Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,592,024 | C→A | 15.0% | intergenic (‑89/‑114) | PP_1395 ← / → PP_1396 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,592,024 | 0 | C | A | 15.0% | 294.0 / 27.8 | 105 | intergenic (‑89/‑114) | PP_1395/PP_1396 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/48); new base A (8/8); total (49/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCTTGCT > NC_002947/1591877‑1592170 | tCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCCGATCCTGCcgc > 2:493900/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCgcgc < 2:1660206/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCgcgc < 2:1787658/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCAgcgc > 2:1438423/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCCAGGGGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGGCCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTg > 1:1371927/1‑150 (MQ=255) aGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCa < 2:812534/150‑1 (MQ=255) gCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAg < 2:1265966/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATTATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGAt > 2:1361221/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATc < 2:769501/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATc < 1:38699/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGAGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATc > 1:1910185/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAg < 2:560592/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAg < 2:1515213/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAgg < 2:1306818/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGACGACTGTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAgg > 1:1505766/1‑150 (MQ=255) gcgcTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGCACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCCGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAgg < 1:493900/150‑1 (MQ=255) cTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCaa > 2:314956/1‑150 (MQ=255) tGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAAt < 1:1193920/150‑1 (MQ=255) gCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATc < 2:464412/150‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCAGCGCGGCAGGAt < 2:1103170/139‑1 (MQ=255) aGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCAGCGCGGCAGGAt > 1:1103170/1‑139 (MQ=255) tCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCACGATCAGGCAATCGACAt < 1:461320/150‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATg > 1:129934/1‑150 (MQ=255) gggTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTATTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAg < 1:1367763/150‑1 (MQ=255) tcggttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCcgc < 1:1454437/119‑1 (MQ=255) tcggttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCcgc > 2:1454437/1‑119 (MQ=255) ggttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGGCCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATg < 2:1371927/150‑1 (MQ=255) ggttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACATGCAgctttc < 2:528953/150‑6 (MQ=37) gttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATgg > 1:999078/1‑150 (MQ=255) ttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGc < 2:756545/150‑1 (MQ=255) ttcggtGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACATGCAgctttcga < 1:1438423/150‑8 (MQ=37) ggACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAAcg > 1:500905/1‑150 (MQ=255) atgatgGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAgc < 2:129934/150‑1 (MQ=255) tgatgGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAgcg > 2:1543343/1‑150 (MQ=255) gatgGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGa < 2:1339428/146‑1 (MQ=255) atgGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGcc > 1:1126341/1‑150 (MQ=255) ggCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTa > 2:1504833/1‑150 (MQ=255) ggCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGAGAGCTAGACGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGAGCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTa > 1:839497/1‑150 (MQ=255) tttCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCa > 2:582383/1‑91 (MQ=255) tCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGCGTGAGCGCCTAACCtt < 2:816955/150‑1 (MQ=255) ctgctgACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCa < 2:1126341/150‑1 (MQ=255) gctgACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGc < 1:1361221/150‑1 (MQ=255) aCCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGt > 1:548984/1‑102 (MQ=255) aCCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGt < 2:548984/102‑1 (MQ=255) cGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCt > 1:760869/1‑150 (MQ=255) gACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCtt > 1:1176190/1‑150 (MQ=255) caTAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTgg < 2:1373903/132‑1 (MQ=255) caTAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTgg > 1:1373903/1‑132 (MQ=255) caTAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGAGCCCAGAGGTTTGGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTtccgtc > 1:1096595/1‑150 (MQ=255) aTAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGcc < 2:675535/98‑1 (MQ=255) aTAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGcc > 1:675535/1‑98 (MQ=255) aGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGGGGATTGCCTGATCCTCGCGGGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGc < 1:992187/150‑1 (MQ=255) gTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAt < 2:1444729/82‑1 (MQ=255) gTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACAt > 1:1444729/1‑82 (MQ=255) tttGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTg > 1:903839/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGc < 1:304795/150‑1 (MQ=255) aaaGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATg > 1:1759743/1‑83 (MQ=255) aaaGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATg < 2:1759743/83‑1 (MQ=255) aCGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGCTCACGCTATAGAACAGCACTTTAATCCCCAGTGGCTTCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGgaga < 2:1189973/150‑1 (MQ=255) gggCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGAtt > 2:161003/1‑150 (MQ=255) gggCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGAtt > 2:1695927/1‑150 (MQ=255) gcgcTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATtgt > 2:1520382/1‑150 (MQ=255) cgcTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATtgtg < 1:314956/150‑1 (MQ=255) cgcTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATtgtg < 2:703695/150‑1 (MQ=255) 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aaaGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGAccc < 2:500905/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCt < 1:1211042/150‑1 (MQ=255) gCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAaac < 1:1543343/150‑1 (MQ=255) aTGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGc < 1:983079/114‑1 (MQ=255) aTGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGc > 2:983079/1‑114 (MQ=255) tgtgGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCaa > 2:1082409/1‑122 (MQ=255) tgtgGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCaa < 1:1082409/122‑1 (MQ=255) tgtgGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAaacaac < 2:903839/150‑1 (MQ=255) tgtgGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGACAATTGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAaacaac < 2:1910185/150‑1 (MQ=255) gtgGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAgcgc < 1:678913/81‑1 (MQ=255) gtgGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAgcgc > 2:678913/1‑81 (MQ=255) ccTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCa < 2:1938120/125‑1 (MQ=255) ccTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCa < 1:62629/125‑1 (MQ=255) ccTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCa > 1:1938120/1‑125 (MQ=255) ccTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCa > 2:62629/1‑125 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTtccgtcc > 2:1152056/1‑102 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTtccgtcc < 1:1152056/102‑1 (MQ=37) cTGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTcaccca > 1:1262206/1‑150 (MQ=255) cTGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCCACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTcaccca > 1:1738522/1‑150 (MQ=255) tGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTcacccac > 1:77836/1‑150 (MQ=255) tGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTcacccac > 2:1428811/1‑150 (MQ=255) tGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGt > 2:599623/1‑65 (MQ=21) tGATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGt < 1:599623/65‑1 (MQ=21) gATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTg < 2:1005649/79‑1 (MQ=37) gATCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTg > 1:1005649/1‑79 (MQ=255) aTCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCt > 1:1889367/1‑150 (MQ=255) aTCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCtttt > 1:1158668/1‑92 (MQ=255) aTCCTGCAGCGCGGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCtttt < 2:1158668/92‑1 (MQ=255) tCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCtt < 1:1428811/150‑1 (MQ=255) tGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCTTGCt > 1:1118436/1‑150 (MQ=255) | TCGGCCAGCTCCAGGCGCTGCAGTTCCAGGGTCGGTTCGGTGGACGTGGCGGTGGTCATGATGGCTTTCCTCTGCTGACCGACGCAGCATAGGTTTGGGCAAAGACGGGCGCTAGTCGAAAGCTGCATGTGGATTGCCTGATCCTGCCGCGCTGCAGGATCAGGCAATCGACATGCAGTAATGGCCTAACGCGCCGCGCGGGTGAGCGCCTAACCTTGGCAGCCTGGCTTTTCCGTCCGCCTGCTTCAAGGAGATTGTGCAATGACCCTTAAACAACCGGTCACCCACCTTGCT > NC_002947/1591877‑1592170 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |