Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,013,746 | C→A | 7.0% | A107S (GCA→TCA) | PP_1793 ← | group 2 family glycosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,013,746 | 0 | C | A | 7.0% | 175.7 / 3.2 | 57 | A107S (GCA→TCA) | PP_1793 | group 2 family glycosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/24); new base A (2/2); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 |
TGTGGCGGGGGGCTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCAGTTTGCATGGCGCGCTCA > NC_002947/2013600‑2013888 | tgtgGCGGGGGGCTCGGACTGCCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCTCGACCTACCAGTGCCTg < 2:995598/150‑1 (MQ=255) gCGGGGGGCTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACa > 1:464042/1‑150 (MQ=255) cTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGc < 2:1444328/135‑1 (MQ=255) cTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGc > 1:1444328/1‑135 (MQ=255) cTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCTTGGa > 2:354922/1‑140 (MQ=255) cTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGa < 1:354922/140‑1 (MQ=255) ggACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTc > 2:912090/1‑150 (MQ=255) tGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCgg < 2:123527/149‑1 (MQ=255) tGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCgg > 1:123527/1‑149 (MQ=255) tGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGt > 1:530954/1‑150 (MQ=255) tACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCGATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACa < 1:1877247/150‑1 (MQ=255) tACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACa > 1:1449904/1‑150 (MQ=255) tACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACa > 2:1042114/1‑150 (MQ=255) aaGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGtt < 1:929423/150‑1 (MQ=255) agcagcATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTg > 2:358031/1‑150 (MQ=255) agcagcATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTg < 1:1042114/150‑1 (MQ=255) tACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGa < 2:530954/150‑1 (MQ=255) cAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATaa < 1:1360870/150‑1 (MQ=255) aaGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCa > 2:1064679/1‑108 (MQ=255) aaGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCa < 1:1064679/108‑1 (MQ=255) gTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGACTGGACAt > 2:962536/1‑98 (MQ=255) gTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGACTGGACAt > 2:962509/1‑98 (MQ=255) gTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGACTGGACAt < 1:962509/98‑1 (MQ=255) gTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGACTGGACAt < 1:962536/98‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAAt > 1:556055/1‑150 (MQ=255) cATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAAt < 2:1680272/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTg > 1:206415/1‑70 (MQ=255) ccTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTg < 2:206415/70‑1 (MQ=255) gTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGAtt > 2:488561/1‑131 (MQ=255) gTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGAtt < 1:488561/131‑1 (MQ=255) aTCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTcc > 2:1170144/1‑150 (MQ=255) gggTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTgc > 1:1596511/1‑125 (MQ=255) gggTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTgc < 2:1596511/125‑1 (MQ=255) gTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTc < 2:1707680/144‑1 (MQ=255) gTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTc > 1:1707680/1‑144 (MQ=255) aGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTaa < 2:13004/68‑1 (MQ=255) aGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTaa > 1:13004/1‑68 (MQ=255) gCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTAGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCct > 1:1607884/1‑150 (MQ=255) aCTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCctct > 2:1298712/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTATCCGTGCCTGGACATCAGCCCGGATCGGTAACAAGTGGGCCGCGTTGATAAAGAATAACAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGATAATGCCGCCATACCTTTCCATACCAGTGCCTCTgg > 2:595676/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCAt > 2:1766781/1‑126 (MQ=255) tGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCAt < 1:1766781/126‑1 (MQ=255) tGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTgg > 1:1758588/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGGTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGACGCCATGCCTTTCCCTACCCGTGCCTCTgg > 2:7492/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGc < 2:1758588/150‑1 (MQ=255) aaGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCg < 1:358031/150‑1 (MQ=255) gCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGt > 2:1940609/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGt < 2:1128136/150‑1 (MQ=255) ttGTGCCAGCAAGGCGCGACCTAGCAGGGCCTGGACATCAGCACGGACCGGGAACAATTGGGCTGCGTTAATAAAGAATAAAAATGCCAGAATAGGCTTGTGCGCTAATGCTGCCATACCTTTCCATACCAGGACATCTGCCCGGTGCTc > 2:188406/1‑150 (MQ=255) ttGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTAGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTc < 2:1607884/150‑1 (MQ=255) aGCAAGGCGCGACCTACCAGAGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCAGtt < 1:912090/150‑1 (MQ=255) aaGGCGCGACCTACCACAGCATGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCAGTTTGc > 2:1928349/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCGACCCACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGa > 2:860977/1‑87 (MQ=255) aaGGCGCGACCCACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGa < 1:860977/87‑1 (MQ=255) gcgcGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCAGTTTGCATg < 2:780066/150‑1 (MQ=255) gcgACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCCATTTGCATGgc > 1:1782184/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCAGTTTGCATGGCGCGCTCa > 1:1688656/1‑150 (MQ=255) cAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCttt < 1:491641/99‑1 (MQ=255) cAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCttt > 2:491641/1‑99 (MQ=255) | TGTGGCGGGGGGCTCGGACTGGCTACGTGCCTGCCAAAGCAGCATACGCAAGGAGGCGTCATCGGGTAGTTTCTGCCATGCCTGCGTGAGGTATCGGGTGGCGAGCACTGCAAGCCCTTGTGCCAGCAAGGCGCGACCTACCAGTGCCTGGACATCAGCACGGTCCGGTAACAATTGGGCTGCGTTGATAAAGAATAAAAATGCCAGCTTAGGATTGTGCGCTAATGCCGCCATGCCTTTCCATACCAGTGCCTCTGGCCGGTGCTCGGCAGTTTGCATGGCGCGCTCA > NC_002947/2013600‑2013888 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |