGGTACCCACCCGTACATCTCCACCGGCCTTAAAGAAAACAAGTTCGGCATCGCCATTGCCGATGCCGAGGCCATCTACGTACGCGCCGCACAGCTACCGAACCTGGAAGTGGTCGGTGTCGACTGCCACATCGGCTCGCAGCTGACCACCGTCGAGCCCTTCCTCGACGCCCTCGACCGCCTGCTGGTGCTGGTCGACCGCCTGGCC > NC_002947/5961548‑5961835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |