| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,296,144 | T→G | 6.6% | E129A (GAG→GCG) ‡ | PP_2023 ← | glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,296,144 | 0 | T | G | 6.6% | 237.3 / 6.6 | 86 | E129A (GAG→GCG) ‡ | PP_2023 | glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/47); new base G (2/4); total (35/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTAGCCTC > NC_002947/2295995‑2296290 | gcgGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCt > 1:1137539/1‑150 (MQ=255) ggATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGGCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCg < 2:1341604/150‑1 (MQ=255) gATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCgg < 1:1334209/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCTCGGCGAACGTCTTGGTTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCAAGCGCCAACATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑g < 1:119600/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAG‑CAGGCCGAGGCct‑gg < 2:1933885/150‑2 (MQ=255) ccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑gct > 1:1929628/1‑150 (MQ=255) ccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑gct > 2:896223/1‑150 (MQ=255) gccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTgg > 2:744226/1‑150 (MQ=255) gccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTgg > 2:563843/1‑150 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc < 1:483494/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc < 1:1734658/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGCACACCTAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc > 1:1089535/1‑150 (MQ=255) cTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCg < 1:1033716/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCg < 2:1602582/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCCGCCT‑GCTGGCg > 2:279285/1‑150 (MQ=255) tCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCgg > 1:1166044/1‑150 (MQ=255) tCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCgg > 1:1708683/1‑150 (MQ=255) gCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTaa < 2:863365/150‑1 (MQ=255) 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1:245900/1‑150 (MQ=255) cGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGt > 1:45260/1‑150 (MQ=255) ggCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCg > 1:1012480/1‑146 (MQ=255) ggCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCg < 2:1012480/146‑1 (MQ=255) gCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTaa < 2:1402532/150‑1 (MQ=255) aCTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTTGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCTGCGAACCATTCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGtt < 2:958360/150‑1 (MQ=255) 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gcATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAG‑CAGGCCGAGGCCTGGCTGGCg < 2:281940/112‑1 (MQ=38) cATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCACGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATa < 2:1036063/150‑1 (MQ=255) cATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATa > 2:1152999/1‑150 (MQ=255) tCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACt < 2:1905367/150‑1 (MQ=255) ggggCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCgg < 1:1068324/119‑1 (MQ=255) ggggCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCgg > 2:1068324/1‑119 (MQ=255) gggCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTa < 1:744226/150‑1 (MQ=255) gcagcaACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACa > 1:1255362/1‑150 (MQ=255) cagcaACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAg < 2:1929628/150‑1 (MQ=255) gcaCCGCGGCATCGGCGATGCTGGGGGGGTTGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCGAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGt < 2:1871428/150‑1 (MQ=255) aTCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTgcgc > 1:1730920/1‑150 (MQ=255) 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ccccgccAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGc < 2:1166044/150‑1 (MQ=255) ccgccAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCct > 2:1210991/1‑150 (MQ=255) aGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAg > 2:1842754/1‑150 (MQ=255) ccTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGt > 1:160678/1‑94 (MQ=255) ccTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGt < 2:160678/94‑1 (MQ=255) ttCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCa < 1:893119/145‑1 (MQ=255) ttCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCa > 2:893119/1‑145 (MQ=255) aGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAggg < 2:45260/150‑1 (MQ=255) cagccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTg < 2:245900/150‑1 (MQ=255) gccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTa < 2:281443/150‑1 (MQ=255) gCCTCGGCTT‑GCTGGCGGTAACGCTCGCTGTAATGCTCCGGGTAACATTCGTCATCCTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGCGTTGTAATCGCGAGCCGCCAGCCCTTCAGCCTGCTAAGCAGCCGCAAGTTTGGCTTgaacaaca < 2:761709/150‑8 (MQ=255) gCCGCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTAGCCTc < 1:1486961/150‑1 (MQ=255) tCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGt < 2:1361938/58‑1 (MQ=255) tCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGt > 1:1361938/1‑58 (MQ=255) | GCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTAGCCTC > NC_002947/2295995‑2296290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |