| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,725,974 | C→A | 6.1% | M744I (ATG→ATT) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,725,974 | 0 | C | A | 6.1% | 204.4 / 2.5 | 66 | M744I (ATG→ATT) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/33); new base A (2/2); total (31/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
GCCGAGCTTGTCGTGATAACTCAGCTTGCCTTGCGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACGAACTGCCGCGAGCTGG > NC_002947/1725827‑1726122 | gCCGAGCTTGTCGTGATAACTCAGCTTGCCTTGCGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCcat > 1:994265/1‑150 (MQ=255) gTGATAACTCAGCTTGCCTTGCGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAg < 1:468134/150‑1 (MQ=255) aaCTCAGCTTGCCTTGCGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCtt < 2:1251406/150‑1 (MQ=255) tCAGCTTGCCTTGCGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATAATCACGACCAGATCTTCCa > 1:1629583/1‑150 (MQ=255) gccttgcGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCACGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTc < 2:1212788/150‑1 (MQ=255) tgcGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGgcg < 1:1177489/150‑1 (MQ=255) tCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAgg < 1:1906426/150‑1 (MQ=255) tCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAgg < 1:353151/150‑1 (MQ=255) agcaCGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGc < 1:1053563/150‑1 (MQ=255) gcaCGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCTGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAg < 2:169671/115‑1 (MQ=255) gcaCGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAg > 1:169671/1‑115 (MQ=255) gcaCGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGcc > 2:1313373/1‑150 (MQ=255) gcaCGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGcc > 1:1909112/1‑150 (MQ=255) caCGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGccc > 2:1843341/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGt < 2:738534/150‑1 (MQ=255) cTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGAt < 1:1843341/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACCGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATcagca > 2:952017/1‑150 (MQ=255) gCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGTCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATcagca < 1:1608587/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATcagca < 1:968332/150‑1 (MQ=255) aGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCTAACTACTCCGGTGCCGTCACGCCACGCAGGATCGACCGGCGCTGGGCCATCATCTCGCATAGGTCCTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCGGCCCGCTGTTGATCAGCAGCg < 2:52165/150‑1 (MQ=255) gTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAg > 1:446338/1‑150 (MQ=255) tCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAgg < 1:1313373/150‑1 (MQ=255) tgaatgaaGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGtt < 2:288292/150‑1 (MQ=255) aatgaaGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGcc < 1:1787320/125‑1 (MQ=255) aatgaaGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGcc > 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(MQ=255) gCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACGCCGATGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGaa > 2:1088790/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAgcgc < 2:1400154/150‑1 (MQ=255) gCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCCCGTAGAAGCGTTGCa > 2:1563205/1‑150 (MQ=255) ttGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCCCGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGccc > 2:1135324/1‑104 (MQ=255) ttGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGccc < 1:1135324/104‑1 (MQ=255) ttGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTGCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTc > 1:1008156/1‑150 (MQ=255) gTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCCGACGATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTg > 1:1717252/1‑150 (MQ=255) tCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTgg < 2:687823/150‑1 (MQ=255) aagaaCTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTg > 1:926812/1‑150 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTg > 1:1808562/1‑150 (MQ=255) tCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTg > 2:281655/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGtt < 2:794693/89‑1 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2:1365430/1‑150 (MQ=255) cATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCa < 2:1300940/144‑1 (MQ=255) cATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCa > 1:1300940/1‑144 (MQ=255) tGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTTGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCgg > 1:585027/1‑135 (MQ=255) tGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTTGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCgg < 2:585027/135‑1 (MQ=255) tGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCCAGGGCCTGCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGc < 1:1088790/150‑1 (MQ=255) cAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAg > 2:1925249/1‑141 (MQ=255) cAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAg < 1:1925249/141‑1 (MQ=255) aTCGACAGGCGCTGGGCAATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACg > 2:382508/1‑150 (MQ=255) cGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACGaa < 2:926812/150‑1 (MQ=255) aCAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAg < 2:553723/83‑1 (MQ=255) aCAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAg > 1:553723/1‑83 (MQ=255) 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< 1:351273/150‑1 (MQ=255) gCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACGAACTGCCGCGAGCTg > 1:1414371/1‑150 (MQ=255) ccATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGATTTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACGAACTGCCGCGAGCTgg > 1:1104882/1‑150 (MQ=255) ccATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACGAACTGCCGCGAGCTgg > 1:1773883/1‑150 (MQ=255) | GCCGAGCTTGTCGTGATAACTCAGCTTGCCTTGCGCGTCGGCGTGCAGCACGCCTTGCTGAAGCAAGGTCTGAATGAAGTGGCGGAACAGCGTCTTGTCGAAGAACTCCGGTGCGTTCAGGCCATGCAGGATCGACAGGCGCTGGGCCATCATCACGCACAGGTCTTCCAGCGCTTCGGCGCTCAGGCTGTTCTGCCCGCTGTTGATCAGCAGCGAGGTTGCCATGTAGAAGCGCTGCAGGGTCTGGGTGATGGTGCGGGCGAGCAGGGTCAGCAACACGAACTGCCGCGAGCTGG > NC_002947/1725827‑1726122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |