| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,383,260 | A→T | 9.5% | L16Q (CTG→CAG) | PP_1204 ← | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,383,260 | 0 | A | T | 9.5% | 282.3 / 19.2 | 95 | L16Q (CTG→CAG) | PP_1204 | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/50); new base T (5/4); total (41/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ACACGTCGCTGCGGAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTACTCCA > NC_002947/1383113‑1383409 | acacGTCGCTGCGGAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATCGTCGCTGCTCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGTCGCCGCACAGt > 2:944488/1‑150 (MQ=255) acGTCGCTGCGGAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTgc < 1:276590/150‑1 (MQ=255) catCGCTGTGGAAGCTCTATCACCTTCGGCTCGCCGGCATCGATCTGCAGGGTATGCACGGACAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTgcg < 2:1424553/148‑1 (MQ=255) tGCGGAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGccc < 2:1814966/150‑1 (MQ=255) gAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCaa < 2:1289525/150‑1 (MQ=255) gAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCaa > 2:1917824/1‑150 (MQ=255) aaGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTATTACTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAg < 1:992803/150‑1 (MQ=255) aGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAgg < 2:667203/150‑1 (MQ=255) tCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGGCGGACAGGGCGGCGCCCCCAAGGGTa > 2:1871112/1‑150 (MQ=255) cATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTTGACGCGCTCCTCATCGAAGATGTTCTGGGACATC‑‑TCATTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTaaa < 1:1206080/150‑1 (MQ=255) tCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAgg > 1:219484/1‑150 (MQ=255) cACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGt < 2:1757706/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACt > 1:157223/1‑150 (MQ=255) ggCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGc < 2:213471/150‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTAGACGCGCTCCTCACGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGAGGAGCAGGGCGCCGCACAGTTCGGCGCTCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGc < 2:220107/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCt > 1:1782398/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGGGCAGTTTGCTCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGcct < 2:112579/150‑3 (MQ=255) cTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCtt > 2:146417/1‑150 (MQ=255) 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aTCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACTGTGCGGCGccctgctc < 2:559967/123‑6 (MQ=255) aTCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGAt < 2:526550/150‑1 (MQ=255) gATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCtt < 1:1558828/138‑1 (MQ=255) gATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCtt > 2:1558828/1‑138 (MQ=255) tCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTAc > 1:487955/1‑140 (MQ=255) tCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTAc < 2:487955/140‑1 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cAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTcggtgcgg < 2:162952/150‑1 (MQ=255) ggggCGCCGCACTGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCa < 2:523054/95‑1 (MQ=255) ggggCGCCGCACTGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCa > 1:523054/2‑96 (MQ=255) gggCGCCGCACTGTGCGGCGCCCTCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTa > 2:1163373/1‑49 (MQ=25) gggCGCCGCACTGTGCGGCGCCCTCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTa < 1:1163373/49‑1 (MQ=25) gcACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTAc < 1:651227/150‑1 (MQ=255) cacaGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCTTTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTACt < 1:1019964/150‑1 (MQ=255) cacaGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTACt > 2:403791/1‑150 (MQ=255) aGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCAt < 2:431947/102‑1 (MQ=255) aGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCAt > 1:431947/1‑102 (MQ=255) aGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTACTCCa < 1:1907585/150‑1 (MQ=255) aGTGCGGCGACCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTACTCCa < 1:1537747/150‑1 (MQ=255) | ACACGTCGCTGCGGAAGCTCCATCACCTTCGGCTCGCCGACATCGATCTGCAGGGTATGCTCGAGCAGTTTGCGCTCGACGCGCTCCTCATGGTCGCTGCGCTGGGACATC‑‑TGGTTGGCGCAGCCGCTGACGAGCAGGGCGCCGCACAGTGCGGCGCCCCCAAGGGTAAAGGTACTTCGCTTGTACATGATCACTCGTGCATTGGTTATCAGCGGCGAACGCGGGCCTGCAGGAAGGTCAGCACTTCATTGAGCGGCAACGCCTGGGCGTCCTGCTCGGTGCGGTGCTTGTACTCCA > NC_002947/1383113‑1383409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |