Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,749,326 | A→G | 7.4% | H98R (CAC→CGC) ‡ | PP_2405 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,749,326 | 0 | A | G | 7.4% | 298.9 / 8.6 | 104 | H98R (CAC→CGC) ‡ | PP_2405 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/44); new base G (4/4); total (56/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCCGCCCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACTTTGTCG > NC_002947/2749177‑2749475 | gccgccCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGca > 1:1063858/1‑150 (MQ=255) ccccTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCAGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGCGGACAcc > 1:623813/1‑150 (MQ=255) cccTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACAccc > 1:892062/1‑150 (MQ=255) cccTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACAccc > 2:256936/1‑150 (MQ=255) ccTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACAcccc < 2:237863/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCt > 1:1596804/1‑150 (MQ=255) ggATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGa < 2:1713786/150‑1 (MQ=255) gATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGTGCACCCCtacc < 1:1622118/150‑4 (MQ=255) ccccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGAACACCCCTGAGTTCg > 2:696849/1‑150 (MQ=255) cccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATTATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGa < 2:714695/150‑1 (MQ=255) cccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGa > 2:306464/1‑144 (MQ=255) cccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGa < 1:306464/144‑1 (MQ=255) cccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGa > 2:515839/1‑150 (MQ=255) cccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGa < 2:1063858/150‑1 (MQ=255) ccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGAc > 1:1163439/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGACGTTTATGAATGATTTGGCGCGGCGCTATGCCGATTAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGAc > 1:723428/1‑150 (MQ=255) gCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCAGCATGTTAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAACGACTAGAGCATTTAGGGGTGCACACCCCTTAGTTCGACTACGa < 1:1125112/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAg > 1:201440/1‑150 (MQ=255) 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gggCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCatga > 1:761762/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGTGGTGCTGTTGGCCTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCGGGCGCAGCCTGCCGCACGTGGAGGGTTGGGCGCGGCGTTATGCCGATCAAGGGTCGGTGGTGGTAGGGGTGCGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCatgat < 2:623813/150‑1 (MQ=255) ggtggtGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTACGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGc > 2:1487051/1‑150 (MQ=255) gtggtgCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCg > 1:1778757/1‑150 (MQ=255) tggtgCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGa < 1:585980/150‑1 (MQ=255) tgCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACtt > 1:163900/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACttt > 2:1522061/1‑150 (MQ=255) tggtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGc > 2:311346/1‑150 (MQ=255) ggtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCg < 1:1629777/150‑1 (MQ=255) ggtggACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCg < 2:163900/150‑1 (MQ=255) 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ggCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCt < 1:1522061/150‑1 (MQ=255) ggCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCt < 2:131281/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTg > 2:1374871/1‑150 (MQ=255) gtggtggtAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCg > 1:729726/1‑150 (MQ=255) ggtggtAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGgc < 2:789102/150‑1 (MQ=255) gaactcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGgc > 2:1559075/7‑150 (MQ=255) gtggtAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGgcg > 2:1715668/1‑150 (MQ=255) gtggtAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGgcg > 2:1580045/1‑150 (MQ=255) ctcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTgg < 2:381895/124‑1 (MQ=255) ctcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTgg > 1:381895/4‑127 (MQ=255) ctcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGtt < 1:1548156/135‑1 (MQ=255) ctcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGtt > 2:1548156/4‑138 (MQ=255) ctcaGGGGTGTGCACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCa > 1:1563616/4‑150 (MQ=255) atgggAGCACACACCTGAGTTCGACTGGGAGCATGATGGGGCGACTTTGCTGGACAAGGTAGCCCGGTTAGGGATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTAAAAGGTGTGGAATGCCTGAGGCAGCCAGTTCTGGCCGGCGCATTa > 2:564848/3‑150 (MQ=255) gTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACttt > 1:1638062/1‑150 (MQ=255) acacCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACTTTGTCg > 1:214095/1‑150 (MQ=255) | GCCGCCCCTGGATGCCCCGGGGCTCAAGGGCAAGGTGGTGCTGGTGGACTTCTGGACCTGGGACTGCATCAACTGCCGGCGCAGCCTGCCGCATGTGAATGATTGGGCGCGGCGCTATGCCGATCAAGGGCTGGTGGTGGTAGGGGTGCACACCCCTGAGTTCGACTACGAGCATGATGTGGCGACTTTGCGGGACAAGGTAGCCCGGTTGGGTATCGGGTATCCGGTGGCGGTAGATAATGACTACAAGGTGTGGAATGCCTGGGGCAACCAGTTCTGGCCGGCGCATTACTTTGTCG > NC_002947/2749177‑2749475 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |