| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,033,421 | C→A | 6.4% | L287M (CTG→ATG) | pgi‑I → | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,033,421 | 0 | C | A | 6.4% | 211.9 / 4.5 | 78 | L287M (CTG→ATG) | pgi‑I | glucose 6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/38); new base A (2/3); total (37/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
GTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCAAACAGC > NC_002947/2033282‑2033570 | gTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACGGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCgg < 1:92888/150‑1 (MQ=21) tACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGc < 2:1622584/150‑1 (MQ=34) cccggCCACTTCATTGCCTTACCCAGCAACAAGGCCGTGGTTGTAGCTTGCGGTATCCGGGAAGAAAACATCTCCCCGATGTGGGCCCGGGGGGGGGGCCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGc < 1:1495758/146‑1 (MQ=11) cGCCACTTCATTGCCAAAGCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACt > 1:559115/1‑150 (MQ=255) ccACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGc > 1:1017352/1‑150 (MQ=35) cTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCTTGCCGAACGCCCTGGCCATCGGCACtagcaa > 2:504024/1‑145 (MQ=255) cTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATGGCCAGGGCGATCGGc > 2:1449122/1‑142 (MQ=11) cTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATGGCCAGGGCGATCGGc < 1:1449122/142‑1 (MQ=11) cTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCaa > 1:1115049/1‑150 (MQ=34) aTTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTg > 2:653256/1‑129 (MQ=35) aTTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTg < 1:653256/129‑1 (MQ=35) ttGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGGATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGGGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCa > 1:594696/1‑150 (MQ=25) gCCGTATCCAGAAACAAGGCCGCTGCTGGAGCGTTCGGTATCCGGGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGCGTAGTAACCAAGGCCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAg < 2:559115/150‑1 (MQ=11) cccGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGAAGCGTTCGGTAGCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAg < 2:751978/149‑1 (MQ=21) aGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActgctg < 2:1152603/150‑1 (MQ=34) aGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTACCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActgctg > 1:1513386/1‑150 (MQ=25) aGCAACAAGGCAGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAActgctg > 1:899348/1‑150 (MQ=25) ggCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGc < 2:1017352/150‑1 (MQ=37) gCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAAGGGTTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGcc > 1:646924/1‑150 (MQ=255) tgctgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCCTGATGACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTacac > 1:991437/1‑150 (MQ=11) tgctgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTacac > 1:157539/1‑150 (MQ=39) tgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCAt > 1:1480646/1‑150 (MQ=38) tgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCATGGCCATCGGCACTg > 2:736738/1‑113 (MQ=255) tgTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCATGGCCATCGGCACTg < 1:736738/113‑1 (MQ=25) gTAGCGTTCGGTAGCCGCGAAAAAAACATCTCCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATg < 2:1097169/150‑1 (MQ=255) gCGTGCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGGGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGACCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGAc < 1:218914/150‑1 (MQ=255) aTCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTc > 2:1193869/1‑150 (MQ=38) gcgAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGa > 1:1462120/1‑150 (MQ=39) cgAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCCGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGAc < 1:472619/150‑1 (MQ=38) aaaaaCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGGCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCa < 2:655737/149‑1 (MQ=38) aaaaCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCa > 2:988078/1‑133 (MQ=40) aaaaCATCTTCCCGATGTGGGACGGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCTCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCa < 1:988078/133‑1 (MQ=255) aaaCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCAcc > 2:613172/1‑150 (MQ=38) aaCATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCg > 2:1478395/1‑150 (MQ=38) cATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGtt > 2:1246571/1‑150 (MQ=38) cATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGtt > 2:935721/1‑150 (MQ=39) cGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGa > 2:912064/1‑150 (MQ=38) cGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCATGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGa > 1:827790/1‑150 (MQ=38) gATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGaa > 1:1512128/1‑150 (MQ=37) ggACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGACATCGGAATCCCGATCGCCCTATCCGTCGGCACAGCAAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGcc > 1:1693557/1‑150 (MQ=11) gACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCg < 1:935721/150‑1 (MQ=35) gACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCg > 2:62571/1‑150 (MQ=35) gACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCg < 2:743899/150‑1 (MQ=35) aCTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCgg > 2:661999/1‑150 (MQ=35) tgggtgggCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCTCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTAc < 2:1047326/150‑1 (MQ=25) tgggtgggCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGaa > 2:1354173/1‑136 (MQ=35) tgggtgggCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGAGCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGaa < 1:1354173/136‑1 (MQ=25) ggggCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGc < 1:1100956/149‑1 (MQ=17) gggCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGcc < 1:661999/150‑1 (MQ=32) cTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCctgct > 2:1365140/1‑150 (MQ=32) tACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCctgctg < 1:1478395/150‑1 (MQ=32) tACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGAGCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCctgctg < 1:912064/150‑1 (MQ=17) aCTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGGACTTCCAGACCCCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTgg < 2:594696/150‑1 (MQ=17) tCGCTGTGGTCGGCCATCGGCTTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGc < 1:504024/150‑1 (MQ=17) tCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCg < 1:281960/129‑1 (MQ=33) tCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCg > 2:281960/1‑129 (MQ=33) cGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCg < 1:1465618/105‑1 (MQ=32) 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ccTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCAAACAg > 1:796923/1‑150 (MQ=32) cTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCAAACAGc > 1:951764/1‑150 (MQ=32) | GTACCGCCACTTCATTGCCGTATCCAGCAACAAGGCCGCTGCTGTAGCGTTCGGTATCCGCGAAGAAAACATCTTCCCGATGTGGGACTGGGTGGGTGGGCGCTACTCGCTGTGGTCGGCCATCGGCCTGCCGATCGCCCTGGCCATCGGCACTGCCAACTTCAAGGAACTGCTGT‑CCGGTGCCTACACCATGGACCAGCACTTCCAGACCGCACCGTTCGACAAGAACATGCCGGTGCTACTGGCCCTGCTGGGCGTGTGGTATGGCAACTTCTGGGACGCAAACAGC > NC_002947/2033282‑2033570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |