| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,166,037 | C→T | 7.5% | G87G (GGG→GGA) | PP_5406 ← | transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,166,037 | 0 | C | T | 7.5% | 180.7 / 3.4 | 66 | G87G (GGG→GGA) | PP_5406 | transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/31); new base T (2/3); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TATGGTACCCAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATTGTGCGCCCCAGCTTTCGACTATGCAGTCTGCATATGCGAGA > NC_002947/6165894‑6166186 | tATGGTACCCAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCtgtg > 1:1638509/1‑150 (MQ=255) gTACCCAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCa > 2:1066765/1‑150 (MQ=255) gTACCCAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGACGAGGGAGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCa > 2:751302/1‑150 (MQ=255) tACCCAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCAc < 2:166118/150‑1 (MQ=255) ccAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTgg > 2:1883174/1‑150 (MQ=255) aCCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCa > 1:1187978/1‑150 (MQ=255) cccTGTTACCGCTCGCGTCTTAAACTACGCCTTAATGATGTTTGAAACCGATCTCGCGTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGATGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCaaa > 2:992551/1‑150 (MQ=255) ttCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCAtt < 1:1409908/150‑1 (MQ=255) ccGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGc > 2:853907/1‑138 (MQ=255) ccGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGc < 1:853907/138‑1 (MQ=255) gcgTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCg > 1:366687/1‑150 (MQ=255) gcgTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGAACTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCg < 1:1373359/150‑1 (MQ=255) tACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCCCGTGCAGCTCaaa > 1:1102113/1‑150 (MQ=255) gATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCaaa > 2:189112/1‑122 (MQ=255) gATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCaaa < 1:189112/122‑1 (MQ=255) tCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCg > 1:808093/1‑150 (MQ=255) atgatgTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCggg > 1:1030984/1‑150 (MQ=255) tgatgTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCgggg > 2:175209/1‑150 (MQ=255) gatgTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGggt > 2:1091375/1‑150 (MQ=255) 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> 1:92271/1‑133 (MQ=255) aaaCCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTagaga < 2:619875/150‑1 (MQ=255) gATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTgtgt < 1:295158/89‑1 (MQ=255) gATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTgtgt > 2:295158/1‑89 (MQ=255) ctctctTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCaaa > 1:1018808/1‑98 (MQ=255) ctctctTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCaaa < 2:1018808/98‑1 (MQ=255) tctctTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTgc > 1:160248/1‑150 (MQ=255) tctctTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCATGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTgc < 1:1590718/150‑1 (MQ=255) ccATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTtct < 2:160248/150‑1 (MQ=255) cATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTtctc > 1:1178621/1‑150 (MQ=255) aTGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTctct < 1:1066765/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTctct < 1:1883174/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGGCGAGGTGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGt > 2:1043869/1‑150 (MQ=255) tGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGTCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTgcgc > 1:90558/1‑133 (MQ=255) tGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGTCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTgcgc > 1:1585597/1‑133 (MQ=255) tGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGTCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTgcgc < 2:90558/133‑1 (MQ=255) tGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGTCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTgcgc < 2:1585597/133‑1 (MQ=255) gagaGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACTCCTTCTCTGGGTTGGAAAg < 2:1638509/150‑1 (MQ=255) gagGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGTCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGga < 1:1876231/150‑1 (MQ=255) gggggCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGgaga < 1:175209/150‑1 (MQ=255) gggggCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGgaga < 2:1030984/150‑1 (MQ=255) gCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCATTTCACTGGGTGCCTTGTGTTAACTGGTTTAAGTATGTTTTGCTGGGGTTGCGCAAAAAGCTCGGGGTGGGAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGaa < 2:1187978/150‑1 (MQ=255) ggAATTTGCCCTTGGTCATTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGggt > 2:1504047/1‑96 (MQ=255) ggAATTTGCCCTTGGTCATTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGggt < 1:1504047/96‑1 (MQ=255) ggAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTTCCCTGTGTTCACTGGCGTAGGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATtg < 1:992551/150‑1 (MQ=255) tgtgCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATTGTgcg > 1:568149/1‑150 (MQ=255) cccTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGCTGCCCTGTGTTGACTGGCCCAAGCATTTTCTGCTCGTGCACCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGACGATGAATTGTGCGcccc > 1:42791/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGgaga < 2:537577/133‑1 (MQ=255) cTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCAGTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGgaga > 1:537577/1‑133 (MQ=255) tCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAGGGAGATGAATTGTGCGCCCCAGCTTTc < 1:751302/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATTGTGCGCCCCAGCTTTc < 1:1043869/150‑1 (MQ=255) tGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCa > 1:308619/1‑64 (MQ=255) tGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCa < 2:308619/64‑1 (MQ=255) gggTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATTGTGCGCCCCAGCTTTCGACTa < 2:808093/150‑1 (MQ=255) ccTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATg < 1:165293/119‑1 (MQ=255) ccTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATg > 2:165293/1‑119 (MQ=255) 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cccTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCCCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCACAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATTGTGCGCCCCAGCTTTCGACTATGCAGTCTGCATATGCgaga < 2:1102113/150‑1 (MQ=255) | TATGGTACCCAACCCCTGTTCCCGCTCGCGTCTTCGACTACGATTTCATGATGTTTGAAACCGATCTCTCTTGCGATATCCATGGTGCCGCGGAGAGGGGGCGGGAATGTGCCCTTGGTCAGTGGGTGCCCTTTCAATGGGTGCCCTGTGTTCACTGGCCAAAGCATTTTCTGCTCGTGCAGCTCAAAAAGCTCGGGGTGGTAGAGAGCTAATTGCGCAAACACCTTCTCTGGGTTGGAAAGGAGATGAATTGTGCGCCCCAGCTTTCGACTATGCAGTCTGCATATGCGAGA > NC_002947/6165894‑6166186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |