| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,287,320 | G→A | 16.7% | intergenic (+18/+23) | PP_2889 → / ← xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,287,320 | 0 | G | A | 16.7% | 58.6 / 6.9 | 30 | intergenic (+18/+23) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/12); new base A (3/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
GCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGG > NC_002947/3287176‑3287460 | gCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGTGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCt > 1:244777/1‑150 (MQ=255) gggTCGGTGCCCAGCGGGGGGCGCGGGACTGGTCGCGTGGGTCTTATCACTTGGCCTTGGTCAGCGCGGGGGACGGGGTGCGGGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGCGGGCCCAAGGTGCACACCTTGGGc < 1:1704548/150‑1 (MQ=255) ggggggaCTGGTGGCATGGGGCTTATCGCTTTGCCTTGGTCAGCGGGGCGGACGATGGGGGTGGGGGGGGGGTGGGGATGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCaa < 1:1379769/144‑1 (MQ=255) 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tGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGTGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGgc < 2:244777/150‑1 (MQ=255) ataACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTc > 1:1582351/1‑150 (MQ=255) gggCCTTGGGCAGCGCGGCGGACGTTTGTTGGGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACgg < 2:1365225/148‑1 (MQ=255) gcggcgGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCcgc > 1:166143/1‑150 (MQ=255) cggGCGAGGTGCGGGGGGCGGGGGTGGGGGAGGTGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAg < 1:1251020/150‑1 (MQ=255) 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gggCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 2:1157158/1‑150 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 2:1010698/1‑150 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 2:156420/138‑1 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa > 1:156420/1‑138 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg < 2:1444277/150‑1 (MQ=255) ccAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAgg > 1:954906/1‑150 (MQ=255) | GCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCC‑GTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGG > NC_002947/3287176‑3287460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |